[发明专利]染色体1p/19q杂合性缺失的检测方法、试剂盒及引物组

说明书

本发明提供一种染色体1p/19q杂合性缺失的检测方法、试剂盒及引物组。该检测方法基于MassArray质谱平台进行，通过对脑胶质瘤染色体1p/19q多区域上选定多个SNP位点，并通过对多个SNP位点进行筛选、引物扩增等步骤，最终通过MassArray质谱平台进行检测分析获得染色体1p/19q缺失情况。根据本发明的一种染色体1p/19q杂合性缺失的检测方法、试剂盒及引物组，操作简单、耗时短、准确性高、价格便宜，适于在临床中推广。

技术领域

本发明属于医疗检测技术领域，具体涉及一种染色体1p/19q杂合性缺失的检测方法、试剂盒及引物组。

背景技术

脑胶质瘤是最常见的原发性脑肿瘤，发病率为(5～8)/(1x10⁶)，5年病死率仅次于胰腺癌和肺癌，是一种高病死率的恶性肿瘤。虽然目前治疗手段已有了长足的进步，但是患者的中位生存期仍小于15个月，这一疾病在我国造成了巨大的社会经济及家庭负担。近年来，脑胶质瘤的分子病理研究取得了重大进展，已发现了一系列有助于脑胶质瘤临床诊断和预后判断的分子标志物，例如IDH1/2基因突变，1p/19q杂合性缺失突变(loss ofheterozygosity，LOH)，MGMT启动子甲基化等。染色体lp/19q杂合性缺失是指细胞中一条1号染色体短臂或/和一条19号染色体长臂发生缺失。目前认为1p/19q杂合性缺失是少突胶质细胞瘤的分子特征，是其诊断性分子标志物。通常对疑似少突胶质细胞瘤或混合性少突星形细胞瘤均应进行1p/19q杂合性缺失的检测，从而协助组织学的诊断。1p/19q杂合性缺失可以帮助区分混合性少突星形细胞瘤更倾向于少突还是星形，这对于治疗选择有一定的意义。存在lp/19q杂合性缺失的少突胶质细胞瘤生长速度较慢，并对化疗敏感。目前治疗指南对少突胶质细胞瘤均推荐检测lp/19q杂合性缺失的状态。

对于脑胶质瘤的lp/19q杂合性缺失突变，临床上常用的检测方法主要有荧光原位杂交(FISH)、基于杂合性缺失分析的聚合酶链式反应(PCR-LOH)、阵列比较基因组杂交(CGH)。《中国脑胶质分子诊疗指南》推荐FISH作为检测lp/19q杂合性缺失的方法，虽然FISH技术可通过荧光信号直观地显示lp/19q的缺失状态，但是探针结合区域的局限性使得小范围的缺失可能检测不出，而且FISH实验操作比较复杂，对操作和结果分析人员的经验要求非常高，检测周期长、配套仪器和试剂价格昂贵。PCR-LOH对lp和19q上的多个微卫星区域进行扩增后，需通过变性聚丙烯酰胺电泳或变性高效液相色谱等方法来检测扩增产物，整个实验流程操作复杂、容易发生污染、结果分析掺杂因素多，不利于临床使用。CGH需使用进口的基因芯片，配套的仪器和试剂耗材成本较高。因此，目前对于胶质细胞瘤的lp/19q杂合性缺失突变检测，缺乏一种操作简单、耗时短、准确性高、价格便宜的检测方法。

发明内容

因此，本发明要解决的技术问题在于提供一种染色体1p/19q杂合性缺失的检测方法、试剂盒及引物组，该方法基于MassArray质谱平台对脑胶质瘤染色体1p/19q杂合性缺失进行检测，操作简单、耗时短、准确性高、价格便宜，适于在临床中推广。

为了解决上述问题，本发明提供一种染色体1p/19q杂合性缺失的检测方法，基于MassArray质谱平台进行，其通过检测1号染色体短臂1p的第一区域及具有19号染色体长臂19q的第二区域的SNP位点完成。

具体的，包括以下步骤：

a.获取脑胶质瘤具有1号染色体短臂1p的第一区域及具有19号染色体长臂19q的第二区域；

b.针对所述第一区域筛选M个SNP位点，针对所述第二区域筛选N个SNP位点；

c.再次分别筛选所述M个SNP位点及N个SNP位点，分别获得M1个有效SNP位点及N1个有效SNP位点；

d.针对所述M1个有效SNP位点及N1个有效SNP位点设计最优引物体系，所述最优引物体系包括扩增引物及单碱基延伸引物；