[发明专利]一种辅助检测大豆油脂含量高低的CAPS标记及其应用

说明书

本发明公开了一种辅助检测大豆油脂含量的CAPS标记及其应用，涉及遗传育种技术领域，采用本发明的CAPS标记鉴定大豆油脂含量高低时，琼脂糖凝胶电泳检测酶切产物是否两条带或者仅一条带产物。若酶切产物中含有两条主带，被检测的大豆材料为低油脂含量的大豆，若酶切产物只有一条主带，则被检测的大豆材料为高油脂含量的大豆。本发明的优点在于：提供了一种辅助检测大豆油脂含量的分子标记，该分子标记为一种新的鉴定大豆油脂含量的CAPS标记，能够方便、有效、准确的鉴定出大豆油脂含量高低，利用本发明的分子标记可以筛选油脂含量高和油脂含量低的大豆材料，提高育种过程中选择油脂含量高的大豆品种的效率，并且可以加快油脂含量低大豆的育种进程。

技术领域

本发明涉及的是遗传育种技术领域，尤其涉及的是与大豆油脂含量高低相关的CAPS标记及其检测方法。

背景技术

大豆是世界上最重要的油料作物，大豆油占全球植物油产量的30％左右，脂肪酸约占大豆种子质量的20％,脂肪酸在若干疾病的预防和治疗方面起重要作用，包括癌症，心脏疾病和近视等。大豆油脂还能作为生物柴油的重要原料。因此提高大豆油脂含量不仅对人类健康有重要作用，而且对于经济和能源的开发应用也具有重要作用。

大豆的种子油脂含量由多个数量性状位点(QTL)或基因和各种环境条件控制。因此，使用传统的育种方法复杂且难以提高大豆的产量。分子标记为育种者寻找新的变异来源提供了快速而准确的方法，也可以用于调查控制数量遗传性状的遗传因子。使用分子标记间接选择重要的农艺性状(如种子大小种子油脂含量等)或标记辅助选择(MAS)可以提高传统植物育种计划的效率。大豆育种的主要目标是改善种子产品的质量以满足人类和/或动物的需求。随着大豆共有遗传图谱的发展，分子标记显着促进了许多大豆群体中控制重要数量性状的常见QTL的鉴定。然而，大多数鉴定的QTL/SNP标记很少应用于大豆的育种计划。据报道，通过全基因组鉴定的SNP基因型有效地促进了关联分析在作物中QTL作图的适用性。具有SNP标记的GWAS已经在许多植物物种中进行了各种重要性状的鉴定，并且能够鉴定不同作物中广泛复杂性状的致病基因，包括拟南芥，玉米，高粱和大豆。因此，鉴定与种子油脂含量相关性状相关的SNP位点将有助于在大豆育种进程。

基于PCR的标记已被广泛用作快速和可靠地检测SNP的手段，SNP产生特异性限制性位点以区分一对等位基因。衍生的限制性片段长度多态性聚合酶链反应(PCR-RFLP)技术分析使我们能够区分不同的单核苷酸变化，不产生限制性位点差异的等位基因。是用特异设计的PCR引物扩增目标材料时，由于特定位点的碱基突变、插入或缺失数很少，以至无多态出现，往往需要对相应PCR扩增片段进行酶切处理，以检测其多态性。是PCR标记的有力补充。

发明内容

本发明的目的在于克服现有技术的不足，提供了一种用于辅助检测大豆种子油脂含量的CAPS标记及其应用，以解决难以有效筛选大豆种子油脂含量高和油脂含量低以及现有筛选技术稳定性较差等问题。

本发明提供一种大豆油脂含量显著相关的SNP标记，所述SNP标记为碱基C或G，位于大豆第18号染色体54211957bp处。

进一步，本发明还提供一种以上述的SNP标记开发的CAPS标记，所述CAPS标记具有如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列，其中，所述SEQ ID NO.1的核苷酸序列中，自5’端起的第250bp为所述SNP标记，n＝g或c。

进一步，本发明还提供一种用于扩增上述CAPS标记的引物对，所述引物对的核苷酸序列为：

F：AATACTCGGACACTCCCACCT SEQ ID NO.2

R：ATTCTAACCTCCCATACCCAT SEQ ID NO.3。

进一步，本发明还提供一种利用上述CAPS的引物对鉴定大豆油脂含量的方法，该方法包括以下步骤：

(1)提取待测大豆基因组DNA；