[发明专利]一种用于检测大麦黄花叶病毒的LAMP引物组及检测方法在审
申请号: | 201810365523.4 | 申请日: | 2018-04-23 |
公开(公告)号: | CN108315493A | 公开(公告)日: | 2018-07-24 |
发明(设计)人: | 陈志伟;赵凯;毛水花;陆瑞菊;刘成洪;黄剑华;宗迎杰;张述伟;杜亚楠;范小瑞;姜琪;张琪;张晓霞;张皖静;吴文静 | 申请(专利权)人: | 上海市农业科学院 |
主分类号: | C12Q1/70 | 分类号: | C12Q1/70;C12Q1/6844;C12N15/11 |
代理公司: | 上海开祺知识产权代理有限公司 31114 | 代理人: | 张晓敏;费开逵 |
地址: | 201106 *** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 检测 黄花叶 大麦 环介导逆转录等温扩增 病毒 内引物FIP 反应条件 检测结果 结果判定 经济节约 特异性强 引物设计 直接观察 灵敏度 外引物 显色剂 靶标 可用 基因 保证 | ||
1.一种用于检测大麦黄花叶病毒的LAMP引物组,其包括外引物F3和B3,内引物FIP和BIP,从5’端到3’端,具体序列如下:
F3:5’-CGCAACTACAGTGATGAAAC-3’;
B3:5’-TCGGAAGTTAACATGGTGTT-3’;
FIP:5’-GAAGCGCCATGCTTCATTGATTTTCGTCTTACTCATCACAAACAAC-3’;
BIP:5’-CGATTTCTTCGTCCCACGATCATTTTTCAGTTCCAAGTGCTGCTA-3’。
2.一种包含权利要求1所述LAMP引物组的大麦黄花叶病毒的LAMP检测试剂盒。
3.如权利要求2所述LAMP检测试剂盒,其特征在于,包含LAMP反应体系,该LAMP反应体系包括:内引物FIP、内引物BIP、外引物F3、外引物B3、buffer、dNTPs、甜菜碱和DNA聚合酶Bst。
4.如权利要求2所述LAMP检测试剂盒,其特征在于,所述LAMP反应体系中,各成分的终浓度为:内引物FIP为0.2-1.6μM,内引物BIP为0.2-1.6μM,外引物F3为0.1-1.6μM,外引物B3为0.1-1.6μM,dNTPs为0.2-0.4mM、甜菜碱为0.4-0.8M,DNA聚合酶Bst为0.16-1U/μL。
5.如权利要求2所述LAMP检测试剂盒,其特征在于,所述的LAMP反应体系中,各成分的终浓度为:内引物FIP为0.8μM,内引物BIP为0.8μM,外引物F3为0.8μM,外引物B3为0.8μM,10×buffer,dNTPs为0.3mM、甜菜碱为0.6M,DNA聚合酶Bst为0.32U/μL。
6.如权利要求2所述LAMP检测试剂盒,其特征在于,所述LAMP反应体系中,还含有大麦黄花叶病毒的阳性质粒模板。
7.一种大麦黄花叶病毒的LAMP检测方法,包括以下步骤:
1)提取待测样品总RNA,进行反转录,获得cDNA;
2)配制LAMP反应体系;
所述LAMP反应体系中,各成分的终浓度为:内引物FIP为0.2-1.6μM,内引物BIP为0.2-1.6μM,外引物F3为0.1-1.6μM,外引物B3为0.1-1.6μM,10×buffer,dNTPs为0.2-0.4mM、甜菜碱为0.4-0.8M,DNA聚合酶Bst为0.16-1U/μL;
3)进行LAMP扩增反应
利用步骤2)的LAMP反应体系,对步骤1)获得的cDNA进行LAMP扩增,以ddH2O为阴性对照,以包含大麦黄花叶病毒目的序列的质粒为阳性对照,获得对应的扩增产物;
LAMP扩增反应的程序为:55-65℃30-60min,80-85℃3-5min;
4)鉴定扩增结果
步骤3)LAMP扩增反应结束后,向扩增产物中加入SYBR Green I染料,观察颜色变化:阳性对照显色为绿色,阴性对照显色为橘色;待测样品显色为绿色的样品为阳性,含有大麦黄花叶病毒;显色为橘色的样品为阴性,不含大麦黄花叶病毒。
8.根据权利要求6所述大麦黄花叶病毒的LAMP检测方法,其特征在于,在所述的LAMP反应体系中,各成分的终浓度为:内引物FIP为0.8μM,内引物BIP为0.8μM,外引物F3为0.8μM,外引物B3为0.8μM,10×buffer,dNTPs为0.3mM、甜菜碱为0.6M,DNA聚合酶Bst为0.32U/μL。
9.如权利要求1所述LAMP引物组用于大麦黄花叶病毒的RT-LAMP检测方法中。
10.根据权利要求9所述的RT-LAMP检测方法中,其特征在于,所述RT-LAMP检测方法中,以含大麦黄花叶病毒的大麦叶片RNA为模板,反应体系中各成分的终浓度为:内引物FIP为0.2-1.6μM,内引物BIP为0.2-1.6μM,外引物F3为0.1-1.6μM,外引物B3为0.1-1.6μM,10×buffer,dNTPs为0.2-0.4mM、甜菜碱为0.4-0.8M,DTT为0.1-10mM,逆转录酶ReverTra Ace为1-5U/μL,DNA聚合酶Bst为0.16-1U/μL,待测样品RNA≥0.001ng/μL,反应程序为:60-65℃30-60min,80-85℃3-5min。
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