[发明专利]一种基于苹果转录因子ERF4第225位的氨基酸残基种类预测苹果果实硬度的方法

说明书

本发明公开了一种基于苹果转录因子ERF4自N末端起第225位的氨基酸残基种类预测苹果果实硬度的方法。苹果转录因子ERF4自N末端起第225位的氨基酸残基种类仅为脯氨酸残基的待测苹果的果实硬度高于苹果转录因子ERF4自N末端起第225位的氨基酸残基种类为脯氨酸残基和丙氨酸残基的待测苹果。实验证明，苹果转录因子ERF4自N末端起第225位的氨基酸残基种类可以作为检测对象，预测待测苹果果实硬度。本发明具有重大的应用价值。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及一种基于苹果转录因子ERF4自N末端起第225位的氨基酸残基种类预测苹果果实硬度的方法。

背景技术

果实成熟过程中除了色泽发生变化外，质地变化也是果实成熟的一个重要特征。果实质地性状是一个综合概念，包括果实的硬度、松实、脆韧、腻粗等特征，是果实采收和贮运过程中品质评价的重要指标。而果实硬度降低后容易受到物理和非物理损伤，如机械伤害和病菌侵染等。

果实硬度高低与细胞壁中半纤维素和果胶的降解紧密相关(Brummell andHarpster，2001；Rose et al.，2004；Ng et al.，2013)，而参与果实软化过程的基因可以被分为两类：一类是结构基因，其编码的蛋白质可以直接参与细胞壁降解，如多聚半乳糖醛酸酶(polygalacturonase,PG；Atkinson et al.，2002；Wakasa et al.，2006；Quesada etal.，2009)、果胶甲酯酶(pectin methylesterase，PME；Harriman et al.，1991；Carpitaand Gibeaut，1993)；另一类是调控基因，其编码的蛋白质可以调控结构基因的转录水平。

发明内容

本发明要解决的技术问题是如何预测待测苹果的果实硬度。苹果的果实硬度越高，越易贮运。

为解决上述技术问题，本发明提供了预测待测苹果果实硬度的方法。

本发明提供的预测待测苹果果实硬度的方法，具体可为方法一，可包括如下步骤：检测待测苹果的苹果转录因子ERF4自N末端起第225位的氨基酸残基种类；“苹果转录因子ERF4自N末端起第225位的氨基酸残基种类仅为脯氨酸残基”的待测苹果的果实硬度高于“苹果转录因子ERF4自N末端起第225位的氨基酸残基种类为脯氨酸残基和丙氨酸残基”的待测苹果。

本发明提供的预测待测苹果果实硬度的方法，具体可为方法二，可包括如下步骤：检测待测苹果总RNA的特定转录本中第225个密码子的核苷酸序列；所述特定转录本可为苹果转录因子ERF4的编码基因转录得到的RNA，其第1个密码子为起始密码子；“特定转录本中第225个密码子的核苷酸序列仅编码脯氨酸”的待测苹果的果实硬度高于“特定转录本中第225个密码子的核苷酸序列编码脯氨酸和丙氨酸”的待测苹果。

本发明提供的预测待测苹果果实硬度的方法，具体可为方法三，可包括如下步骤：检测待测苹果总DNA中苹果转录因子ERF4的编码基因自5’末端起第673位的核苷酸种类；“苹果转录因子ERF4的编码基因自5’末端起第673位的核苷酸种类仅为C”的待测苹果的果实硬度高于“苹果转录因子ERF4的编码基因自5’末端起第673位的核苷酸种类为C和G”的待测苹果。

本发明提供的预测待测苹果果实硬度的方法，具体可为方法四，可包括如下步骤：提取待测苹果的总RNA并反转录为cDNA，然后采用特异引物对进行PCR扩增，检测PCR扩增产物；“PCR扩增产物中具有序列表的序列7所示的DNA分子且不具有序列表的序列8所示的DNA分子”的待测苹果的果实硬度高于“PCR扩增产物中具有序列表的序列7所示的DNA分子且具有序列表的序列8所示的DNA分子”的待测苹果。

上述方法四中，所述特异引物对可由用于扩增特异DNA片段的两条引物组成。所述特异DNA片段中具有苹果基因组中引物F1和引物R1组成的引物对的靶序列。

所述引物F1可为如下h1)或h2)：