[发明专利]利用12SrRNA基因的突变位点鉴别豫西黑猪的方法

说明书

本发明涉及动物遗传学领域，特别是指利用12S rRNA基因的突变位点鉴别豫西黑猪的方法。步骤为：在NCBI中下载猪参考序列中的12S rRNA基因；在12S rRNA基因第314位碱基的上游和下游分别设计一条PCR引物；提取待测样本的DNA，以待测样本的DNA为模板，步骤（2）中的PCR引物为引物进行PCR扩增；对PCR产物进行电泳跑胶（琼脂糖凝胶电泳）鉴定，并回收目标产物；将目标产物进行测序后与豫西黑猪的12S rRNA基因进行比对，完成豫西黑猪的鉴定。本发明不但解决了同一地域黑猪之间的区分，而且解决了现有猪肉市场混乱、以次品猪肉充当优质猪肉，却没有有效的检测方法的问题。

技术领域

本发明涉及动物遗传学领域，特别是指利用12S rRNA基因的突变位点鉴别豫西黑猪的方法。

背景技术

豫西黑猪主要分布于河南省三门峡地区卢氏县周边，经过长期自然选择，由当地山区群众按照自己饲养习惯、生活消费习惯进行人工选育，适应当地饲养环境条件的地方土猪猪种。它耐粗饲、适应性、抗病力强、肉质好，在豫西地区有较大的市场影响，被业内人士习惯性称为豫西黑猪。

线粒体基因组是动物基因组中一段相对保守的环状DNA序列，它具有保守性强且进化速度快的特点，是研究遗传进化的重要材料。其中，物种鉴定技术主要集中在D-Loop环、rRNA基因、CO氧化酶亚单位基因等几个区域。PCR技术由于其方法的简单易操作性、物种特异性和高度灵敏性被广泛的运用于食物、饲料、动物品种的鉴定工作中。

猪线粒体12S ribosomalRNA（12S rRNA）基因全长960 bp（NCBI ReferenceSequence：NC_000845.1），基因内不含有内含子，位于猪线粒体参考基因组（Sscrofa11.1）的1246 bp和2205 bp之间。12S rRNA基因的二级结构在功能上分为四个功能区，分别为I区、II区、III区和IV区，每个功能区是一个单独的标准区域，功能区III区和功能区IV区高度保守。在结构上包含四种类型的结构，分别为：螺旋或茎区、突出部、环区、不在螺旋内的未配对的区域。其中茎区是碱基完全互补配对的区域，这个区域对12S rRNA的二级结构的稳定性有很大的影响。

发明内容

本发明提出利用线粒体12S ribosomal RNA（12S rRNA）基因鉴定豫西黑猪的方法，解决了现有猪肉市场混乱、以次品猪肉充当优质猪肉，却没有有效的检测方法的问题，发明人在研究过程中发现豫西黑猪12S rRNA基因第314位的碱基特征与NCBI上猪12S rRNA参考序列SEQ ID 1相比，豫西黑猪的12S rRNA 序列SEQ ID 2 中，第314位碱基由T突变为C，本申请利用该发现对猪的品种进行鉴别。

本发明的技术方案是这样实现的：

利用12S rRNA基因的突变位点鉴别豫西黑猪的方法，步骤为：

（1）在NCBI中选取豫西黑猪12S rRNA基因；

（2）在12S rRNA基因第314位碱基的上游和下游分别设计一条PCR引物；

（3）提取待测样本的DNA，以待测样本的DNA为模板，步骤（2）中的PCR引物为引物进行PCR；

（4）对PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳检测，并回收目标产物；

（5）将目标产物进行测序后与豫西黑猪（NCBI上参考序列）12S rRNA基因进行比对，完成豫西黑猪的鉴定。

所述步骤（4）中的测序结果在12S rRNA基因的第314位碱基为C则为豫西黑猪品种。

所述方法还可用来鉴定杜洛克猪。

用所述方法鉴定杜洛克猪时，测序结果在12S rRNA基因的第314位碱基处插入了A的为杜洛克猪。

本发明的有益效果在于：