[发明专利]一种基因组简化与二代测序SNP复合检测体系和检测方法

说明书

本发明公开了一种基因组简化与二代测序SNP复合检测体系和检测方法，包括如下步骤：将形成的扩增产物内添加底物，从而能够合成第一个碱基，并清除所有游离的碱基，在测序时，选取PTP平板，且PTP平板表面含有160万个光纤孔，光纤孔内载有化学发光反应所需的各种酶以及底物，然后将碱基依照T、A、C、G的顺序依次循环进入PTP平板，假如发生碱基配对，会释放焦磷酸，焦磷酸在酶的作用下，形成氧化荧光素，同时释放光信号，实时利用高灵敏度CCD捕获，碱基和PTP平板进行配对，然后捕获到一分子的光信号，由此一一对应，能够准确、快速的确定待测模板的碱基序列。本发明能够对基因组进行准确的测序。

技术领域

本发明涉及基因组测序技术领域，尤其涉及一种基因组简化与二代测序SNP复合检测体系和检测方法。

背景技术

DNA测序作为一种重要的实验技术，在生物学研究中有着广泛的应用。早在DNA双螺旋结构(Watson and Crick,1953)被发现后不久就有人报道过DNA测序技术，但是当时的操作流程复杂，没能形成规模。Sanger法因为既简便又快速，并经过后续的不断改良，成为了迄今为止DNA测序的主流。然而随着科学的发展，传统的Sanger测序已经不能完全满足研究的需要，对模式生物进行基因组重测序以及对一些非模式生物的基因组测序，都需要费用更低、通量更高、速度更快的测序技术，第二代测序技术(Next-generation sequencing)应运而生。这三个技术平台各有优点，454FLX的测序片段比较长，高质量的读长(read)能达到400bp；Solexa测序性价比最高，不仅机器的售价比其他两种低，而且运行成本也低，在数据量相同的情况下，成本只有454测序的1/10；SOLID测序的准确度高，原始碱基数据的准确度大于99.94％，而在15X覆盖率时的准确度可以达到99.999％，是目前第二代测序技术中准确度最高的。为此，我们提出了一种基因组简化与二代测序SNP复合检测体系和检测方法。

发明内容

本发明提出了一种基因组简化与二代测序SNP复合检测体系和检测方法，以解决上述背景技术中提出的问题。

本发明提出了一种基因组简化与二代测序SNP复合检测体系和检测方法，包括如下步骤：

S1：选取目标DNA，并利用内切酶对目标DNA进行酶切，以便获得目标DNA片段，完成后，将其置于零下10-零下2摄氏度的无菌储存箱内，备用；

S2：再次选取DNA模板，并在DNA模板表面涂抹DNA模板制备液，且DNA模板制备液需均匀涂抹，以保证反应的准确度；

S3：向S1中处理的目标DNA片段内添加DNA修复酶，并在15-25摄氏度的环境下，能够将目标DNA片段末端进行修复，然后再次向其中添加碱基，并将其储存3-6h，然后备用；

S4：将S3中储存后的目标DNA片段取出，并在放置在15-25摄氏度的反应器皿内，并将目标DNA片段分别与甲基化引物相连接，从而获取的连接产物；

S5：将S4中产生的连接产物置于S2中的DNA模板内，并将目标DNA片段结合到扩增引物表面，然后将目标DNA片段进行扩增，从而能够形成扩增产物；

S6：将形成的扩增产物内添加底物，从而能够合成第一个碱基，并清除所有游离的碱基，在测序时，选取PTP平板，且PTP平板表面含有160万个光纤孔，光纤孔内载有化学发光反应所需的各种酶以及底物，然后将碱基依照T、A、C、G的顺序依次循环进入PTP平板，假如发生碱基配对，会释放焦磷酸，焦磷酸在酶的作用下，形成氧化荧光素，同时释放光信号，以获取信号；

S7：将S6中释放的光信号，实时利用高灵敏度CCD捕获，碱基和PTP平板进行配对，然后捕获到一分子的光信号，由此一一对应，能够准确、快速的确定待测模板的碱基序列。

本发明还提出了一种DNA模板的制备方法，具体步骤如下：