[发明专利]一种基因组简化与二代测序SNP复合检测体系和检测方法在审
申请号: | 201810035165.0 | 申请日: | 2018-01-15 |
公开(公告)号: | CN108148899A | 公开(公告)日: | 2018-06-12 |
发明(设计)人: | 李泽卿 | 申请(专利权)人: | 武汉爱基百客生物科技有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6869 | 分类号: | C12Q1/6869;C12Q1/6806 |
代理公司: | 上海精晟知识产权代理有限公司 31253 | 代理人: | 冯子玲 |
地址: | 430000 湖北省武汉市东湖*** | 国省代码: | 湖北;42 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 测序 碱基 基因组 光纤孔 焦磷酸 底物 捕获 化学发光反应 高灵敏度 碱基配对 碱基序列 扩增产物 平板表面 氧化荧光 释放 检测 配对 游离 合成 | ||
1.一种基因组简化与二代测序SNP复合检测体系和检测方法,其特征在于,包括以下步骤:
S1:选取目标DNA,并利用内切酶对目标DNA进行酶切,以便获得目标DNA片段,完成后,将其置于零下10-零下2摄氏度的无菌储存箱内,备用;
S2:再次选取DNA模板,并在DNA模板表面涂抹DNA模板制备液,且DNA模板制备液需均匀涂抹,以保证反应的准确度;
S3:向S1中处理的目标DNA片段内添加DNA修复酶,并在15-25摄氏度的环境下,能够将目标DNA片段末端进行修复,然后再次向其中添加碱基,并将其储存3-6h,然后备用;
S4:将S3中储存后的目标DNA片段取出,并在放置在15-25摄氏度的反应器皿内,并将目标DNA片段分别与甲基化引物相连接,从而获取的连接产物;
S5:将S4中产生的连接产物置于S2中的DNA模板内,并将目标DNA片段结合到扩增引物表面,然后将目标DNA片段进行扩增,从而能够形成扩增产物;
S6:将形成的扩增产物内添加底物,从而能够合成第一个碱基,并清除所有游离的碱基,在测序时,选取PTP平板,且PTP平板表面含有160万个光纤孔,光纤孔内载有化学发光反应所需的各种酶以及底物,然后将碱基依照T、A、C、G的顺序依次循环进入PTP平板,假如发生碱基配对,会释放焦磷酸,焦磷酸在酶的作用下,形成氧化荧光素,同时释放光信号,以获取信号;
S7:将S6中释放的光信号,实时利用高灵敏度CCD捕获,碱基和PTP平板进行配对,然后捕获到一分子的光信号,由此一一对应,能够准确、快速的确定待测模板的碱基序列。
2.一种根据权利要求1所述的DNA模板的制备方法,其特征在于:具体步骤如下:
A、选取动物细胞,并将动物细胞置于离心管或PCR管中,然后在50-60摄氏度的条件下保温10-13min;
B、然后向其中加入蛋白酶K溶液,并实时进行晃动,且蛋白酶K终浓度为1.0-3.0mg/ml;
C、在70-85摄氏度的条件下保温30-55min后,离心取上清,形成上清液,然后再次向上清液中添加DNA模板制备液,完成后,即得到DNA模板。
3.根据权利要求1所述的一种基因组简化与二代测序SNP复合检测体系和检测方法,其特征在于:在S2中对目标DNA片段进行修复前,需要预先对目标DNA片段进行纯化,以保证目标DNA片段的干净度。
4.根据权利要求1所述的一种高通量简化基因组测序文库的构建方法,其特征在于:在S4中的甲基化引物序列为:
引物序列P1:CTACGACGAGATGACATATT,
引物序列P2:ATCGATACGACGACGATCAG。
5.根据权利要求1所述的一种高通量简化基因组测序文库的构建方法,其特征在于:在S5中的扩增引物序列为:
引物序列P1:CGACTACGAGATGTCATATC,
引物序列P2:ACTGTACTGACGACGTTCGA,
引物序列P3:ACTGATCGGCATACAGTGCA。
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