[发明专利]一种斑节对虾A1426G单核苷酸多态性标记候选序列的筛选方法在审
| 申请号： | 201810011659.5 | 申请日： | 2018-01-05 |
| 公开（公告）号： | CN108504743A | 公开（公告）日： | 2018-09-07 |
| 发明（设计）人： | 钟声平;王贤丰;赵艳飞;宋志飞 | 申请（专利权）人： | 广西壮族自治区海洋研究所 |
| 主分类号： | C12Q1/6888 | 分类号： | C12Q1/6888;C12Q1/6858 |
| 代理公司： | 北海市佳旺专利代理事务所(普通合伙) 45115 | 代理人： | 黄建中 |
| 地址： | 536000 广西壮*** | 国省代码： | 广西;45 |
| 权利要求书： | 查看更多 | 说明书： | 查看更多 |
| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 筛选 斑节对虾 候选序列 单核苷酸多态性标记 单核苷酸多态性位点 单核苷酸多态性检测 聚丙酰胺凝胶电泳 生物信息学分析 特异性引物 基因组DNA 基因分型 引物序列 混合样 转录组 检测 测序 位点 验证 | ||
1.一种斑节对虾单核苷酸多态性标记候选序列的筛选方法，其特征在于所述方法包括下述具体技术步骤：
(1)筛选候选序列：
提取20尾斑节对虾的头胸甲总RNA，混合样品进行转录组测序，拼接斑节对虾头胸甲参考转录本，比对定位测序读端(reads)到参考转录本筛查单核苷酸多态性位点，并筛选比对质量分数大于40、次要等位基因频数在200以上，以及次要等位基因频率高于20％的位点为候选序列；
(2)筛选候选SNP位点
其候选comp233997的基因序列为：
TTGGGCCAGTTGAAGGTACAACGCTGTATGATAAAAATAAATGCATTGAGGGGACGCAGTACAAGCAGGATGCATTCCACCTTTTTTCTTCTCTCTTCAGAAAATATAACACTGAATCACACAAGACTCAATATCTAATATTCCAATTTTATTAATCTGTAACTTTATGATTTCAGGTTTTGGCCTAAAATGTTTACATAATATCACACAACAACACCAAAACACAACAAGGCAATGACAATCTGTTAGATTTTGTAATTTGCAGTTTATTGAATGACAGAATAAATATATCCTATTAACTTGAGTTTTTACCCCAAGTGACTAGGTATGGTTCACAGACCATGTAACATTTACAGATCTATATTTATCTTTTCTTCTTACTTGCATGGAATGACTGAGACATGTACATTCACCAAGCGACACTGTTTATCAAGTCCATATTTGACTGTTCATCTAAACATCCTACTCCATTTTTGCTCAGCTCTATATACCTGTCCTACAACAAAACTTGGCAGCTTGTACTTGCAATAACATTGAATCAATCAAAAGAAAATTTACTAAGAGCAATACCCTATAAAAAGTAAAACTTAGTTTGGACTTGTCTGAAATTTTCCAAACATCTTAAACAATCTTATTGCAAGTCCCTGCTGTTTTAAGTGTAATCATATTCTCAAGACAAACTATATACAGGCAACAGGAATAGCAGCTTAAAACCATAACCCACATGATTAGAAGCCTTGTTAGCCAATCTTCAGCCAACTTTATATTTCCTAGATGTGTGGATGTACAAGATTATCGAGTACCTTTCATATTATTAGTAATGCAGTGTACCCATCACAAAATGGAGTTTAACTTTGATCTTAAGCATTTGTGACAGCTGTACAAGCACTCTGAACAGCAATAAAACAGAAGCTTTAAGGCTCCCGATGAGTAACTTAACTTAACAAGCAATTAGTATCCCTTGTCAAGTCCATAACTGAGAAATTACTGTACGTACAGGACGCGCATGGTATTGGTAAAGCCAGCTCCCTTCTGCCAGCCAGTCACCACAACAACAGGGTCGCCGGGCTTGATGAAGCCACACTCCTTGCCATACTGAACAGCATAGTCTACGCGAGCATTGACATCATTCATCCAGTCTTCAATACGTTCAGCATTCTGAGGCACAGTGTAGTGGATGGGAATAATACCACGGTAGAGATGGCACTGTCTGGCCACCTGTGGGAATCGAGTTACAGCCACAATTGGGCAGCGAGGCCTGTACTTTGAAACCAAATGAGCAGAGCGACCAGTGGTGGTAATAACAATAATGGCTGTGGCCATTGCTTTGAATGAAGCTTCAACAGCAGCAATGGCTGTGGTGTGTGTTGAGTCAGTGGGCAGTTGGACCTGCTGAGACAGCTCAGTGAAGAGTTGCTTGTGCCAAATTGCAGCTTCAGCTTCACGTGCAATATTGGCCATGGTTCGCACACACACAAGAGGGTAGTCTCCCTTAGCAGTTTCACCAGACAGCATGACACAGTCAGCACCATCAAGAATAGCATTACCAACATCAGACACTTCAGCACGTGTGGGACGGGGTTTCTTCACCATGGATTCCAACATCTGGGTAGCACAAATGACTGGCTTTCCAACTTTGTTGCACTTGGCAATCATCTGTTTCTGGGCCACAAAGACCTTCTCGGCTGGGATCTCAATACCCAAATCACCACGAGCAATCATGATACCATCTCCCTCTTCAATGATGTCATCAATGTTCTTGCATCCCTGGTGATTCTCAATCTTGCTGATGATTTTAATGTTCTTGCCCTTTTCACCAAGGACTTCCCTGATCTCACGGACTCCAGCTGCATCACGGATGAAGGATGCAAACACAATGTCTACTCCCATTTTGACACCAAGGAGGAGGTCACCACGGTCCTTCTCAGAGACTGCAGGAAGGTCTACTGGGACACCTGGGAGGTTCATGCCCTTCTTGCTCCCAAGCATACCTCCATTTTCAACCTCACATTCAATGGAATCACTGCCCACATCCTTGGCAATAAGAGAGATAAGGCCATCATCAACAAAAATGCGGTTGCCAGGTTTCACAACTTTGGTGATGTTGACATAGTCCAAGTAAAGCACCTCTTCTGAGCACTTTTCGTAGTAACTGCTATCTGTGGTCAACTTGATTGTGGCACCTTCCTTCAATTCAATTTCAGCTGTTGGTCCACCTTCCAAAAGGCCAGTACGAATTTCAGGTCCCTTTGTATCAAGAGCAATGGCAACAGGATAAGAATGCCCAATCTTCTCGGAATACTTCTGGGCTGCCTTACGGACATTCATCATTGTCTCACTGTGGTATTCATGGGTGCCGTGGGAGAAGTTCATACGTGCGATGTTCATGCCAGCCTCCATCATCTTCTCCAGCATCTCCACAGACCGAGAGACAGGCCCAATGGTGCAGATGATGCCGGAGAGTCGCTTCGAGAAAGGTTTAGAGTCGATGTCCAGGGCCGCCATGTGGTCCACCTGAGTGTGGGCATCTGCGGCCCCAAGCTGCATGGGTGCTACCTTCGACATCTTGAGATCTTGTATTTGAACAGAGAGCAGCTTTTTCTTTCTTCCTCTACCGTGGCTGACCGGCGACTGCACGGAAATCAATGTTGCAATCCTTTCACCCTTGACTTTGGCAGTTGCGTCTTATCGTGTAGAAAAGACAAAATCGATCGATGTGCTTATATTATGGTATTAGATAATCTTTCTTAATTTCTTTTTTCATTTTCTATTGCCAATATCAAGGTAAAAAGATATCCAGGTTCAGGAAAATAGCCATTTCCAAAAGAATTCAAGAAATCGGACGTCATGATCTTTACCGCAG，其中加粗、加下划线的碱基为候选A1426G_SNP位点；
3)、设计特异性引物
采用PAMSA方法设计特异性引物，其正链引物一：5’-GGTTTTGAAGAGTTGCTTGTGACAA-3’；正链引物二：5’-ATTTTTTTGGTTTTGAAGAGTTGCTTGTGCCCG-3’，负链引物：5’-GTGAAGAAACCCCGTCCCA-3’。
该专利技术资料仅供研究查看技术是否侵权等信息，商用须获得专利权人授权。该专利全部权利属于广西壮族自治区海洋研究所，未经广西壮族自治区海洋研究所许可，擅自商用是侵权行为。如果您想购买此专利、获得商业授权和技术合作，请联系【客服】
本文链接：http://www.vipzhuanli.com/pat/books/201810011659.5/1.html，转载请声明来源钻瓜专利网。
