[发明专利]用于在FISH测定中检测多个基因重排的三色探针

说明书

提供探针系统。在一些实施方案中，所述探针系统可包含：第一标记的探针，其与第一基因座中潜在的易位断裂点的一侧杂交；第二标记的探针，其与所述第一基因座中潜在的易位断裂点的另一侧杂交；第三标记的探针，其与第二基因座中潜在的断裂点的一侧杂交；第四标记的探针，其与所述第二基因座中潜在的易位断裂点的另一侧杂交；以及第五标记的探针，其与所述第一基因座及所述第二基因座之任一者(但不是二者)中潜在的易位断裂点的两侧杂交。所述第五探针是与所述第一、第二、第三、第四探针可区分地标记的。还提供使用所述探针系统来检测所述第一和第二基因座中染色体重排的方法。

交叉引用

此申请要求2017年8月12日递交的美国专利申请系列号15/236,264的权益，其通过提述并入本文。

背景

荧光原位杂交(FISH)是一种细胞遗传学技术，其使用仅与染色体中具有高度序列互补性的部分结合的荧光探针。FISH长期以来用于检测染色体重排，而且由于染色体重排在人类癌症中是十分常见的，FISH通常被用于诊断或评估恶性肿瘤。

由于染色体重排被认为可引发许多人类癌症，所以检测此类重排可提供以特定方式治疗患者的基本理据。例如，如果非小细胞肺癌与ALK或ROS1中的易位相关，则所述患者可潜在地用相同的疗法治疗，如克唑替尼(crizotinib)，其抑制ALK和ROS1二者(通常，参见Soloman等.Clin.Onc.201533:972-4)。

现有的用于检测特定重排的FISH方法仅能够可靠地逐一检测此类重排(参见如Bergethon等Clin Oncol 2012 30:863–870)，因此是受限的。在样品有限的情况下(这是常有的)这可能成问题。此外，进行两次单独测定可能使诊断的时间加倍，可能延误诊断和治疗。通过FISH多重检测两种或多种不同的染色体重排将极大地帮助癌症预后、诊断和治疗，因此是非常可取的。

概述

除其他方面外，提供探针系统。在一些实施方案中，所述探针系统可包含：第一标记的探针，其与第一基因座中潜在的易位断裂点的一侧杂交；第二标记的探针，其与所述第一基因座中潜在的断裂点的另一侧杂交；第三标记的探针，其与第二基因座中潜在的断裂点的一侧杂交；第四标记的探针，其与所述第二基因座中潜在的易位断裂点的另一侧杂交；以及第五标记的探针，其与所述第一基因座及所述第二基因座中的任一者(但不是二者)中潜在的易位断裂点的两侧杂交。所述第一和第二探针是可区分地标记的，所述第三和第四探针是可区分地标记的，且所述第五探针是与所述第一、第二、第三和第四探针可区分地标记的。

还提供使用所述探针系统来检测染色体重排的方法。在一些实施方案中，此方法可包括：(a)使所述探针系统与染色体原位杂交以产生标记的样品；(b)读取所述标记的样品以检测所述标记的探针的杂交；且(c)使用获自读取步骤(b)的结果来测定所述样品是否包含所述第一或第二基因座中的重排。

附图简述

图1示意性地说明了本探针系统的某些特征。

图2A和2B是显示组成探针相对于其靶基因ROS1(图2A)和ALK(图2B)的位置的示意图。

图3A和3B显示使用ROS1重排的样品获得的结果，其显示同一细胞中ROS1探针信号特征和ALK探针信号特征。3A)Cy3和Aqua的共定位，但无FITC信号，表明此细胞具有ROS1重排。3B)cy3和FITC信号的共定位，缺少Aqua信号，表明此样品中ALK未重排。

图4显示使用ALK重排的样品获得的结果，其显示单独的红色和绿色信号。未重排的ROS1基因显示红色/绿色/蓝色信号特征。

定义