[发明专利]用于检测血液样品中肿瘤来源DNA的CpG甲基化的方法

说明书

本发明涉及药物基因组学领域，并且特别地涉及在血液或血液来源样品中或在包含从肿瘤释放的DNA的其他体液中检测来源于肿瘤的甲基化ANKRD13B和/或FOXF2 DNA的存在或不存在。这种检测可用于癌症的最低侵入性诊断，并且本发明提供了适于该目的的方法和寡核苷酸。

技术领域

本发明涉及药物基因组学领域，并且特别地涉及在血液或血液来源样品中或在包含从肿瘤释放的DNA的其他体液中检测来源于肿瘤的甲基化ANKRD13B和/或FOXF2DNA的存在或不存在。这种检测可用于癌症的最低侵入性诊断，并且本发明提供了适于该目的的方法和寡核苷酸。

背景技术

超过65年前，Mandel和Metais首次描述了其在人中存在细胞外核酸的观察结果(Mandel P，Metais P.Les acides nucleiques du plasma sanguin chez l′homme.C.R.Acad.Sci.Paris 142，241-243.1948)，并且在四十多年后，可以明确证明，在从血浆、血清和其他体液分离的无细胞核酸中可以发现肿瘤相关的遗传改变(FleischhackerM，Schmidt B.(2007)Circulating nucleic acids(CNAs)and cancer--a survey.BiochimBiophys Acta 1775：181-232；Jung K，Fleischhacker M，Rabien A.(2010)Cell-free DNAin the blood as a solid tumor biomarker-a critical appraisal of theliterature.Clin Chim Acta 411：1611-1624)。这包括在不同形式的恶性肿瘤中观察到的表观遗传改变。DNA甲基化是哺乳动物染色质的标志，并且已知在CpG二核苷酸背景下的胞嘧啶甲基化在调节发育中发挥作用并且在例如胚胎发生和细胞分化的基本生物学过程中具有重要意义(Smith ZD，Meissner A.(2013)DNA methylation：roles in mammaliandevelopment.Nat Rev Genet 14：204-220；Gibney ER，Nolan CM.(2010)Epigenetics andgene expression.Heredity(Edinb)105：4-13)。因此，甲基化不仅调节基因转录，而且还在维持基因组稳定性、印记和X染色体失活中起作用。癌基因和肿瘤抑制基因中的表观遗传改变在癌症发生中具有关键的重要性(Suva ML，Riggi N，Bernstein BE.(2013)Epigeneticreprogramming in cancer.Science 339：1567-1570)。DNA甲基化模式在癌细胞中极大地改变，并且因此可用于区分癌细胞与正常组织。因此，DNA甲基化模式被用于诊断所有类型的癌症。比较近的理念是使用从肿瘤释放到例如血液中的游离循环肿瘤DNA进行甲基化分析，作为患者体内肿瘤负荷的指示。这种分离并且用非常灵敏且高度特异性的方法表征来自肿瘤患者的细胞外核酸的能力产生术语“液体活检(liquid biopsy)”。因此，医生不再仅仅依赖于组织活检和身体扫描的检查。