[发明专利]用于检测血液样品中肿瘤来源DNA的CpG甲基化的方法

权利要求书

1.用于检测来自对象之样品的具有SEQ ID NO：1中所包含序列的基因组DNA内和/或具有SEQ ID NO：26中所包含序列的基因组DNA内的DNA甲基化的方法，所述样品包含来自血液的无细胞DNA或是由其获得的样品。

2.权利要求1所述的方法，其中所述具有SEQ ID NO：1中所包含序列的基因组DNA具有SEQ ID NO：6、优选SEQ ID NO：11和/或16并且更优选SEQ ID NO：21中所包含序列，和/或其中所述具有SEQ ID NO：26中所包含序列的基因组DNA具有SEQ ID NO：31和/或36、优选SEQID NO：41、更优选SEQ ID NO：46并且最优选SEQ ID NO：51中所包含序列。

3.权利要求1或2所述的方法，其中所述对象患有癌症的风险提高或被怀疑患有癌症：当检测具有SEQ ID NO：1中所包含序列的基因组DNA内的DNA甲基化时，所述癌症选自：胃癌、肝癌、结肠癌、卵巢癌、食管癌、膀胱癌和前列腺癌；和/或当检测具有SEQ ID NO：26中所包含序列的基因组DNA内的DNA甲基化时，所述癌症选自：肺癌、结肠癌、乳腺癌、胃癌和食管癌。

4.权利要求1至3中任一项所述的方法，其包括以下步骤：

(a)将所述基因组DNA中在5-位未甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶或不与鸟嘌呤杂交的另一碱基；

(b)甲基化特异性地扩增经转化DNA中的区域；

(c)检测步骤(b)中扩增的DNA的存在或不存在；

其中扩增的DNA的存在或不存在分别指示甲基化基因组DNA的存在或不存在。

5.权利要求4所述的方法，其中所述经转化DNA中的区域通过使用至少一种甲基化特异性寡核苷酸来甲基化特异性地扩增，所述至少一种甲基化特异性寡核苷酸与SEQ ID NO 2至5中的一段连续核苷酸基本上相同或互补以用于扩增由具有SEQ ID NO：1中所包含序列的基因组DNA获得的经转化DNA，或者与SEQ ID NO 27至30中的一段连续核苷酸基本上相同或互补以用于扩增由具有SEQ ID NO：26中所包含序列的基因组DNA获得的经转化DNA。

6.用于在对象中检测癌症的存在或不存在或其风险的方法，其包括根据权利要求1至5中任一项来检测DNA甲基化。

7.权利要求6所述的方法，其中当检测具有SEQ ID NO：1中所包含序列的基因组DNA内的DNA甲基化时，所述癌症选自胃癌、肝癌、结肠癌、卵巢癌、食管癌、膀胱癌和前列腺癌，和/或当检测具有SEQ ID NO：26中所包含序列的基因组DNA内的DNA甲基化时，所述癌症选自肺癌、结肠癌、乳腺癌、胃癌和食管癌。

8.权利要求7所述的方法，其中：

(i)存在显著量的具有SEQ ID NO：1中所包含序列的甲基化基因组DNA指示存在胃癌、肝癌、结肠癌、卵巢癌、食管癌、膀胱癌或前列腺癌或其风险，不存在显著量的具有SEQ IDNO：1中所包含序列的甲基化基因组DNA指示不存在胃癌、肝癌、结肠癌、卵巢癌、食管癌、膀胱癌和前列腺癌或其风险；

(ii)存在显著量的具有SEQ ID NO：26中所包含序列的甲基化基因组DNA指示存在肺癌、结肠癌、乳腺癌、胃癌或食管癌或其风险，不存在显著量的具有SEQ ID NO：26中所包含序列的甲基化基因组DNA指示不存在肺癌、结肠癌、乳腺癌、胃癌和食管癌或其风险；

(iii)存在显著量的具有SEQ ID NO：1中所包含序列的甲基化基因组DNA和显著量的具有SEQ ID NO：26中所包含序列的甲基化基因组DNA指示存在胃癌、结肠癌或食管癌或其风险；以及

(iv)存在显著量的具有SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：26之一中所包含序列的甲基化基因组DNA并且不存在显著量的具有另一个中所包含序列的甲基化基因组DNA指示存在根据(i)和(ii)组合指示的癌症或其风险。