[发明专利]基于Lectin基因对部分隐孢子虫种类的分子鉴定方法

说明书

本发明公开了一种基于Lectin基因对部分隐孢子虫种类的分子鉴定方法，具体步骤如下：（1）基于SSU rRNA基因对待测样品进行巢式PCR扩增，测序比对，确定待测样品是否为隐孢子虫阳性，以及属于哪一种隐孢子虫种；（2）若待测样品属于C.parvum、C.hominis、C.cuniculus、horse genotype或驴源C.hominis中的一种，则基于Lectin基因对同种隐孢子虫不同分离株的待测样品进行巢式PCR扩增，测序比对，通过待测样品的Lectin基因位点上的连续的CAA三联密码子的个数确定待测样品是否为同种隐孢子虫不同分离株。本发明经序列比对及进化树结果表明，Lectin基因作隐孢子虫鉴定工具用于SSU rRNA序列相近隐孢子虫种的鉴定有更好的区分度，可望为隐孢子虫的分子流行病学、群体遗传分析增添新的分子工具。

技术领域

本发明属于寄生虫的种类鉴定技术领域，具体涉及一种基于Lectin 基因对部分隐孢子虫种类的分子鉴定方法。

背景技术

隐孢子虫是一种重要的人兽共患性原虫，被认为是仅次于轮状病毒的第二大重要的腹泻病原体，其宿主范围广泛，可引起急慢性及肠胃炎性腹泻，严重程度与宿主自身的免疫状态有关。隐孢子虫也是因人类免疫缺陷病毒（HIV）引起的艾滋病和器官移植的机会性病原体。该病已被确定为引起人类腹泻的6大病因之一，常通过水源或食源性污染造成暴发性流行，迄今为止仍无有效的治疗药物，对人类公共卫生造成很大威胁。目前隐孢子虫有效种已达31种，C. parvum、C. hominis在人隐孢子虫检测中较为常见，对这两个种以及与它们相近种的隐孢子虫种类的鉴定与分析应进行更深入的研究。目前常用的鉴定隐孢子虫的基因工具是SSU rRNA。该基因分类工具可以鉴别出多种隐孢子虫种类，且由于基因的多拷贝特性，以及存在半保守和高变区域，适合于设计属特异性引物。但SSU rRNA基因的不足之处在于不同拷贝间存在微小的序列差异，这有时会导致某一虫种或基因型RFLP分析结果不一致。因此，区别不同分离株不同拷贝序列内部差异是很有必要的。

目前隐孢子虫种类的确立主要基于以下几个方面：(1)卵囊的形态；(2) 虫体遗传特征；(3)自然或试验感染宿主的特异性；(4)符合国际动物命名法规(International CodeOf Zoological Nomenclature)。基因型的命名是指在发现有足够的的 SSU rRNA基因（Small subunit ribosome RNA）或者其他基因差异，以及需要通过系统发育分析排除这种差异是由于SSU rRNA基因拷贝之间的异质性或者内部基因变化导致的。