[发明专利]用于鉴定桃花铃型/蔷薇型性状的单核苷酸多态性标记位点、引物对、试剂盒及应用

说明书

本发明公开了用于鉴定桃花铃型/蔷薇型性状的单核苷酸多态性标记位点、引物对、试剂盒及应用，所述的单核苷酸多态性标记位点是桃基因组第8染色体的第14,484,624位核苷酸，该核苷酸为A或C。本发明通过对大量桃种质样品的测序比对，鉴定出4063377个SNPs，利用这些SNPs对129份种质的花型(铃型/蔷薇型)性状进行全基因组关联分析，鉴定出与桃花型(铃型/蔷薇型)有显著关联的SNP位于第8染色体的第14,484,624bp处。并设计了特定的PCR引物扩增对和单碱基延伸引物，将完成单碱基延伸反应的的产物进行处理和分析，根据不同产物的分子量大小获得其基因分型结果。本发明的检测方法具有简单、快速、成本低的优点，能够实现生产中大规模的应用，具有良好的社会和经济效益。

技术领域

本发明涉及用于鉴定桃花型(铃型/蔷薇型)性状的单核苷酸多态性标记位点、引物对、试剂盒及应用，属于生物技术领域。

背景技术

选择是育种中最重要的环节之一，它是指在一个群体中选择符合要求的基因型，来进行后续的培育。但在传统育种中，由于很难获知后代的基因型，因此选择的依据通常是表现型而非基因型，这种选择方法对质量性状而言一般是有效的，但对数量性状来说，因为其表现型与基因型之间缺乏明确的对应关系，因而效率不高。此外，对于以果实性状为目标的果树来说，这些性状都有其特定的表现时期，通常需要度过3-5年甚至更长时间的童期，因而选择的时间较晚。这对于那些植株高大、占地多、生长季长的作物，特别是果树之类的园艺作物，显然是非常不利的。

近20年来迅速发展起来的基于DNA的分子标记技术，即“分子标记辅助选择”(marker-assisted selection，缩写为MAS)给育种提供了崭新的途径。它通过分析与目的基因紧密连锁的分子标记的基因型来进行育种，从而达到提高育种效率的目的。Yamamoto(2001)利用AFLP(Amplified Fragment Length Polymorphism，扩增片段长度多态性)、RAPD(random amplified polymorphic DNA，随机扩增多态性DNA)、SSR(Simple SequenceRepeats，简单重复序列)和RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism，限制性内切酶片段长度多态性)标记，将果皮颜色定位第6连锁群，与之连锁距离最近(3.7cM)的SSR标记为UDP96-015。由于进行分子标记辅助选择有两个重要的前提，首先是必须得到与目标性状紧密连锁的标记，即建立目标基因与分子标记的连锁关系。其次是检测的自动化，由于分子标记辅助选择要求对育种群体进行大规模检测，因而要求检测的方法要简单、快速、成本低、比较准确，以实现检测过程(包括DNA的提取、分子标记的检测、数据分析等)的自动化。但是，可以发现在过去很长一段时间内采用的分子标记，如RFLP(RestrictionFragment Length Polymorphism，限制性内切酶片段长度多态性)、RAPD(randomamplified polymorphic DNA，随机扩增多态性DNA)、AFLP和SSR等通常需要酶切或PCR后用电泳检测分型结果，很难实现这一点。

SNPs标记(single nucleotide polymorphisms，单核苷酸多态性)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它在基因组上分布广泛，数量众多，因此很容易检测到相对于RFLP、RAPD、AFLP、SSR标记更连锁的标记，且在检测时具有高通量、简单、快速、高灵敏度的优点，是进行分子标记辅助育种中最具潜力的标记。

桃(学名：Amygdalus persica L.)：蔷薇科、桃属植物。花型有蔷薇型和铃型两种。然而，现有的SSR标记与桃花型(铃型/蔷薇型)性状连锁距离远，在杂交后代的早期鉴定中准确率较低；而现有的与目标性状连锁的SNPs标记来自芯片鉴定的结果，由于芯片位点较少(少于9000个)，因此不能保证鉴定出的SNPs是与目标性状最关联或连锁的位点。

发明内容