[发明专利]鉴定水稻稻瘟病抗性性状的分子标记、鉴定方法及应用

说明书

本发明属于分子生物学技术领域，公开了一种鉴定水稻稻瘟病抗性性状的分子标记、鉴定方法及应用，所述分子标记为Pib‑TPAP，包括核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的Pib‑TPAP‑O‑F、SEQ ID NO.2所示的Pib‑TPAP‑O‑R、SEQ ID NO.3所示的Pib‑TPAP‑I‑F和SEQ ID NO.4所示的Pib‑TPAP‑I‑R。该分子标记可以对Pib基因的水稻稻瘟病菌抗性的两种等位基因型进行直接鉴定，该分子标记基于PCR技术，无需测序或酶切，仅一次PCR即可准确鉴定抗感两种等位基因型，大大提高了该基因位点的检测效率，且准确率达100％。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，具体涉及一种鉴定水稻稻瘟病抗性性状的分子标记、鉴定方法及应用。

背景技术

由稻瘟病菌(Magnaporthe oryzae)引起的稻瘟病是水稻重要病害之一，可引起水稻大幅度减产，严重时造成颗粒无收，严重影响着我国的粮食安全生产。历史实践证明，选育抗稻瘟病水稻品种是减轻稻瘟病危害的最有效解决方案。而由于稻瘟病的抗性鉴定较为繁琐，受年纪间影响较大，通过分子标记辅助进行抗稻瘟病品种的选择可以大大提高选择效率，不受外部自然环境的影响，是改良水稻稻瘟病抗性的最佳手段。

目前，已有24个抗稻瘟病基因被成功克隆，分布于水稻除第3号染色体的所有染色体上。Pib基因于1996年被成功克隆，属于NBS-LRR类抗病基因，包含有4个内含子(164bp,810bp,1340bp,308bp)，全长cDNA由306bp的5'非翻译区(UTR,untranslated regions)、3753bp的ORF和229bp的3'非翻译区等组成。Pib基因为水稻主效抗稻瘟病基因，被定为位于水稻第12染色体长臂近末端区域，存在抗感两种等位基因型，其功能性由单碱基核苷酸多态性决定。Pib编码一个由1251个氨基酸组成的蛋白产物，该产物包含一个核苷酸结合位点(nucleotide binding site,NBS)和17个富亮氨酸重复序列(leucine-rich repeats,LRRs)，其中，氨基端的NBS区存在激酶1a,2和3a结构域单位，LRRs中部有8个成簇的半胱氨酸残基。由于Pib基因的抗感等位基因型由单碱基核苷酸多态性决定，检测依赖于测序或多次PCR进行检测。目前，应用较广检测Pib基因的抗感等位基因型的标记为刘洋等开发的2对检测标记Pibdom和Lys145,该检测体系需要两对引物共同检测确认Pib基因的抗感等位基因型。

目前，稻瘟病的抗性鉴定可以通过表型和基因型两种形式进行鉴定，表型鉴定受年纪间影响较大，操作繁琐。基因型虽然鉴定准确、效率较高，但是目前Pib基因的抗感等位基因型检测依赖于测序或多次PCR检测。

发明内容

为了解决上述技术问题，本发明提供的一种鉴定水稻稻瘟病抗性性状的分子标记、鉴定方法及应用，克服了表型鉴定受年纪间影响较大，操作繁琐的缺陷，也克服了目前Pib基因的抗感等位基因型检测依赖于测序或多次PCR检测的缺陷。

本发明提供了一种鉴定水稻稻瘟病抗性性状的分子标记，所述分子标记为Pib-TPAP，包括核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的Pib-TPAP-O-F、SEQ ID NO.2所示的Pib-TPAP-O-R、SEQ ID NO.3所示的Pib-TPAP-I-F和SEQ ID NO.4所示的Pib-TPAP-I-R。

本发明还提供了一种利用上述分子标记鉴定水稻稻瘟病抗性性状的方法，包括以下步骤：

S1，提取待测水稻材料的基因组DNA；

S2，以S1获得的基因组DNA为模板，以Pib-TPAP-O-F、Pib-TPAP-O-R、Pib-TPAP-I-F和Pib-TPAP-I-R为引物进行PCR扩增；

S3，结果判定