[发明专利]与葡萄果皮颜色相关的SNP分子标记及应用

说明书

本发明提供一种与葡萄果皮颜色相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于葡萄VvmybA3基因上，SNP位点对应于VvmybA3基因cDNA序列第2688位碱基，该处碱基为A的葡萄果皮为无色，该处碱基为C的葡萄果皮为有色。通过基因分型检测，若该SNP位点的基因型为C/C或C/A，葡萄果皮表现为有色，若该SNP位点的基因型为A/A，葡萄果皮表现为无色，以此标记开展葡萄果皮早期辅助选择，可以大大提高育种进程。

技术领域

本发明涉及分子生物学及作物育种技术领域，具体地说，涉及一种与葡萄果皮颜色相关的SNP分子标记及应用。

背景技术

葡萄是我国主要水果之一，我国鲜食葡萄产量多年稳居世界首位，栽培面积位居世界第二，对葡萄而言，果皮颜色是吸引消费者得一种重要果实性状。

目前，育种人员在葡萄育种工作中，主要采用的是传统的杂交育种手段，杂交种子培育成苗，经过数年童期后，再对杂种单株的生长结果习性和果实性状进行评价，以此来选择和淘汰杂种单株，该方法育种周期长，耗时耗力，耗土地资源，育种效率低，随着分子生物学技术的迅速发展，以及葡萄基因组测序的完成，分子标记辅助育种技术，可以对杂种单株进行早期选择，提前淘汰非目标性状单株。

葡萄果皮颜色主要受到花青苷(花青素)含量的影响，花青苷的合成是由多种合成酶基因调节，都属于多基因家族MYB，研究表明MYB结构和功能变异与果皮颜色有着密切关系，MYB基因上插入的一个逆转座子导致了葡萄果皮无色，果实呈现出绿色，而没有该转座子的葡萄果皮有色，表现出从粉色、紫色到黑色的连续变化，但是有色与无色类似质量性状，开发有色/无色分子标记辅助选择，可以提高育种效率，节省育种成本。

发明内容

本发明的目的是提供一种与葡萄果皮颜色相关的SNP分子标记及应用。

为了实现本发明目的，本发明提供一种与葡萄果皮颜色相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于葡萄VvmybA3基因上，SNP位点位于VvmybA3基因cDNA序列第2688位碱基，该处碱基为A或C。

其中，葡萄VvmybA3基因cDNA序列如SEQ ID NO:1所示(GenBank：AB442011.1)。SEQID NO:1所示序列的第2688位碱基为n，n为a或c。

本发明所述SNP分子标记的AA基因型对应的葡萄果皮为无色，所述SNP分子标记的CC或AC基因型对应的葡萄果皮为有色。

本发明还提供基于KASP技术开发的用于扩增权利要求1或2所述分子标记的引物，包括正向引物F1、正向引物F2和反向引物R，引物序列分别如下(SEQ ID NO:2-4)：

正向引物F1：5′-CTCCTTAAGAAGATATATACTCCATCATA-3′

正向引物F2：5′-TCCTTAAGAAGATATATACTCCATCATC-3′

反向引物R：5′-GCCGCATCAAAGGCTAGAATTATGC-3′

本发明还提供含有所述KASP引物的检测试剂或试剂盒。

本发明还提供所述SNP分子标记、所述KASP引物或所述检测试剂或试剂盒在葡萄果皮早期筛选中的应用。包括以下步骤：

1)提取待测葡萄样品的DNA；

2)KASP反应：以步骤1)提取的DNA为模板，向其中加入特异的KASP Primer mix和通用的KASP Mastermix，进行PCR扩增；

3)分析PCR扩增产物。