[发明专利]一种鉴定浒苔近缘种的引物对、DNA条形码及其应用和检测方法

说明书

本发明属于藻类分子标记技术领域，具体涉及一种鉴定浒苔近缘种DNA条形码的引物对、DNA条形码及其应用和检测方法。鉴定浒苔近缘种的引物对，上游引物序列：5’GCTGACATACCATCACGATAGT 3’(SEQ ID U01)；下游引物序列：5’CGTATTATTTCACCAGACCCTT 3’(SEQ ID U02)。所述引物对在鉴定浒苔近缘种中的应用。本发明是传统物种鉴定的强有力补充，而且样本鉴定过程能够实现自动化和标准化，突破了对经验的过度依赖，并可利用藻体的残片进行快速有效的鉴定，能够在较短时间内建立形成易于利用的应用系统。

技术领域

本发明属于藻类分子标记技术领域，具体涉及一种鉴定浒苔近缘种DNA条形码的引物对、DNA条形码及其应用和检测方法。

背景技术

浒苔(Ulva prolifera)、缘管浒苔(Ulva linza)和曲浒苔(Ulva flexuosa)是隶属于石莼属近缘物种，均属于可以食用的绿藻，但其大量增殖会引发生态灾害，例如，由浒苔爆发性增殖而引起的“绿潮”灾害，从2007年起在我国黄海连续发生，其生物量巨大，影响范围广，给沿岸经济和生态都造成严重的负面影响，引起了社会、媒体、政府和相关学者的广泛关注。

目前用于石莼属绿藻的鉴定方法包括形态学观察、杂交实验鉴定和DNA条形码鉴定等。传统形态学鉴定主要依据形态特征和生活史特点，如，藻体形状、生殖发育方式、细胞大小和排列方式、叶绿体形态及淀粉核数量等。形态学观察通常耗时较长，要求操作人员具有一定的分类学基础，同时由于石莼属绿藻在不同生活环境中会产生较大的形态变异，也是形态学鉴定的难点。杂交实验鉴定通过对雌雄配子进行杂交实验，根据是否存在生殖隔离，来实现绿藻的鉴定，该方法需要对藻体进行持续培养和配子体分离，对人员的操作要求高，试验周期也较长。

近年来，DNA条形码对物种进行分类鉴定已经成为一种准确高效的方法。DNA条形码的工作原理是基于DNA短片段来识别动物、植物或其它生物的类别，可利用有机体的残片进行快速有效的鉴定，能够在较短时间内建立形成易于利用的应用系统。石莼属绿藻一般利用ITS和rbcL等DNA序列片段的作为DNA条形码进行物种鉴定，然而，对于浒苔和缘管浒苔这对近缘物种来说，使用ITS和rbcL这些常用的分子标记时，得到的DNA条形码序列相似性极高，在系统发育分析中聚为一个同源支系，无法有效的对这两个物种进行区分。进而，急需能够准确区分浒苔和缘管浒苔等近缘物种的方法。

发明内容

本发明针对现有技术中存在的不足，提供一种鉴定浒苔近缘种DNA条形码的引物对、DNA条形码及其应用和检测方法。

为实现上述目的，本发明采用技术方案为：

一种鉴定浒苔近缘种的引物对：

上游引物序列：5’GCTGACATACCATCACGATAGT 3’(SEQ ID U01)；

下游引物序列：5’CGTATTATTTCACCAGACCCTT 3’(SEQ ID U02)。

一种鉴定浒苔近缘种的引物对的应用，所述引物对在鉴定浒苔近缘种中的应用。

一种鉴定浒苔近缘种的DNA条形码，DNA条形码为叶绿体rps7-ycf3序列。

所述用于鉴定浒苔(U.prolifera)的DNA条形码，为SEQ ID No.3所示的碱基序列；用于鉴定缘管浒苔(U.linza)的DNA条形码，为SEQ ID No.4所示的碱基序列；用于鉴定曲浒苔(U.flexuosa)的DNA条形码，为SEQ ID No.5所示的碱基序列。

所述DNA条形码对在鉴定浒苔近缘种中的应用。

一种鉴定浒苔近缘种得方法：

1)以待测样品的DNA为模板，以所述鉴定浒苔近缘种的引物对作为引物，进行PCR扩增；