本发明属于藻类分子标记技术领域,具体涉及一种鉴定浒苔近缘种DNA条形码的引物对、DNA条形码及其应用和检测方法。鉴定浒苔近缘种的引物对,上游引物序列:5’GCTGACATACCATCACGATAGT 3’(SEQ ID U01);下游引物序列:5’CGTATTATTTCACCAGACCCTT 3’(SEQ ID U02)。所述引物对在鉴定浒苔近缘种中的应用。本发明是传统物种鉴定的强有力补充,而且样本鉴定过程能够实现自动化和标准化,突破了对经验的过度依赖,并可利用藻体的残片进行快速有效的鉴定,能够在较短时间内建立形成易于利用的应用系统。