[发明专利]利用人体生物样本评估复杂疾病发病风险的多基因计分分析方法

说明书

本发明开发了一种利用人体唾液，血液等生物样本评估复杂疾病(包括精神分裂症、双相情感障碍、多动症、冠心病、银屑病、2型糖尿病、多发性硬化、乳腺癌、克罗恩病、溃疡性结肠炎、类风湿性关节炎共11种疾病)发病风险的基于多基因计分分析方法。本发明将测试样本的多基因计分与大量正常人群进行比较，具有一定的准确性，可以用于辅助评估复杂疾病的发病风险。

技术领域

本发明涉及一种利用人体唾液，血液等生物样本评估复杂疾病发病风险的方法。

背景技术

许多复杂疾病(包括精神分裂症、双相情感障碍、多动症、冠心病、银屑病、2型糖尿病、多发性硬化、乳腺癌、克罗恩病、溃疡性结肠炎、类风湿性关节炎共11种疾病)具有较大的遗传异质性，且尚无明确的病因，正因如此，对此类复杂疾病的早期预防存在困难。

截止目前，大规模的全基因组关联分析(Genome Wide Association Analysis,GWAS)已经对大量此类复杂疾病患者的样本进行了研究，并发现了大量与疾病相关的单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)位点。每个单个的SNP对疾病发生的影响非常微弱，但是大量与疾病相关的SNP的作用累加协同可能对疾病的发生发挥重要作用。

多基因计分(Polygenic Risk Score,PRS)最早于2009年由Shaun M.Purcell等人提出并发表于《自然》杂志上，他们将多基因计分定义为在某个特定的P值阈值下，与疾病相关的SNP位点的基因型与效应值的乘积的总和。他们认为多基因计分能够用于间接评估多个对疾病具有微弱贡献的SNP位点对疾病的总的贡献程度。千人基因组工程(The 1000Genomes Project)的第三期对2504个人类样本进行了全基因组低深度测序，其中包括487个东亚人的样本。针对本发明中涉及到的复杂疾病(包括精神分裂症、双相情感障碍、多动症、冠心病、银屑病、2型糖尿病、多发性硬化、乳腺癌、克罗恩病、溃疡性结肠炎、类风湿性关节炎共11种疾病)相关SNP位点，千人基因组工程(The 1000Genomes Project) 中用到的全基因组测序技术有望覆盖大部分SNP位点。本发明利用千人基因组工程(The 1000GenomesProject)中487个东亚人样本的基因型数据，对多种复杂疾病计算多基因计分，用于与测试样本进行对照并对测试样本进行风险评级。

发明内容

本发明旨在克服现有技术的不足，提供一种利用人体生物样本评估复杂疾病发病风险的多基因计分分析方法。

为了达到上述目的，本发明提供的技术方案为：

所述利用人体生物样本评估复杂疾病发病风险的多基因计分分析方法所述方法包括以下步骤：

(1)从人体唾液或血液样本中提取DNA；

(2)利用基因芯片技术对与疾病相关的单核苷酸多态性位点进行检测；

(3)编程处理，将所有基因型转化为剂量基因型(dosage genotype)(野生型：0；杂合子：1；纯合子：2)；

(4)针对每一种复杂疾病，对待测样本以及487个东亚正常人样本计算多基因计分，多基因计分的计算公式为：