[发明专利]与辣椒辣味相关的SNP标记及其应用

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学领域，涉及一种与辣椒辣味相关的SNP标记及其应用。

背景技术

辣椒(Capsicum spp.)的“辣味”，由辣椒果实特有的辣椒素引起的灼痛感，辣椒辣味的有无为质量性状，由显性Pun(最早用C表示)基因位点控制，Pun基因的突变导致辣椒辣味的丢失，产生人们所说的甜椒。在辣椒遗传育种中常根据不同的育种目标，选择辣椒或者甜椒育种材料，但往往要等到辣椒果实成熟后才进行选择，比较费时。

分子标记辅助育种针对基因型筛选种质资源，避免表型选择的盲目性，大大缩短育种进程，提高育种效率。获得与辣椒辣味性状连锁的分子标记，特别是针对目标基因的关键突变位点开发的功能性分子标记是利用分子标记辅助辣椒辣味转育，实现种质创新的重要条件。

虽然基于PCR和电泳技术的分子标记辅助选择可大大提高效率，但仍存在成本较高、通量低等问题。KASPar技术的SNP分子标记的高灵敏度和高通量，以及成本较低、易操作等优点在分子标记辅助选择中具有独特优势。

发明内容

本发明的目的是提供一种与辣椒辣味相关的SNP标记及其应用。

本发明所提供的应用具体为辣椒基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性或用于检测辣椒基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性的物质在鉴定或辅助鉴定辣椒辣味性状中的应用；

所述SNP位点在辣椒基因组中对应于序列表中序列4所示核苷酸序列的第24位；所述SNP位点处的核苷酸为A或C。

本发明还提供了一种用于鉴定或辅助鉴定辣椒辣味性状的试剂。

本发明所提供的用于鉴定或辅助鉴定辣椒辣味性状的试剂，具体是用于检测辣椒基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性的物质；所述SNP位点在辣椒基因组中对应于序列表中序列4所示核苷酸序列的第24位；所述SNP位点处的核苷酸为A或C。

具体的，所述“用于检测辣椒基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性的物质”可为如下a)或b)：

a)成套单链DNA甲，为如下(a1)或(a2)：

(a1)由序列表中序列1的第22-45位核苷酸所示的单链DNA、序列表中序列2的第22-45位核苷酸所示的单链DNA、和序列表中序列3所示的单链DNA组成的成套单链DNA。

(a2)由将序列表中序列1的第22-45位核苷酸、序列表中序列2的第22-45位核苷酸和序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得序列所示的三条单链DNA分子组成的，且与(a1)中所述成套单链DNA功能相同的成套单链DNA。

b)成套单链DNA乙，为如下(b1)或(b2)：

(b1)由序列表中序列1所示的单链DNA、序列表中序列2所示的单链DNA、和序列表中序列3所示的单链DNA组成的成套单链DNA。

(b2)由将序列表中序列1、序列2和序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得序列所示的三条单链DNA分子组成的，且与(b1)中所述成套单链DNA功能相同的成套单链DNA。

含有所述试剂用于鉴定或辅助鉴定辣椒辣味性状的试剂盒也属于本发明的保护范围。

具体的，所述试剂盒中还含有荧光探针A、荧光探针B、淬灭探针A和淬灭探针B；

所述荧光探针A的核苷酸序列为序列表中序列1的第1-21位，5’末端连接荧光基团A；所述淬灭探针A的核苷酸序列为序列表中序列1的第1-21位的反向互补序列，3’末端连接淬灭基团；

所述荧光探针B的核苷酸序列为序列表中序列2的第1-21位，5’末端连接荧光基团B；所述淬灭探针B的核苷酸序列为序列表中序列2的第1-21位的反向互补序列，3’末端连接淬灭基团。

在本发明中，所述荧光基团A具体为FAM；所述荧光基团B具体为HEX；所述淬灭基团具体为Q。

在本发明中，所述荧光探针A、所述荧光探针B、所述淬灭探针A和所述淬灭探针B是存在于KASP V4.0 2×Master mix 96/384,Low Rox中的，其中所述KASP V4.0 2×Master mix 96/384,Low Rox为英国LGC公司产品，其产品目录号为KBS-1016-017。

所述试剂或所述试剂盒在鉴定或辅助鉴定辣椒辣味性状中的应用也属于本发明的保护范围。

本发明还提供了一种鉴定或辅助鉴定待测辣椒为有辣味辣椒还是无辣味辣椒的方法。