[发明专利]利用核仁磷酸蛋白基因选择山羊生长性状的分子标记方法

说明书

本发明公开了一种利用核仁磷酸蛋白基因选择山羊生长性状的分子标记方法，该方法以山羊基因组DNA序列为模板，在Taq DNA聚合酶、缓冲环境、Mg²⁺、dNTPs存在的情况下，利用4对引物在PCR条件下进行扩增Nucleophosmin(NPM)基因5'UTR区和外显子1，根据琼脂糖凝胶电泳对其进行目的片段大小判定；采用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测引物P1‑P4的PCR扩增产物，发现引物P3扩增位点存在18bp的碱基缺失，然后对引物P3的扩增产物进行基因分型和基因频率分析，以及与关中奶山羊和波尔山羊的生长性状之间进行关联分析；结果表明：Nucleophosmin基因外显子1由引物P3检测的SNPs位点可用作山羊产生长性状选择的分子标记。

技术领域

本发明属于分子遗传学领域，具体涉及一种利用核仁磷酸蛋白基因选择山羊生长性状的分子标记方法，该方法采用检测山羊新型的核仁磷酸蛋白因子(Nucleophosmin)基因外显子1碱基多态性，并分析其对山羊生长性状的影响，结果表明：Nucleophosmin基因外显子1由引物P3检测的SNPs位点可用作山羊生长性状选择的分子标记。

背景技术

随着分子生物学技术的迅速发展，尤其是聚合酶链式反应(Polymerase ChainReaction)技术的问世和电泳技术的改进，各种分子遗传标记技术随之兴起，这些技术给家畜的遗传改良和新品种的培育提供了新的途径和方法。特别是分子标记技术与常规育种技术相结合，孕育出一种全新的选种方式，即标记辅助选择法(Marker assistantselection)。它可以克服传统选种过程中根据表型选择导致的环境偏差和抽样误差，提高家畜选种的准确性和高效性，加快优良品种的选育，进一步推动我国畜牧业的发展。

单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms，SNP)就是指基因组DNA序列中由于单个核苷酸(A/T/C/G)的替换而引起的多态性。SNPs可以是两个或多个等位基因的多态，因此，通常所说的SNPs包括碱基的插入、缺失、插入/缺失以及重复序列拷贝数的变化。一个SNP表示在基因组某个位点上有一个核苷酸的变化，主要由单个碱基的转换(以一种嘧啶置换另一种嘧啶或一种嘌呤置换另一种嘌呤)以及颠换(嘌呤与嘧啶互换)所引起。具有颠换型变异的SNPs约占2/3，其他几种SNP在相似的水平上，因为CpG(核苷酸对，其中G在DNA链中紧随C后)二核苷酸的胞嘧啶是基因组中最易发生突变的位点，其中大多数是甲基化的，可自发地脱去氨基而形成胸腺嘧啶。在任何已知或未知的基因内或附近都可能找到数量不等的SNPs，根据它们在基因组中分布的位置可分为基因编码区SNPs(cSNPs)、基因周边SNPs(pSNPs)和基因间SNPs(iSNPs)等三类。总的说来，cSNP比较少，因为在编码区内的变异率仅占有周围序列的1/5，但它在遗传病和育种的研究中却具重要意义，因此倍受关注。根据对遗传性状的影响，cSNPs又可分为两种：一种是同义cSNPs，即SNP所致编码序列的改变并不影响其所翻译的氨基酸序列，突变碱基与未突变碱基的“含义”相同；另一种是非同义cSNPs，即碱基序列的改变将导致编码氨基酸的改变从而产生蛋白质序列的改变，可能最终影响到蛋白质的功能。因此，对编码区SNPs的非同义突变来说，它们可能对基因功能有直接的重要影响，尤其对于编码区突变来说，更可能会导致所编码的蛋白发生重大变化，从而影响它的功能的发挥。基因序列上碱基的插入/缺失突变，同样将导致所编码氨基酸的改变从而产生蛋白质序列改变，以致影响到蛋白的生物学功能，从而造成对个体的表现型具有重要影响。不仅如此，在群体遗传研究中，这些SNPs作为遗传标记在群体遗传和生物进化的研究中也具有重要意义。