[发明专利]一种穗菝葜的种质资源鉴定方法

权利要求书

1.一种利用SSR标记鉴定穗菝葜种质资源的方法，其特征在于，包括以下步骤：

(1)提取待测样品的基因组DNA；

(2)以步骤(1)提取的DNA为模板，用基于穗菝葜转录组序列的SSR引物组合进行PCR扩增，得到不同长度的扩增产物；

(3)对步骤(2)所得不同长度的扩增产物进行测序分型和基因片段长度读取；

(4)对步骤(3)所得的等位基因矩阵通过GenAlEx 6.5、CERVUS 3.0和MEGA6软件进行遗传学相关分析，建立穗菝葜种质资源鉴定框架和穗菝葜种质资源SSR遗传信息特征库；

(5)对步骤(4)的穗菝葜种质资源鉴定框架和穗菝葜种质资源SSR遗传信息特征库进行有效性验证；

其中步骤(2)所述的SSR引物由上游引物和下游引物组成，每对引物的核苷酸序列为：SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3-SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5-SEQ ID NO.6、SEQID NO.7-SEQ ID NO.8、SEQ ID NO.9-SEQ ID NO.10、SEQ ID NO.11-SEQ ID NO.12、SEQ IDNO.13-SEQ ID NO.14、SEQ ID NO.15-SEQ ID NO.16、SEQ ID NO.17-SEQ ID NO.18、SEQ IDNO.19-SEQ ID NO.20、SEQ ID NO.21-SEQ ID NO.22、SEQ ID NO.23-SEQ ID NO.24、SEQ IDNO.25-SEQ ID NO.26、SEQ ID NO.27-SEQ ID NO.28、SEQ ID NO.29-SEQ ID NO.30、SEQ IDNO.31-SEQ ID NO.32、SEQ ID NO.33-SEQ ID NO.34、SEQ ID NO.35-SEQ ID NO.36、SEQ IDNO.37-SEQ ID NO.38、SEQ ID NO.39-SEQ ID NO.40、SEQ ID NO.41-SEQ ID NO.42、SEQ IDNO.43-SEQ ID NO.44、SEQ ID NO.45-SEQ ID NO.46、SEQ ID NO.47-SEQ ID NO.48、SEQ IDNO.49-SEQ ID NO.50、SEQ ID NO.51-SEQ ID NO.52、SEQ ID NO.53-SEQ ID NO.54、SEQ IDNO.55-SEQ ID NO.56、SEQ ID NO.57-SEQ ID NO.58、SEQ ID NO.59-SEQ ID NO.60、SEQ IDNO.61-SEQ ID NO.62、SEQ ID NO.63-SEQ ID NO.64、SEQ ID NO.65-SEQ ID NO.66、SEQ IDNO.67-SEQ ID NO.68、SEQ ID NO.69-SEQ ID NO.70、SEQ ID NO.71-SEQ ID NO.72、SEQ IDNO.73-SEQ ID NO.74、SEQ ID NO.75-SEQ ID NO.76、SEQ ID NO.77-SEQ ID NO.78、SEQ IDNO.79-SEQ ID NO.80、SEQ ID NO.81-SEQ ID NO.82、SEQ ID NO.83-SEQ ID NO.84、SEQ IDNO.85-SEQ ID NO.86、SEQ ID NO.87-SEQ ID NO.88、SEQ ID NO.89-SEQ ID NO.90、SEQ IDNO.91-SEQ ID NO.92、SEQ ID NO.93-SEQ ID NO.94，其中所述引物编号为奇数的核苷酸序列为上游引物，引物编号为偶数的核苷酸序列为下游引物；所述PCR扩增所用到的引物还包括一个5’端用荧光标记的通用引物，所述通用引物的序列为SEQ ID NO.95。

2.根据权利要求1所述的利用SSR标记鉴定穗菝葜种质资源的方法，其特征在于，步骤(4)所述的穗菝葜种质资源鉴定框架和穗菝葜种质资源SSR遗传信息特征库分别是穗菝葜样本基于47对SSR引物的遗传距离UPGMA聚类树和47对SSR引物基于不同种质来源的穗菝葜群体SSR等位基因特征长度集合。