[发明专利]确定胎儿染色体中微缺失微重复的方法及设备

说明书

本发明提供一种确定胎儿染色体中微缺失微重复的方法及设备，包括：获得含有微缺失微重复片段的浓度fm；获得男/女性胎儿核酸浓度fy/fs；计算含有微缺失微重复片段的浓度fm与男性胎儿核酸浓度fy的比值rmY，或fm与女性胎儿核酸浓度fs的比值rms；根据缺失的拷贝数或重复的拷贝数过滤掉假阳性；取rmY的小数部分dmY，或rms的小数部分dms，判断dmY/dms是否为阳性，否则过滤掉结果；计算含有微缺失微重复片段的浓度fm与男性胎儿核酸浓度fy的和为amY，或fm与女性胎儿核酸浓度fs的和为ams；根据判定原则对微缺失微重复片段进行过滤，过滤后得到胎儿染色体微缺失微重复片段。

技术领域

本发明涉及生物医学领域，具体的，确定染色体中微缺失和微重复的方法及设备。

背景技术

在无创产前检测(NIPT)临床领域，胎儿微缺失微重复的筛查灵敏度较低。现有基于母亲外周血估算胎儿染色体微缺失微重复的方法主要分为以下两个方向：1)基于在母亲血浆中胚胎DNA序列比例的变化估算微缺失微重复。2)利用单核苷酸多态性(SNPs)位点表现的差异化，选择多个SNP位点进行估算。

现有的检测方法都存在一定的局限性，检测的方法1)精度较低，会出现大量的假阳性结果，由于结果仅根据某区域内片段的比例的变化来得出检测结果，缺乏有效的过滤方法，假阳性的出现很难避免。方法2)需要探针捕获和高深度测序，或者需要获得父源性信息，高深度捕获需要设计芯片，增加了实验的难度，高深度测序会增加一定的成本，未被捕获的部分则不能进行测定。

发明内容

本发明的目的在于，提供一种确定胎儿染色体中微缺失微重复的方法及设备，该方法通过计算胎儿微缺失微重复的片段浓度及胎儿本身核酸的浓度，对微缺失微重复进行评估，降低假阳性率，精准度高。

基于以上目的，本发明一方面提供一种确定胎儿染色体中微缺失重复的方法，包括以下步骤：

S1、获得含有微缺失微重复片段的浓度fm；

S2、获得男性胎儿核酸浓度fy或女性胎儿核酸浓度fs；

S3、计算含有微缺失微重复片段的浓度fm与男性胎儿核酸浓度fy的比值rmY＝fm/fy，或计算含有微缺失微重复片段的浓度fm与女性胎儿核酸浓度fs的比值rms＝fm/fs；

S4、根据缺失的拷贝数或重复的拷贝数过滤掉假阳性；

S5、取rmY的小数部分dmY，或rms的小数部分dms，判断dmY或dms是否为阳性，否则过滤掉结果；

S6、计算含有微缺失微重复片段的浓度fm与男性胎儿核酸浓度fy的和为amY＝fm+fy，或计算含有微缺失微重复片段的浓度fm与女性胎儿核酸浓度fs的和为ams＝fm+fs；

S7、根据判定原则对微缺失微重复的片段进行过滤，过滤后得到胎儿染色体微缺失微重复片段。

本发明另一方面还提供一种确定胎儿染色体中微缺失微重复的设备，包括：

微缺失微重复片段浓度计算装置，用于获得含有微缺失微重复片段的浓度fm；

胎儿核酸浓度获得装置，用于获得男性胎儿核酸浓度fy或女性胎儿核酸浓度fs；

比值计算装置，用于计算含有微缺失微重复片段的浓度fm与男性胎儿核酸浓度fy的比值rmY＝fm/fy，或计算含有微缺失微重复片段的浓度fm与女性胎儿核酸浓度fs的比值rms＝fm/fs；

第一过滤装置，用于根据缺失的拷贝数或重复的拷贝数过滤掉假阳性；

第二过滤装置，用于取rmY的小数部分dmY，或rms的小数部分dms，判断dmY或dms是否为阳性，否则过滤掉结果；