[发明专利]分型和组装不连续基因组元件

权利要求书

1.一种用于分型和组装不连续基因组元件的方法，所述方法包括：

获得一条或多条染色体的多个基因组DNA片段或基因组序列数据；

获得来自所述基因组DNA片段或所述基因组序列数据的所述基因组元件的多个元件序列读出，以及

将所述多个元件序列读出组装以基因分型并构建所述一条或多条染色体的远程或染色体跨距单倍型。

2.根据权利要求1所述的方法，其中使用基于邻近连接(proximity-ligation)的技术获得所述多个基因组DNA片段。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述不连续基因组元件选自下组：基因、外显子、内含子、非翻译区、蛋白质结构域编码序列、基因融合、转录因子结合位点、启动子、增强子、沉默子、保守元件、miRNA编码序列、miRNA结合位点、剪接位点、剪接增强子、剪接沉默子、结构变体、常见SNP、UTR调控基序、翻译后修饰位点和共同元件。

4.根据权利要求2或3所述的方法，其中通过包括下述步骤的方法获得所述多个基因组DNA片段：

提供含有一组具有基因组DNA的染色体的细胞；

将所述细胞或其细胞核与固定剂孵育一段时间，以便在原位将所述基因组DNA交联以形成交联的基因组DNA；

将所述交联的基因组DNA片段化；

将所述交联的且片段化的基因组DNA连接以形成邻近连接复合体；

将所述邻近连接复合体剪切以形成邻近连接DNA片段；以及

获得多个所述邻近连接DNA片段以形成文库，从而获得所述多个基因组DNA片段。

5.根据权利要求4所述的方法，其中通过使用一种或多种酶进行限制性酶消化进行所述片段化步骤。

6.根据权利要求5所述的方法，其中使用两种或多种不同的酶进行所述消化。

7.根据权利要求5或6所述的方法，其中所述酶的至少一种是4-切割剂(4-cutter)或6-切割剂(6-cutter)。

8.根据权利要求1-7中任意一项所述的方法，其中通过包括下述步骤的方法从所述基因组DNA片段获得所述多个元件序列读出：

将所述多个基因组DNA片段与一组探针杂交以形成杂交混合物；

将杂交的探针分开以分离所述基因组DNA片段的亚组，以及

将所述分离的基因组DNA片段测序以产生多个序列读出，从而获得所述多个元件序列读出，

其中所述探针包含与在所述一个或多个染色体中的所述不连续基因组元件的序列互补的序列。

9.根据权利要求8所述的方法，还包括在所述测序步骤之前将所述分离的基因组DNA片段扩增。

10.根据权利要求8-9中任意一项所述的方法，其中所述探针组在每个探针上包含亲和标签。

11.根据权利要求10所述的方法，其中所述亲和标签是生物素分子或半抗原。

12.根据权利要求11所述的方法，其中所述分离步骤包括将所述杂交混合物与同所述亲和标签结合的试剂接触。

13.根据权利要求12所述的方法，其中所述试剂是抗生物素蛋白分子，或者是与所述半抗原或其抗原结合片段结合的抗体。

14.根据权利要求8-13中任意一项所述的方法，其中所述探针附接在支持物上。

15.根据权利要求14所述的方法，其中所述支持物是微阵列。

16.根据权利要求14或15所述的方法，其中所述支持物包括平面支持物，所述平面支持物包含一种或多种选自下述的基材：玻璃、二氧化硅、金属、特氟龙和聚合物材料。