[发明专利]在用户定义的切片组织区域中同时定量多种蛋白质

权利要求书

1.一种包括以下的方法：

(1) 使在或来自样本中至少一个细胞的至少一种蛋白质靶标与至少一种包含靶标结合结构域和信号寡核苷酸的探针接触；

(2) 向所述样本的位置提供足以释放所述信号寡核苷酸的力；和

(3) 收集并鉴定释放的信号寡核苷酸，从而检测在或来自被提供力的样本的特定位置的所述至少一种蛋白质靶标。

2.权利要求1的方法，其中检测包括确定所述至少一种蛋白质靶标的身份和丰度。

3.权利要求2的方法，其中所述至少一种蛋白质靶标包含至少两种不同蛋白质靶标或相同蛋白质靶标的至少两个拷贝。

4.权利要求3的方法，其中检测包括比较每种不同蛋白质靶标的丰度。

5.权利要求1的方法，所述方法还包括在所述样本的至少第二特定位置重复至少步骤(2)和(3)，所述第二特定位置至少包含第二细胞。

6.权利要求5的方法，其中检测包括比较在或来自所述特定位置与在或来自至少第二特定位置的所述至少一种蛋白质靶标的丰度。

7.权利要求6的方法，其中所述至少一个细胞与所述至少第二细胞为相同细胞类型。

8.权利要求6的方法，其中所述至少一个细胞与所述至少第二细胞为不同细胞类型。

9.权利要求8的方法，其中检测包括比较在或来自第一细胞类型与在或来自所述至少第二细胞类型的所述至少一种蛋白质靶标的丰度。

10.权利要求9的方法，其中所述第一细胞类型与所述至少第二细胞类型独立地选自正常细胞和异常细胞。

11.权利要求1-10中任一项的方法，其中所述至少一个细胞直接固定于表面或经至少一个其他细胞间接固定于表面。

12. 权利要求11的方法，其中所述样本为2-1000 μm厚的组织切片。

13.权利要求12的方法，其中所述组织切片得自福尔马林固定石蜡包埋的(FFPE)样本。

14.权利要求1-11中任一项的方法，其中所述至少一个细胞为培养细胞、原代细胞或来自外植体的解离细胞。

15.权利要求12或14的方法，其中所述至少一个细胞为固定或未固定的。

16.权利要求1-15中任一项的方法，其中所述至少一个细胞在步骤(2)之前染色或标记，从而使得染色或标记细胞中的亚细胞、细胞或组织相关结构能够可视化。

17.权利要求1-16中任一项的方法，其中所述至少一种探针还包含位于所述靶标结合结构域与所述信号寡核苷酸之间的接头。

18.权利要求1-17中任一项的方法，其中所述信号寡核苷酸为单链核酸或部分双链核酸。

19.权利要求1-18中任一项的方法，其中负向纯化用于自释放的信号寡核苷酸去除完整探针分子。

20.权利要求19的方法，其中所述负向纯化包括亲和纯化，其包括使完整探针与同所述完整探针的一部分互补的固定化寡核苷酸或固定化抗体或识别并同所述完整探针的一部分结合的蛋白质结合基序接触。

21.权利要求20的方法，其中所述完整探针的靶标结合结构域包含通用纯化标签或与所述固定化寡核苷酸部分互补或能够被所述固定化抗体或蛋白质结合基序识别或结合的序列。