[发明专利]用于检测含有mecC的甲氧西林抗性的金黄色葡萄球菌的组合物和方法

说明书

描述了用于快速检测含有mecC的金黄色葡萄球菌(mecC‑MRSA)在生物或非生物样品中的存在或不存在的方法。所述方法可以包括执行扩增步骤、杂交步骤和检测步骤。此外，提供了靶向mecC‑MRSA的基因的引物、探针，以及试剂盒，其被设计成用于检测mecC‑MRSA。

技术领域

本发明涉及细菌诊断领域，且更具体地涉及含有mecC核酸序列的甲氧西林抗性的金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）(MRSA)的检测。

背景技术

金黄色葡萄球菌(“S. aureus”或“SA”)是一种兼性厌氧性的革兰氏阳性细菌，其天然储库包括人皮肤和鼻子，并且也可以栖居于创伤。大多数携带金黄色葡萄球菌的人不会表现出感染的迹象；但是，如果正常屏障被攻破，金黄色葡萄球菌可以变成侵袭性的并在体内造成感染。金黄色葡萄球菌可以造成许多疾病，范围从微小皮肤感染（诸如丘疹、疮和脓肿）至重大疾病（诸如肺炎、脑膜炎和脓毒症）。当屏障被攻破时可以感染除了皮肤和鼻子以外的组织，例如，皮肤或粘膜衬里，这会导致疖和痈。金黄色葡萄球菌感染可以通过与被感染者的皮肤接触或与被感染者使用过的物体的接触而在人之间传播。

金黄色葡萄球菌具有产生对包括青霉素(甲氧西林、苯唑西林、氯唑西林和氟氯西林)的主要抗生素的抗性的惊人能力，这已经为它赢得了标签“超级细菌（superbug）”。甲氧西林抗性的金黄色葡萄球菌(MRSA)是一种已经变得耐受青霉素的细菌，并且它会引起几种难以治疗的人感染。MRSA还可以被称作苯唑西林抗性的金黄色葡萄球菌(ORSA)和多抗性的金黄色葡萄球菌，而金黄色葡萄球菌的非-甲氧西林抗性株有时被称作甲氧西林敏感的金黄色葡萄球菌(MSSA)。

葡萄球菌中甲氧西林抗性所需的基因mecA编码低亲和力青霉素结合蛋白2a(PBP2a) (Niemeyer等人, J. Bacteriol., (1996), 178(18):5464-5471)。最近在来自人类和动物的金黄色葡萄球菌分离物中鉴别出了mecA的一种新变体(mecA_LGA251)，其已经被重新命名为mecC (Harrison等人, Antimicrob. Agents Chemother., (2013), 57(3):1524-1528)。该同系物与mecA基因具有70%核苷酸同一性，并且它的存在会造成可能被误诊为甲氧西林敏感的金黄色葡萄球菌的诊断问题(Paterson等人, Trends Microbiol.,(2014), 22(1):42-47)。因而，本领域需要一种快速的且可靠的方法以敏感方式特异性地检测含有mecC的MRSA。

发明概况

本发明中的某些实施方案涉及在生物或非生物样品中快速检测含有mecC的金黄色葡萄球菌(mecC-MRSA)的存在或不存在的方法，例如，在单个试管中通过实时聚合酶链式反应对mecC-MRSA的多路检测。实施方案包括检测mecC-MRSA的方法，所述方法包括执行至少一个循环步骤，所述循环步骤可以包括扩增步骤和杂交步骤。此外，实施方案包括被设计成在单个试管中检测mecC-MRSA的引物、引物对、探针和试剂盒。将检测方法设计成靶向mecC基因，这允许人们在单个测试中检测mecC-MRSA。