[发明专利]用于对核酸探测并作图的RNA-引导的系统有效
| 申请号： | 201580056648.3 | 申请日： | 2015-08-19 |
| 公开（公告）号： | CN107075546B | 公开（公告）日： | 2021-08-31 |
| 发明（设计）人： | G·M·丘奇;F·魏格纳尔特;K·U·米尔 | 申请（专利权）人： | 哈佛学院董事及会员团体 |
| 主分类号： | C12Q1/6832 | 分类号： | C12Q1/6832;C12Q1/6874 |
| 代理公司： | 上海专利商标事务所有限公司 31100 | 代理人： | 陈扬扬;陶启长 |
| 地址： | 美国马*** | 国省代码： | 暂无信息 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 用于 核酸 探测 作图 rna 引导 系统 | ||
1.一种检测固定在表面上的靶核酸序列的方法，包括
(a)使所述固定在表面上的靶核酸序列与Cas9蛋白和引导核糖核酸(RNA)分子接触，所述分子包含(i)与所述靶核酸序列互补的引导RNA序列和(ii)条码序列，使得所述引导RNA分子和所述Cas9蛋白共定位至所述靶核酸序列以形成复合物；
(b)使包含所述引导RNA分子的复合物与探针分子接触，所述探针分子包含(i)与所述条码序列互补的探针序列和(ii)可检测标记物，以将所述探针序列与所述引导RNA序列杂交；并且
(c)检测所述可检测标记物以鉴定与所述靶核酸序列杂交的引导RNA序列，从而检测所述靶核酸序列。
2.如权利要求1所述的方法，其中所述探针分子包含多个可检测标记物。
3.如权利要求1所述的方法，其中所述靶核酸是双链基因组DNA。
4.如权利要求1所述的方法，其中所述靶核酸是染色体脱氧核糖核酸(DNA)。
5.如权利要求1所述的方法，其中所述Cas9蛋白是核酸酶无效Cas9。
6.如权利要求1所述的方法，其中所述可检测标记物是光学标记物。
7.如权利要求1所述的方法，其中所述可检测标记物是发光标记物。
8.如权利要求1所述的方法，其中所述可检测标记物是荧光标记物。
9.如权利要求1所述的方法，其中所述可检测标记物由二级检测试剂检测。
10.如权利要求9所述的方法，其中所述可检测标记物选自下组：生物素、地高辛、二硝基苯基、荧光素及其组合，并且所述二级检测试剂是对所述可检测标记物有特异性的金或银包被的抗体。
11.如权利要求1所述的方法，其中(b)包括将多个探针序列与所述引导RNA序列的条码序列杂交，其中所述条码序列的多个子序列与所述多个探针序列杂交。
12.如权利要求1所述的方法，其中(b)包括将多个探针序列与所述引导RNA分子的条码序列杂交，其中所述多个探针序列组装以形成线性核酸结构或高分支核酸结构。
13.如权利要求1所述的方法，其中所述探针序列是环状探针序列。
14.如权利要求13所述的方法，其中所述环状探针序列经扩增。
15.如权利要求14所述的方法，其中所述环状探针序列通过滚环扩增来扩增。
16.如权利要求1所述的方法，其中所述探针序列包含第一序列和第二序列，其中所述第一序列与所述条码序列杂交并且所述第二序列不与所述条码序列杂交。
17.如权利要求16所述的方法，其中所述第二序列是环状序列的扩增产物。
18.如权利要求1所述的方法，其中所述靶核酸序列在生物样品内。
19.如权利要求18所述的方法，其中所述生物样品是细胞或组织。
20.如权利要求18所述的方法，其中所述生物样品是固定的样品。
21.如权利要求1所述的方法，其中所述Cas9蛋白不切割所述靶核酸序列。
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