[发明专利]测序读段的DENOVO组装的方法、系统和过程

权利要求书

1.一种具有存储在其上的可执行程序的非暂时性计算机可读存储介质，所述程序被配置为指示微处理器：

(a)获得包括多个读段配对物对的双端序列读段的集合，每个对包括两个读段配对物，其中每个对的所述两个读段配对物中的至少一个被映射到参考基因组的至少一部分，所述参考基因组包括预先选择的感兴趣的基因组区域，并且其中所述双端序列读段中的一些未被映射到所述参考基因组的所述至少一部分；

(b)确定针对序列读段的集合的堆积关系；

(c)根据(b)中确定的所述堆积关系构建一个或多个重叠群，包括：将至少一个核苷酸迭代地添加到一个或多个起始读段的位置3’或5’，其中所述位置包括多数共有核苷酸；

(d)根据(c)中构建的所述一个或多个重叠群和/或将(c)中构建的所述重叠群中的两个或更多桥接的一个或多个读段配对物对来组装一个或多个超重叠群；

(e)根据所述一个或多个超重叠群生成基因型似然比；以及

(f)根据(e)中生成的所述基因型似然比确定基因改变的存在或不存在。

2.根据权利要求1所述的存储介质，其中所述堆积关系包括所述集合的两个或更多读段之间的多个重叠。

3.根据权利要求2所述的存储介质，其中根据以下各项选择所述多个重叠中的每一个：(i)所述集合中包括与所述集合的第二读段的第一重叠的第一读段，(ii)所述第一重叠包括大于预定比对得分阈值的比对得分，(iii)所述第二读段超过所述第一读段的3’端或5’端扩展一个或多个核苷酸，以及(iv)所述第一重叠包括满足(i)、(ii)和(iii)的所有可能的第一重叠中的最高比对得分。

4.根据权利要求3所述的存储介质，其中所述第二读段包括与所述集合中的第三读段的第二重叠，其中(i)所述第二读段包括所述第一重叠，(ii)所述第二重叠包括大于预定比对得分阈值的比对得分，(iii)所述第三读段超过所述第二读段的3’端或5’端扩展一个或多个核苷酸，并且所述第二读段和所述第三读段在相同3’或5’方向上扩展所述第一读段，以及(iv)所述第二重叠包括满足(i)、(ii)和(iii)的所有可能的第二重叠中的最高比对得分。

5.根据权利要求2至4中任一项所述的存储介质，其中根据针对所述堆积关系确定的所述多个重叠来确定所述多数共有核苷酸。

6.根据权利要求1至5中任一项所述的存储介质，其中构建所述重叠群包括将至少一个核苷酸迭代地添加到一个或多个中间重叠群的每一个的位置3’或5’。

7.根据权利要求6所述的存储介质，其中所述位置包括两个不同的多数共有核苷酸，构建所述重叠群包括：生成所述中间重叠群的拷贝，从而提供两个相同的中间重叠群；将所述两个不同的多数共有核苷酸中的一个添加到所述两个相同的中间重叠群中的每一个，其中不同的核苷酸被添加到所述两个相同的中间重叠群中的每一个。

8.根据权利要求6所述的存储介质，其中所述位置包括三个不同的多数共有核苷酸，构建所述重叠群包括：生成所述中间重叠群的两个拷贝，从而提供三个相同的中间重叠群；将所述三个不同的多数共有核苷酸中的一个添加到所述三个相同的中间重叠群中的每一个，其中不同的核苷酸被添加到所述三个相同的中间重叠群中的每一个。

9.根据权利要求6所述的存储介质，其中所述位置包括四个不同的多数共有核苷酸，构建所述重叠群包括：生成所述中间重叠群的三个拷贝，从而提供四个相同的中间重叠群；将所述四个不同的多数共有核苷酸中的一个添加到所述四个相同的中间重叠群中的每一个，其中不同的核苷酸被添加到所述四个相同的中间重叠群中的每一个。

10.根据权利要求1至9中任一项所述的存储介质，其中所述一个或多个超重叠群包括跨越感兴趣的所述基因组区域的完整长度的重叠群。

11.根据权利要求1至10中任一项所述的存储介质，其中所述一个或多个超重叠群跨越感兴趣的所述基因组区域的完整长度。

12.根据权利要求1至11中任一项所述的存储介质，其中所述序列读段从样本获得，所述样本从人类对象获得。

13.根据权利要求1至12中任一项所述的存储介质，其中所述序列读段中的每一个包括已知的定向。