[发明专利]IBS微生物群及其用途

说明书

本申请提供诊断和治疗患有IBS的受试者的方法。在某些实施方案中，所述方法还包括诊断将对用利福昔明的IBS治疗有反应的受试者。所述方法包括确定胃肠(GI)道中细菌群落的身份和流行性。在某些实施方案中，微生物组包含GI道微生物组(microbiome)。在某些实施方案中，微生物组包括GI道细菌群。在某些实施方案中，微生物组包括粪便细菌。所述方法包括分析胃肠(GI)微生物组中细菌群落的身份以产生细菌群落的多样性概况。

相关申请

本申请要求于2014年5月4日提交的美国临时申请号61/988,293，于2014年5月5日提交的美国临时申请号61/988,841，于2014年8月11日提交的美国临时申请号62/036,085，于2015年3月19日提交的临时申请号62/135,658的权益。上述申请的全部内容通过引用并入本文。

背景

肠易激综合征(IBS)是以频繁和虚弱的症状(例如腹泻，腹胀，腹痛，紧急排便，排气，和粪便失禁)为特征的不同种类的胃肠(GI)病症，常常伴有周期性症状加强和减弱。IBS导致健康相关的生活质量(QOL)实质性损害，工作和生产力的损失，社交尴尬和高医疗保健成本。认为IBS的流行率为美国(US)人口的10％至15％；然而，只有15％的IBS患者实际上寻求医疗，这可能部分是由于缺乏有效的治疗。尽管IBS的巨大负担，但在患者和保健系统上，仍然存在对有效和安全的治疗的显著未满足的需求，特别是对于伴有腹泻的IBS(IBS-D)。

IBS的确切原因是未知的，但已经提出了几个假设。牵涉肠道细菌失调的一个流行假说表明IBS症状是由肠微生物组的改变和异常定居引起的，所述肠微生物组也参与正常的生理功能。最好将肠道细菌性失调视为改变的微生物生态系统，而不是感染本身。

本领域需要诊断需要IBS治疗的那些。本领域还需要提供待治疗IBS的那些或正在或已经进行IBS治疗的那些的预后指示。

本领域还需要一种在短期治疗过程之后为IBS-D受试者提供症状缓解以及不利促成多药物抗生素抗性问题的低风险的方法。

发明内容

本文提供诊断和/或治疗IBS的方法。

在某些实施方案中，方法还包括诊断将对IBS治疗反应的受试者。

在某些实施方案中，方法还包括诊断将对IBS的利福昔明治疗反应的受试者。

在某些实施方案中，方法还包括诊断将对IBS的利福昔明治疗和再治疗反应的受试者。

在某些实施方案中，治疗包括550mg利福昔明TID，持续14天。

在某些实施方案中，再治疗包括在第一次或其它治疗复发后550mg利福昔明TID，持续14天。

所述方法包括确定胃肠(GI)道中细菌群落(例如，群体)的身份。

所述方法包括确定胃肠(GI)道中细菌群落的身份和流行性。

在某些实施方案中，微生物组包括胃肠道微生物组。在某些实施方案中，微生物组包括胃肠道细菌群体。在某些实施方案中，微生物组包括粪便细菌。

所述方法包括测定胃肠(GI)道中的细菌的身份。

所述方法包括通过宏基因组学分析微生物组。

所述方法包括分析胃肠(GI)微生物组中的细菌群落的身份以产生细菌群落的多样性概况。

所述方法包括通过宏基因组学确定胃肠(GI)道GI微生物组的身份，流行性和多样性。

所述方法包括通过宏基因组学分析胃肠(GI)微生物组。

所述方法包括确定皮肤，鼻和胃肠道中的一个或多个上的细菌的身份。