[发明专利]用于制备核酸的等温方法及相关组合物

权利要求书

1.制备用于分析的核酸的方法，所述方法包括：

(a)破坏核酸以产生核酸片段，其中所述核酸片段为包含基因重排部分的染色体区段；

(b)通过进行以下步骤来从所述核酸片段产生核酸模板：

使用包含靶特异性杂交序列的寡核苷酸进行至少一次延伸反应；以及

使用多个不同的寡核苷酸进行至少一次延伸反应，所述不同的寡核苷酸具有不同的杂交序列并且共有位于所述不同杂交序列5’的共同序列；

(c)由核酸模板产生合成RNA；

(d)在等温反应中，指数扩增所述合成RNA；以及

(e)由所述指数扩增的合成RNA产生cDNA，其中所述cDNA包含至少一条非靶序列。

2.权利要求1所述的方法，所述方法还包括：

对所述cDNA进行测序。

3.权利要求1或2所述的方法，其中所述等温反应包括模板依赖性延伸和RNA聚合酶转录的两个或更多个循环。

4.权利要求3所述的方法，其中每个循环中的至少一次模板依赖性延伸为反转录。

5.权利要求3或4所述的方法，其中所述等温反应在35℃至45℃范围的温度下进行。

6.权利要求5所述的方法，其中所述等温反应所进行的持续时间为45分钟至90分钟。

7.权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述等温反应包括合成第一DNA链的模板依赖性延伸，所述第一DNA链与所述合成RNA互补，从而导致在所述第一DNA链和所述合成RNA之间形成RNA-DNA杂交体。

8.权利要求7所述的方法，其中所述等温反应还包括所述RNA-DNA杂交体中所述合成RNA部分的降解。

9.权利要求8所述的方法，其中所述降解为酶促介导的降解。

10.权利要求9所述的方法，其中所述降解由RNA酶H介导。

11.权利要求7至10中任一项所述的方法，其中所述等温反应还包括合成第二DNA链的模板依赖性延伸，所述第二DNA链与所述第一DNA互补，从而导致形成包含所述第一和第二DNA链的双链DNA。

12.权利要求11所述的方法，其中所述等温反应还包括RNA聚合酶介导的转录反应，所述转录反应由所述双链DNA转录合成的RNA。

13.权利要求1至12中任一项所述的方法，其中重复步骤(d)。

14.权利要求13所述的方法，其中在步骤(d)的每个连续轮后纯化所述扩增的合成RNA，并且将所述纯化的合成RNA用作步骤(d)后续轮的起始材料。

15.权利要求14所述的方法，其中重复的步骤(d)的至少两个所述等温反应包括由寡核苷酸引发的模板依赖性延伸，所述寡核苷酸具有与所述模板合成RNA或第一DNA链的嵌套序列互补的杂交序列。

16.权利要求14或15所述的方法，其中重复的步骤(d)的至少两个等温反应包括由寡核苷酸引发的模板依赖性延伸，所述寡核苷酸具有与所述模板合成RNA或第一DNA链互补的杂交序列以及附加的非互补序列。

17.权利要求16所述的方法，其中所述附加的非互补序列包含一个或更多个条形码序列、索引序列或接头序列。

18.权利要求1至17中任一项所述的方法，其中所述核酸模板包含靶区域和邻接区域。