[发明专利]一种利用文本数据构建蛋白质相互作用网络的方法

权利要求书

1.一种利用文本数据构建蛋白质相互作用网络的方法，其特征在于，包括：

⑴建立蛋白质集合；

⑵记录蛋白质集合中所有蛋白质两两发生相互作用的概率值；

⑶根据概率值的大小构建初始网络结构；

⑷反复选择蛋白质，给定正作用或负作用反馈值，在初始网络结构上不断迭代，获得最终蛋白质相互作用网络的网络结构。

2.根据权利要求1所述的蛋白质相互作用网络构建方法，其特征在于：所述“所有蛋白质两两发生相互作用的概率值”为，在蛋白质集合中任意选择一个蛋白质作为主交互蛋白质，与其他蛋白质为被交互蛋白质，所述主交互蛋白质与每一个被交互蛋白质交互，形成一个作用关系，而后更换主交互蛋白质，再次与其他被交互蛋白质进行交互，形成另一个作用关系，如此循环，循环次数达到预定值，且在重复选择的情况下，以迭代的方式计算，获得最终作用关系作为对应两个蛋白质交互的概率值。

3.根据权利要求2所述的蛋白质相互作用网络构建方法，其特征在于：所述“重复选择的情况”为，蛋白质集合中的某一个蛋白质与另一个蛋白质相互作为主、被交互蛋白质交互作用的情况，以及重复再被相互选择交互作用的情况。

4.根据权利要求2所述的蛋白质相互作用网络构建方法，其特征在于：所述预定值为:每一个集合内的蛋白质均作为主交互蛋白质与其他被交互蛋白质进行过交互，或者循环一个较长时间段内不再有更新，或者达到额定的迭代步数中的一种或几种。

5.根据权利要求1所述的蛋白质相互作用网络构建方法，其特征在于：所述构建初始网络结构为：蛋白质集合中的每一个蛋白质作为一个节点，两两发生相互作用作为边，其边值越大，则两两之间存在相互作用的概率越大，反之则越小，在构建的过程中，边值大的交互被增强，直至一个较长时间段内不再有更新，反之则被减弱，直至概率值为零，最终获得由节点与边构建的网络结构；通过构建的初始网络结构，再进一步获取最终网络结构。

6.根据权利要求5所述的蛋白质相互作用网络构建方法，其特征在于：所述最终网络结构为:通过使用熵权法构建网络，计算每个蛋白质节点的熵权值，再计算网络熵权值，熵权值越小，表示网络稳定，更新初始网络结构。

7.根据权利要求1所述的蛋白质相互作用网络构建方法，其特征在于：所述蛋白质集合的建立:

a.通过生物医学文献数据库中获得所需要的文本；

b.从蛋白质相互作关系数据库中获取蛋白质名及其标识号；

c.根据步骤b获得的蛋白质名，识别出步骤a中获得的所述文本内的蛋白质名，并标注相应的标识号；

d.构建所述蛋白质集合P＝{p_i}，其中p_i表示第i个蛋白质所对应的标识号。