[发明专利]通过使用邻近条形编码分析分子复合物的概况的方法

权利要求书

1.用于通过用分子构建体的至少一个集合标记属于相同复合物的分子而研究分子复合物的组分的方法，其中所述集合的各成员包含独特标识序列即UIS和至少一个共同标签序列即CTS，所述独特标识序列是对于所述集合的各成员独特的核酸序列，所述共同标签序列是所述集合的所有成员共同的核酸序列，所述方法通过以下实现：

-通过将所述分子构建体连接或杂交至所述复合物的核酸分子、或将所述分子构建体连接或杂交至与特异性结合至所述复合物的组分的亲和结合剂连接的核酸而将所述分子构建体连接至所述复合物，

-通过在核酸聚合反应中使用所述分子构建体作为引物或模板而标记属于所述相同复合物的分子，和

-通过分析UIS和CTS的组合来分析所述分子复合物的组成。

2.根据权利要求1的方法，其中通过使用所述分子构建体而标记属于所述相同复合物的分子的步骤在<100 nl的限定体积中通过PCR来进行。

3.根据权利要求2的方法，其中属于所述相同复合物的分子用分子构建体的两个集合标记，其中各集合的各成员包含独特标识序列即UIS和共同标签序列即CTS，且其中分子构建体的一个集合的CTS在第一PCR中扩增，且充当引物以通过聚合在所述分子复合物的核酸分子和分子标签的另一集合上延伸，所述方法进一步包括

-合并来自所有个别限定体积的水溶液的聚合的核酸分子；

- 对合并的聚合的核酸分子测序；

- 使用分子构建体的延伸集合来分析来自各限定体积的分子构建体的扩增集合的组成；和

- 使用分子构建体的扩增集合来解码各分子复合物的复合物组成。

4.根据权利要求1的方法，其中所述分子构建体包含核酸部分，所述核酸部分包含在5'末端的5'-CTS、包含简并碱基的UIS和在3'末端的3'-CTS。

5.根据权利要求4的方法，其用于研究核酸分子复合物中的组分，其中设计所述5'-CTS和3'-CTS以便与核酸分子中的相邻序列互补，其进一步包括以下步骤

-使5'-CTS和3'-CTS与所述核酸分子杂交；

-将5'-CTS和3'-CTS彼此连接以形成环状DNA；

-通过滚环扩增来扩增所述环状DNA以获得UIS和CTS的克隆。

6.根据权利要求5的方法，其包括使用分子构建体的多个集合，其中分子构建体的各集合具有经设计以便与所述分子复合物的不同核酸组分分子互补的5'-CTS和3'-CTS。

7.根据权利要求1的方法，其中分子构建体的集合的各成员包含多个所述UIS和多个所述CTS，所述方法包括以下步骤

- 提供分子构建体的第一集合，其中所述集合的各成员包含特异性结合至所述分子复合物的组分的亲和结合剂；和核酸，所述核酸以5'至3'方向包含复合物组分独特标识序列即CCUIS和共同引物杂交序列，所述复合物组分独特标识序列对于所述集合中的各亲和结合剂是独特的，所述共同引物杂交序列是所述集合的所有成员共同的，且与所述分子构建体标签的CTS互补；

- 使分子构建体的第一集合的亲和结合剂部分结合至所述分子复合物的组分；

- 提供分子构建体的第二集合，其中各成员包含含有相同拷贝的核酸分子的DNA连环体，其包含在5'末端的5'-CTS、包含简并碱基的UIS和在3'末端的3'-CTS；

- 使第二分子构建体的CTS与所述复合物上的第一分子构建体的CTS杂交；

- 通过使用无链置换活性的DNA聚合酶延伸杂交的分子构建体的第二集合上的分子构建体的第一集合的核酸部分；

-对延伸产物测序；和

-分析产生的包含不同CCUIS、UIS和CTS的延伸产物的合并物。

8.根据权利要求2或3的方法，其中PCR步骤中的正向和反向引物之间的比率有利于单链或双链PCR产物。

9.根据权利要求2或3的方法，其包括在PCR步骤中使用具有不同5'末端序列的反向引物，以获得PCR产物的不同3 '末端序列。