[发明专利]基于陆地棉转录组序列开发的EST-SSR标记引物与应用

说明书

技术领域

本发明涉及基于陆地棉转录组序列开发的EST-SSR标记引物与应用，特别涉及基于陆地棉Coker312茎尖转录组序列开发的EST-SSR引物及其应用，属于分子标记技术领域。

背景技术

棉花是重要的经济作物之一，也是最重要的纺织纤维作物。其栽培种有4个,包括2个二倍体棉种,即草棉(Gossypium.herbaceum)和亚洲棉(G.arboreum)以及2个四倍体棉种,即陆地棉(G.hirsutum)和海岛棉(G.barbadense)。由于陆地棉的产量高,适应性的特点，使之成为栽培种中的重要品种。但目前育成的陆地棉品种多样性水平降低，遗传基础狭窄，导致在生产上难以区分和识别，从而制约着产量和品质的进一步提高。

随着基因组学的发展，分子标记成为改善这一问题的首选方法。简单重复序列(SSR)是一种高度多态和共显性标记，因而被广泛用于分子标记遗传分析。随着高通量测序技术的发展,许多物种中已开发出大量的转录组数据,这些数据在新标记的开发和应用过程中具有重要意义。萝卜(Raphanus sativus L.),辣椒(Capsicum annuum L.),芝麻(Sesamum indicum L.)等作物中转录组数据的挖掘，为其识别和开发新的EST-SSR标记提供可靠性。目前利用转录组序列开发新的分子标记在棉花中已有应用，来德勇等利用陆地棉花发育相关的转录组数据发掘了670个新的EST-SSR标记；陈浩东等从达尔文氏棉转录组序列中开发了780对EST-SSR引物，并详细分析了EST-SSR位点的特征，引物的多态性及可转移性；吕远大等基于海岛棉纤维发育EST序列开发出380对SSR引物；Jena等在草棉转录组99780个Uni_gene中，查找出12471个SSR位点，分布于8900条EST中。

目前，棉花中开发的EST-SSR主要与纤维发育基因相关，与棉花早期形态建成相关的基因SSR标记开发尚未见报道。茎端组织与植物叶原基、芽原基的发生以及植物顶端生长优势密切相关，开发与此相关的EST-SSR既能增加棉花EST-SSR标记的数量，又能深入探究EST-SSR标记基因的功能。

发明内容

本发明针对现有技术的不足，提供一种基于陆地棉转录组序列开发的EST-SSR标记引物与应用。基于陆地棉茎尖转录组序列开发出的EST-SSR引物具有扩增稳定、电泳条带清晰、多态性丰富等优点，可有效用于棉花种质资源遗传多样性分析、高密度图谱的构建、品种纯度和真实性鉴定、分子标记辅助育种等研究领域。

本发明的技术方案如下：

一种陆地棉Coker312的EST-SSR标记SCRC056的引物，该引物为一对，核苷酸序列分别为SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2。

上述EST-SSR标记SCRC056的引物在遗传多样性分析和高密度遗传图谱构建方面的应用，标记SCRC056定位于chr.16(D7)上20.4cM处，位于chr.16(D7)上15.4cM的标记BNL2734与chr.16(D7)上24.4cM的标记CGR6280之间，与标记BNL2734相距5cM，与标记CGR6280相距4cM。

一种陆地棉Coker312的EST-SSR标记SCRC371的引物，该引物为一对，核苷酸序列分别为SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4。

上述EST-SSR标记SCRC371的引物在棉花遗传多样性分析和高密度遗传图谱构建方面的应用，标记SCRC371定位于chr.18(D13)上63.2cM处，位于chr.18(D13)上52.7cM的标记SHIN1403与chr.18(D13)上78.4cM的标记CGR5021之间，与标记SHIN1403相距10.5cM。

一种陆地棉Coker312的EST-SSR标记SCRC878的引物，该引物为一对，核苷酸序列分别为SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6。

上述EST-SSR标记SCRC878的引物在棉花遗传多样性分析和高密度遗传图谱构建方面的应用，标记SCRC878定位于chr.2(A2)上42.5cM处，位于连锁群末端,与位于chr.2(A2)上35.5cM的标记HAU880距离最近，相距7.0cM。

一种陆地棉Coker312的EST-SSR标记SCRC1022的引物，该引物为一对，核苷酸序列分别为SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.8。