[发明专利]用于使用散在遗传元件进行遗传检测的方法:多路复合的DNA分析系统有效
申请号: | 201380062590.4 | 申请日: | 2013-10-15 |
公开(公告)号: | CN104822845B | 公开(公告)日: | 2019-02-26 |
发明(设计)人: | 素德赫·辛哈 | 申请(专利权)人: | 素德赫·辛哈 |
主分类号: | C12Q1/6876 | 分类号: | C12Q1/6876;C12P19/34;C07H21/04 |
代理公司: | 北京英赛嘉华知识产权代理有限责任公司 11204 | 代理人: | 王达佐;洪欣 |
地址: | 美国路易*** | 国省代码: | 美国;US |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 用于 使用 遗传 元件 进行 检测 方法 复合 dna 分析 系统 | ||
1.用于遗传检测的方法,其包括
提供样品;
选择十一种至十九种可反转录转座元件(RE)标志物和任选的珐琅蛋白,所选择的各RE标志物是与表示经填充基因组位点的经填充的等位基因和表示空基因组位点的空等位基因有关的INNUL标志物,各INNUL标志物包含核酸序列,所述核酸序列出现于靶物种基因组内的位置;
提供与所选择的各INNUL标志物对应的引物组,并且如果选择珐琅蛋白的话,还提供与珐琅蛋白对应的引物组,各INNUL引物组由正向引物和两个反向引物组成,各引物组的所述正向引物或各引物组的所述反向引物包含可观察的标记,各INNUL引物组的所述两个反向引物由对应于所述INNUL标志物的经填充位点的引物和对应于所述INNUL标志物的空位点的引物组成,所述标志物和引物组选自以下表格:
将所述引物组与所述样品合并以形成反应混合物;
使用所述引物组扩增所述标志物以形成扩增产物的混合物,各引物组生成对应于经填充的等位基因的扩增子和对应于空等位基因的扩增子,每个扩增子具有46-124个碱基对的大小;
将所述扩增产物与所述反应混合物的残余物分离;以及
检测并定量各经标记的扩增产物。
2.如权利要求1所述的方法,各正向引物都具有包含可观察的标记的结构。
3.如权利要求2所述的方法,所述可观察的标记是荧光有机染料。
4.如权利要求3所述的方法,所述可观察的标记选自:6-羧基荧光素(商品名6-FAM)、6-羧基-4’,5’-二氯-2’,7’-二甲氧基荧光素(商品名JOE)、6-羧基四甲基罗丹明(商品名TAMRA)和6-羧基-X-罗丹明(商品名ROX)。
5.如权利要求1所述的方法,各反向引物都具有包含可观察的标记的结构。
6.根据权利要求5所述的方法,所述可观察的标记是荧光有机染料。
7.如权利要求6所述的方法,所述可观察的标记选自:6-羧基荧光素(商品名6-FAM)、6-羧基-4’,5’-二氯-2’,7’-二甲氧基荧光素(商品名JOE)、6-羧基四甲基罗丹明(商品名TAMRA)和包含5-羧基-X-罗丹明和6-羧基-X-罗丹明中至少一个的标记(商品名ROX)。
8.如权利要求1所述的方法,所述扩增步骤包括使用实时聚合酶链式反应系统。
9.如权利要求1所述的方法,各扩增产物由不同的可观察的标记进行标记。
10.如权利要求1所述的方法,所选择的RE标志物选自SINE、LINE和SVA。
11.如权利要求1所述的方法,所选择的RE标志物选自Alu和LINE。
12.如权利要求1所述的方法,所述RE标志物被选择用于人身份测试。
13.如权利要求1所述的方法,所述RE标志物被选择用于生物祖系研究。
14.如权利要求1所述的方法,所述RE标志物包括至少15个RE标志物和珐琅蛋白。
15.如权利要求1所述的方法,对包含低至100pg DNA的样品检测并定量所述经标记的扩增产物。
16.如权利要求1所述的方法,所选择的各RE标志物包含靶位点重复(TSD)序列,各INNUL反向引物包含包括所述TSD序列的全部或部分的核酸序列。
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