[发明专利]一种检测牛PNPLA3基因单核苷酸多态性的方法与应用

说明书

技术领域

本发明属于动物分子育种领域，具体涉及一种快速检测类磷脂酶插入域3马铃薯糖蛋白3(the patatin like phospholipase domaincontaining3，PNPLA3)基因单核苷酸多态性（SNP）的RFLP（限制性片段长度多态性）方法，具体的说，是一种利用限制性内切酶对包含该单核苷酸多态性位点的基因序列进行酶切，根据琼脂糖凝胶电泳对其进行片段大小分离，利用凝胶成像系统分析片段大小，从而确定其SNP的基因型，由于它与秦川体重和日增重存在显著关联，可以作为黄牛分子育种的分子标记。

背景技术

单核苷酸多态性（SNP）就是指基因组DNA序列中由于单个核苷酸（A/T/C/G）的替换而引起的多态性。

牛是人类的重要家畜物种资源之一，它在各国社会经济和人们生活中扮演着重要角色。随着我国经济的发展和人们生活水平的提高，社会对牛产品的需求不断加强，期望牛育种专家尽快培育出更早、更好、更快地获得牛产品的优良品种。在高产、优质和高效的牛育种目标上，牛育种专家一直关注生长发育性状，但现在的问题是仅靠传统育种手段不断改良并提高这些性状，显然是不行的，还需要标记辅助选择(MAS)介导的现代分子育种技术的介入。

在众多探寻分子遗传标记的方法中，PCR-RFLP是其中一种检测SNP的有效技术，在发现SNP位点后使用限制性内切酶进行切割，然后进行琼脂糖凝胶电泳分析，就能准确的鉴别SNP位点。PCR-RFLP方法不仅具有DNA 测序法的准确性，又克服了费用昂贵、繁琐操作、假阳性的缺点，而且所检测的序列位点无特殊性要求。

PNPLA3蛋白具有脂肪酶和酰基转移酶的活性，人和鼠源PNPLA3蛋白N端都具有patatin结构域，patatin中核心模体是(GxsxG)和(DGG)。具有该结构域的脂酶具有水解磷脂，中性脂质和酰基转移酶活性。不同细胞中超表达人和鼠的PNPLA3，分级分离PNPLA3蛋白检测发现PNPLA3具有甘油三酯脂酶活性。细胞中超表达人和鼠的PNPLA3，检测产物发现甘油三酯含量并没有降低，不能降低细胞内源甘油三酯水平。同时，在人HEK293细胞中超表达PNPLA3发现甘油三酯水平还有上升的趋势。以往针对PNPLA3基因的功能和多态性研究主要集中在人和小鼠上，对牛PNPLA3基因的研究报道很少，因此对牛PNPLA3基因的研究是具有重要的意义。

国内外未见关于牛PNPLA3基因的遗传变异研究，该基因位点的功能研究及其遗传变异与经济性状（如体重等）关联研究仍是空白。由于PNPLA3基因功能涉及体重等生长性状，本发明提供的检测方法为PNPLA3基因的SNP与中国秦川牛生长性状关系的建立奠定了基础，以便用于中国黄牛生长性状的标记辅助选择，快速建立遗传资源优良的黄牛种群。

主要参考文献

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