[发明专利]一种利用3基因聚合效应选育山羊产羔性状的方法

说明书

技术领域

本发明属于分子遗传育种学领域，具体涉及一种利用3基因聚合效应选育山羊产羔性状的方法，该方法应用PCR-RFLP和DNA测序技术检测被检个体干细胞因子（SCF）基因的3'非翻译区，III型跨膜酪氨酸激酶受体（KIT）基因外显子7和亲吻素（KISS1）基因内含子1的单链DNA碱基突变多态性，通过分析不同基因型组合与山羊产羔数之间的关系，筛选出最佳基因型组合，分析拥有最佳基因型组合的高产个体的选配方式，再应用这些选配方式形成山羊多羔的多基因聚合良种核心群。

背景技术

产羔率低是制约优质高效养羊业发展的主要瓶颈，而从遗传本质上研究提高产羔率的育种方法是国内外养羊科技工作者努力寻求破解的技术难题。以分子标记为核心的多基因聚合育种技术能直接在DNA水平上对产羔性状的基因型进行选择，克服了常规育种耗时长，效果差的缺点，可快速提高育种效率。可见，寻找与产羔性状紧密连锁分子标记，研究目标基因的调控功能及表达水平，筛选调控产羔性状的功能基因，是实现现代分子育种技术与常规育种技术有机结合，集成创新多基因聚合育种技术体系的基础和前提。基因聚合（Gene pyramiding）是通过基因工程手段，将分散在不同品种或品系中的优良基因通过杂交、回交、复合杂交等手段聚合到同一个品种中。畜禽的大部分经济性状具有加性效应，基因表达呈累加作用，即集中到一个品种中的同效基因越多表达越充分。目前，国内外关于羊分子育种的研究主要集中在羊的分子标记检测及其与性状的相关性方面，对于基因聚合育种技术大多数仍然仅停留于概念上，对其理论的研究相对滞后。

单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphisms，SNP）就是指基因组DNA序列中由于单个核苷酸（A/T/C/G）的替换而引起的多态性。SNPs可以是两个或多个等位基因的多态，因此，通常所说的SNPs包括碱基的插入、缺失、插入/缺失以及重复序列拷贝数的变化。一个SNP表示在基因组某个位点上有一个核苷酸的变化，主要由单个碱基的转换（以一种嘧啶置换另一种嘧啶或一种嘌呤置换另一种嘌呤）以及颠换（嘌呤与嘧啶互换）所引起。具有颠换型变异的SNPs约占2/3，其他几种SNP在相似的水平上，因为CpG（核苷酸对，其中G在DNA链中紧随C后）二核苷酸的胞嘧啶是基因组中最易发生突变的位点，其中大多数是甲基化的，可自发地脱去氨基而形成胸腺嘧啶。在任何已知或未知的基因内或附近都可能找到数量不等的SNPs，根据它们在基因组中分布的位置可分为基因编码区SNPs（cSNPs）、基因周边SNPs（pSNPs）和基因间SNPs（iSNPs）等三类。总的说来，cSNP比较少，因为在编码区内的变异率仅占有周围序列的1/5，但它在遗传病和育种的研究中却具重要意义，因此倍受关注。根据对遗传性状的影响，cSNPs又可分为两种：一种是同义cSNPs，即SNP所致编码序列的改变并不影响其所翻译的氨基酸序列，突变碱基与未突变碱基的“含义”相同；另一种是非同义cSNPs，即碱基序列的改变将导致编码氨基酸的改变从而产生蛋白质序列的改变，可能最终影响到蛋白质的功能。因此，对编码区SNPs的非同义突变来说，它们可能对基因功能有直接的重要影响，尤其对于编码区突变来说，更可能会导致所编码的蛋白发生重大变化，从而影响它的功能的发挥。基因序列上碱基的插入/缺失突变，同样将导致所编码氨基酸的改变从而产生蛋白质序列改变，以致影响到蛋白的生物学功能，从而造成对个体的表现型具有重要影响。不仅如此，在群体遗传研究中，这些SNPs作为遗传标记在群体遗传和生物进化的研究中也具有重要意义。