[发明专利]检测哺乳动物基因组三核苷酸重复序列的方法及其应用在审
申请号: | 201310390859.3 | 申请日: | 2013-08-30 |
公开(公告)号: | CN104419756A | 公开(公告)日: | 2015-03-18 |
发明(设计)人: | 胡荣贵;徐星星;傅兴;陈侃;于涛 | 申请(专利权)人: | 中国科学院上海生命科学研究院 |
主分类号: | C12Q1/68 | 分类号: | C12Q1/68;C07K14/47;C12N15/12;C12N15/70;C12N1/21 |
代理公司: | 上海专利商标事务所有限公司 31100 | 代理人: | 韦东 |
地址: | 200031 *** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 检测 哺乳动物 基因组 核苷酸 重复 序列 方法 及其 应用 | ||
1.一种基因组特殊序列测序或检测基因组特殊序列的方法,该方法包括:
混合特殊序列结合物和含DNA的样品,和
对富集的DNA或DNA片段进行测序分析。
2.如权利要求1所述的方法,其特征在于,所述方法包括:
(1)在适合所述特殊序列结合物与所述DNA结合的条件下孵育所述特殊序列结合物与DNA;
(2)分离出结合的特殊序列结合物-DNA;
(3)从步骤(2)获得的特殊序列结合物-DNA分离纯化得到DNA;和
(4)对步骤(3)分离纯化得到的DNA进行测序。
3.如权利要求1或2所述的方法,其特征在于,该方法还包括,将测序信息与基因组信息匹配,获得基因组特殊序列的位置信息。
4.如权利要求1-3中任一项所述的方法,其特征在于,所述特殊序列为三核苷酸重复序列。
5.如权利要求1-4中任一项所述的方法,其特征在于,所述特殊序列结合物包括锌指蛋白或转录激活子样效应因子。
6.如权利要求5所述的方法,其特征在于,所述锌指蛋白是C2H2型锌指蛋白。
7.一种检测哺乳动物基因组三核苷酸重复序列的方法,所述方法包括:
混合锌指蛋白和含DNA的样品,和对富集的DNA或DNA片段进行测序分析,
从而检测哺乳动物基因组中的三核苷酸重复序列。
8.如权利要求1-7中任一项所述的方法,其特征在于,所述三核苷酸重复序列选自(GCT)n、(CTG)n、(TGC)n、(AGC)n、(GCA)n、(CAG)n、(GGC)n、(GCG)n、(CGG)n、(GCC)n、(CCG)n、(CGC)n、(GAA)n、(AAG)n、(AGA)n、(TTC)n、(TCT)n和(CTT)n,其中,n≥3。
9.如权利要求5-8中任一项所述的方法,其特征在于,所述锌指蛋白是C2H2型锌指蛋白。
10.如权利要求5-9中任一项所述的方法,其特征在于,所述锌指蛋白包括SEQ ID NO:1、2或3所示的氨基酸序列。
11.一种分离的多肽,其特征在于,所述多肽选自:
(1)SEQ ID NO:1、2或3所示的氨基酸序列;或
(2)在SEQ ID NO:1、2或3所示的氨基酸序列中经过一个或几个氨基酸插入、缺失或突变而获得的保留了SEQ ID NO:1、2或3的生物学活性的蛋白。
12.如权利要求11所示的多肽,其特征在于,所述插入、缺失或突变发生在SEQ ID NO:1、2和3的识别螺旋氨基酸残基之外。
13.一种分离的多核苷酸,其特征在于,所述多核苷酸选自:
(1)编码权利要求11或12所述的多肽的多核苷酸;和
(2)与(1)互补的多核苷酸。
14.如权利要求13所述的多核苷酸,其特征在于,所述多核苷酸选自:SEQ IDNO:11、12和13。
15.一种多核苷酸构建物,其特征在于,所述多核苷酸构建物含有权利要求13或14所述的多核苷酸。
16.如权利要求15所述的多核苷酸构建物,其特征在于,所述多核苷酸构建物是一种表达载体。
17.一种细胞,其特征在于,所述细胞含有权利要求11或12所述的多肽,或权利要求13或14所述的多核苷酸,或权利要求15和16所述的多核苷酸构建物。
18.权利要求11或12所述的多肽,或权利要求13或14所述的多核苷酸,或权利要求15和16所述的多核苷酸构建物,或权利要求17所述的细胞在基因组三核苷酸重复序列测序或检测基因组三核苷酸重复序列中的应用。
19.权利要求11或12所述的多肽,或权利要求13或14所述的多核苷酸,或权利要求15和16所述的多核苷酸构建物,或权利要求17所述的细胞在制备用于疾病的诊断和筛查的药物或试剂中的用途。
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