[发明专利]胎儿性染色体的非侵入性产前基因分型

权利要求书

1.一种用于确定孕妇的男性胎儿是否具有X连锁突变的方法，其中所述孕妇在所述X染色体的基因座处是突变等位基因和正常等位基因杂合的，所述方法包括：

接收由多个反应得到的数据，每个反应都涉及由生物学样品得到的一种或多种核酸分子，所述生物学样品包括由所述孕妇得到的以及由所述男性胎儿得到的核酸分子，其中所述数据包括：

第一组定量数据，其表明所述基因座处的所述突变等位基因的第一量；以及

第二组定量数据，其表明所述基因座处的所述正常等位基因的第二量；

由所述第一量和所述第二量确定参数，其中所述参数表示所述第一量和所述第二量之间的相对量；

获得所述生物学样品中胎儿核酸分子的百分率Pf；

计算用于确定所述胎儿在所述基因座处是否继承了所述突变等位基因的第一截断值，其中所述第一截断值至少衍生自k/(1+k-Pf)的第一比例，其中k为所述孕妇的突变染色体上的突变等位基因的数量，k为等于或大于1的整数；

计算用于确定所述胎儿在所述基因座处是否继承了所述正常等位基因的第二截断值，其中所述第二截断值至少衍生自[k(1-Pf)]/[1+k-kPf)]的第二比例；以及

将所述参数与所述第一截断值和第二截断值中的至少一者相比较，从而确定所述胎儿是继承了所述突变等位基因还是所述正常等位基因的分类。

2.如权利要求1所述的方法，其中将所述参数与所述第一截断值和第二截断值相比较。

3.如权利要求2所述的方法，其中所述分类包括疾病状态、非疾病状态和不可分类的。

4.如权利要求1至3的任意一项所述的方法，其中获得所述百分率Pf包括：

使用在所述多个反应中分子的预计统计学分布来校正所述生物学样品中胎儿核酸分子的试验得出的百分率。

5.如权利要求1至4的任意一项所述的方法，其中获得所述百分率Pf包括：

在所述反应中检测第一等位基因，其中所述第一等位基因在这样的基因座处由母亲和胎儿所共有，其中在该基因座处，所述孕妇是纯合的，而所述胎儿是杂合的或半合的；

使用等式[-ln((N-P1)/N)]*N来计算泊松校正的浓度Px，其中N为所分析的反应的总数量，P1为对所述第一等位基因为阳性反应的数量，而ln为自然对数；

在所述反应中检测第二等位基因，其中所述第二等位基因是所述胎儿特有的；以及

使用等式[-ln((N-P2)/N)]*N来计算泊松校正的浓度Py，其中N为所分析的反应的总数量，而P2为对所述第二等位基因为阳性反应的数量。

6.如权利要求5所述的方法，其中所述第二等位基因在染色体Y上。

7.如权利要求5所述的方法，其中所述第一等位基因在染色体X上。

8.如权利要求5所述的方法，其中所述胎儿特有的等位基因为常染色体上父本遗传的等位基因。

9.如权利要求5所述的方法，其中所述胎儿特有的等位基因包括胎儿特有的甲基化标志物。

10.如权利要求5所述的方法，进一步包括：

按照[(2Py)/(Px+Py)]*100%计算Pf。

11.如权利要求1至10的任意一项所述的方法，其中使用序列概率比检验（SPRT）来确定所述第一和第二截断值，从而确定所述胎儿是继承了所述突变核酸序列还是所述正常核酸序列。

12.如权利要求1至11的任意一项所述的方法，其中在与所述突变核酸序列连锁的多态位点处的等位基因为与所述突变核酸序列位于相同的母本单倍型上的等位基因，并且其中所述多态位点与所述突变核酸序列之间的重组概率低于1%。

13.如权利要求1至11的任意一项所述的方法，其中在与所述正常核酸序列连锁的多态位点处的等位基因为与所述正常核酸序列位于相同的母本单倍型上的等位基因，并且其中在所述多态位点与所述突变核酸序列之间的重组概率低于1%。

14.如权利要求1至13的任意一项所述的方法，其中所述反应包括以下反应的任意一种或多种：测序反应、光学分析、使用荧光探针的杂交或者纳米孔测序。

15.如权利要求1至13的任意一项所述的方法，其中反应为扩增反应。