[发明专利]鮸鱼EST微卫星标记的特异引物及筛选方法有效
申请号: | 201210325697.0 | 申请日: | 2011-07-11 |
公开(公告)号: | CN102876777A | 公开(公告)日: | 2013-01-16 |
发明(设计)人: | 徐田军;王日昕;孙典巧;孙悦娜 | 申请(专利权)人: | 浙江海洋学院 |
主分类号: | C12Q1/68 | 分类号: | C12Q1/68;C12N15/11;C12N15/10 |
代理公司: | 杭州杭诚专利事务所有限公司 33109 | 代理人: | 尉伟敏 |
地址: | 316000 浙江省*** | 国省代码: | 浙江;33 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 鮸鱼 est 卫星 标记 特异 引物 筛选 方法 | ||
1.鮸鱼EST微卫星标记的特异引物,其特征是所述的特异引物为:
Mimi-13-G10:F:GCGACAACGCAGACAGGA,R:CTTGGGCGGATGGTAGGA。
2.一种鮸鱼EST微卫星标记的筛选方法,其特征是首先利用从鮸鱼cDNA文库中测序获得的EST序列,利用微卫星检索软件Tandem Repeat Finder进行微卫星位点的查找,对于2-6个碱基重复单元重复次数依次大于7,5,4,3,3次的微卫星片段进行筛选分离,从而得到含有微卫星重复的ESTs序列;然后在微卫星重复序列两端的侧翼序列设计特异引物,并进一步检测优化引物成为微卫星标记;最后对微卫星标记的重复性、稳定性和多态性进行综合评价,得到EST微卫星标记,其中,所述的筛选到的EST微卫星标记的特异引物为:
Mimi-13-G10:F:GCGACAACGCAGACAGGA,R:CTTGGGCGGATGGTAGGA。
3.如权利要求2所述的一种鮸鱼EST微卫星标记的筛选方法,其特征是所述的特异引物对鮸鱼进行PCR扩增,其中:扩增体系为:总体积20μl,其中含有内含1.5mMMg2+的1×PCR buffer,0.2μM dNTP,1U Taq聚合酶,模板量为50-100ng;PCR反应程序为:95°C变性5分钟之后进入循环,95°C变性30秒,退火温度退火30秒,72°C延伸30秒,进行30个循环,最终72°C延伸5分钟,各个引物的最佳退火温度在预期退火温度上下浮动10°C之间进行优化,直至预期产物清晰单一。
4.如权利要求2或3所述的一种鮸鱼EST微卫星标记的筛选方法,其特征是所述的特异引物对鮸鱼进行PCR扩增,PCR产物的检测方法如下:扩增得到的产物在用1.5%的琼脂糖凝胶电泳检测扩增特异性后,再用6%的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,然后再用硝酸银染色系统进行检测,分析确定多态性。
5.如权利要求4所述的一种鮸鱼EST微卫星标记的筛选方法,其特征是所述的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳主要工艺参数为:恒压1000-1500V、功率200W,电泳1-2个小时。
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