[发明专利]鮸鱼EST微卫星标记的特异引物及筛选方法有效

专利信息
申请号: 201210325697.0 申请日: 2011-07-11
公开(公告)号: CN102876777A 公开(公告)日: 2013-01-16
发明(设计)人: 徐田军;王日昕;孙典巧;孙悦娜 申请(专利权)人: 浙江海洋学院
主分类号: C12Q1/68 分类号: C12Q1/68;C12N15/11;C12N15/10
代理公司: 杭州杭诚专利事务所有限公司 33109 代理人: 尉伟敏
地址: 316000 浙江省*** 国省代码: 浙江;33
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摘要:
搜索关键词: 鮸鱼 est 卫星 标记 特异 引物 筛选 方法
【权利要求书】:

1.鮸鱼EST微卫星标记的特异引物,其特征是所述的特异引物为:

Mimi-13-G10:F:GCGACAACGCAGACAGGA,R:CTTGGGCGGATGGTAGGA。

2.一种鮸鱼EST微卫星标记的筛选方法,其特征是首先利用从鮸鱼cDNA文库中测序获得的EST序列,利用微卫星检索软件Tandem Repeat Finder进行微卫星位点的查找,对于2-6个碱基重复单元重复次数依次大于7,5,4,3,3次的微卫星片段进行筛选分离,从而得到含有微卫星重复的ESTs序列;然后在微卫星重复序列两端的侧翼序列设计特异引物,并进一步检测优化引物成为微卫星标记;最后对微卫星标记的重复性、稳定性和多态性进行综合评价,得到EST微卫星标记,其中,所述的筛选到的EST微卫星标记的特异引物为:

Mimi-13-G10:F:GCGACAACGCAGACAGGA,R:CTTGGGCGGATGGTAGGA。

3.如权利要求2所述的一种鮸鱼EST微卫星标记的筛选方法,其特征是所述的特异引物对鮸鱼进行PCR扩增,其中:扩增体系为:总体积20μl,其中含有内含1.5mMMg2+的1×PCR buffer,0.2μM dNTP,1U Taq聚合酶,模板量为50-100ng;PCR反应程序为:95°C变性5分钟之后进入循环,95°C变性30秒,退火温度退火30秒,72°C延伸30秒,进行30个循环,最终72°C延伸5分钟,各个引物的最佳退火温度在预期退火温度上下浮动10°C之间进行优化,直至预期产物清晰单一。

4.如权利要求2或3所述的一种鮸鱼EST微卫星标记的筛选方法,其特征是所述的特异引物对鮸鱼进行PCR扩增,PCR产物的检测方法如下:扩增得到的产物在用1.5%的琼脂糖凝胶电泳检测扩增特异性后,再用6%的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,然后再用硝酸银染色系统进行检测,分析确定多态性。

5.如权利要求4所述的一种鮸鱼EST微卫星标记的筛选方法,其特征是所述的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳主要工艺参数为:恒压1000-1500V、功率200W,电泳1-2个小时。

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