[发明专利]香蕉束顶病毒的实时PCR快速检测方法有效
申请号: | 201210042111.X | 申请日: | 2012-02-23 |
公开(公告)号: | CN103290138A | 公开(公告)日: | 2013-09-11 |
发明(设计)人: | 陈艳;胡晋生 | 申请(专利权)人: | 陈艳;胡晋生 |
主分类号: | C12Q1/70 | 分类号: | C12Q1/70;C12Q1/68;C12N15/11;C12R1/94 |
代理公司: | 暂无信息 | 代理人: | 暂无信息 |
地址: | 100101 北京市朝阳区北辰*** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 香蕉 病毒 实时 pcr 快速 检测 方法 | ||
1.一种用于检测香蕉束顶病毒的实时PCR扩增引物和探针,其特征在于:
根据GenBank公布的香蕉BBTV外壳蛋白基因(CP,BBTV component 3)序列(Accession number:AY534140),从中选择保守序列设计引物F1和R1;并利用Primer express(1.0,PEApplied Biosystem)设计TaqMan探针,探针位于上下游引物之间,探针的5′端标记荧光素FAM,3′标记荧光素TAMRA,其中F1的序列为5’ACCAGCCGACT(a)ACA(c)TGTCTG 3’,R1的序列为5’TCCTCAACACGGTTGTCTTC 3’,TaqMan探针的序列为5’ACATTCAACATCTGATGTCCCTGTTGC 3’。
2.一种香蕉束顶病毒的检测方法,包括如下步骤:
(1)分别提取无明显感病症状的香蕉植株和传毒介质-香蕉交脉蚜中的病毒DNA检测样品,备用;
(2)以(1)步提取的DNA为模板,利用权利要求1所述的引物和探针进行实时PCR扩增;
(3)2小时后读取数据,判断样品是否带毒。
3.根据权利要求2所述的方法,其特征在于:提取无明显感病症状的香蕉植株中的病毒DNA的步骤如下:
(1)取1-2mm2待检测香蕉组织,放置于PCR管中;
(2)加50-100μL新鲜配制的缓冲液A,95℃孵育10分钟;
(3)之后,加等量缓冲液B;-20℃保存备用,取1μL上清液用于实时PCR扩增;
其中缓冲液A为100mM NaOH,2%20;缓冲液B为100mM Tris-HCl,2mMEDTA。
4.根据权利要求2所述的方法,其特征在于:提取传毒介质-香蕉交脉蚜(Pentalonia nigronervosa)中的病毒DNA的步骤如下:
(1)将从香蕉植株采集的整头香蕉蚜虫用毛笔轻轻置于0.5mL的Eppendorf管中,用枪头挤破蚜虫后,加入20μL缓冲液A,94℃10分钟;再加入20μL缓冲液B,-20℃保存备用;
(2)用纤细的针或纤细的移液枪枪头准确的刺向蚜虫的淋巴部位,将针或枪头置于20μL缓冲液A,于94℃10分钟;再加入20μL缓冲液B,-20℃保存备用;
(3)轻触饱食后的蚜虫,诱导蚜虫分泌蜜露,用针头蘸取少量蜜露置于20μL缓冲液A,于94℃10分钟;再加入20μL缓冲液B,-20℃保存备用;
(1)、(2)、(3)均取1μL上清液用于实时PCR扩增,其中缓冲液A为100mM NaOH,2%20;缓冲液B为100mM Tris-HCl,2mM EDTA。
5.根据权利要求2所述的方法,其特征在于:进行实时PCR扩增反应条件如下:
反应在iCycler real-time System(Bio-rad)上进行,反应体系为20μL,由以下成分组成:2×Taq Immomix(BioLine公司)10μL和MeCl2(50mM)1.8μL,上、下游引物(5μM)1μL,Taqman探针1μL,20%PVP-40 1μL,1%BSA 1μL,1μL样品上清液,其余用超纯水补足到20μL;反应条件为:95℃变性7分钟,95℃变性30秒,58℃复性30秒,72℃延伸30秒,循环50次,在每个循环的延伸阶段收集荧光信号,荧光收集模式设为F1/F2。
6.一种用于检测香蕉束顶病毒的试剂盒,其特征在于包含如下成分:
(1)权利要求1所述的引物和探针;
(2)缓冲液A:100mMNaOH,2%20;
(3)缓冲液B:100mM Tris-HCl,2mM EDTA;
(4)2×Taq Immomix;50mM的MgCl2;20%的PVP-40;1%的BSA。
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