[发明专利]一种应答水稻白叶枯病菌的基因芯片的制备方法及其基因芯片与应用

权利要求书

1.一种应答水稻白叶枯病菌的基因芯片的制备方法，包括以下步骤：

（1）构建cDNA文库

以接种蒸馏水的水稻叶片和接种Xoo后24h、48h、72h的水稻叶片作为总RNA的提取材料，构建cDNA文库；

（2）均一化步骤（1）构建的cDNA文库；

（3）构建差减cDNA文库

以接种Xoo后24h、48h、72h、96h和120h的水稻叶片等量取材作为接种样品，以接种样品作为差减杂交的试验方, 接种蒸馏水的水稻叶片等量取材作为驱动方，构建差减cDNA文库；

（4）将步骤（2）均一化的cDNA文库的cDNA质粒和步骤（3）差减cDNA文库的cDNA质粒， 贮存在384孔板的孔中，并从第1块384孔板的第1个孔开始依次编号；用SSC作为阴性对照，用β-actin 的cDNA为阳性对照，β-actin 在GenBank库登录号是XM-469569.1，阴性对照和阳性对照在cDNA质粒之后依次贮存在384孔板的孔中，并依次编号；

（5）重复步骤（4）提取cDNA质粒，按步骤（4）的编号顺序依次将所提取的cDNA质粒、所述的阴性对照和阳性对照用生物芯片点样仪点在一张载体上，cDNA质粒不设重复，所述的阴性对照和阳性对照各设8个重复。

2.根据权利要求1所述的一种应答水稻白叶枯病菌的基因芯片的制备方法，步骤（5）所述的载体为玻片。

3.根据权利要求1所述的一种应答水稻白叶枯病菌的基因芯片的制备方法，步骤（1）和步骤（3）所述的水稻叶片为水稻孕穗期的叶片。

4.根据权利要求1所述的一种应答水稻白叶枯病菌的基因芯片的制备方法，步骤（1）和步骤（3）所述的水稻叶片为疣粒野生稻叶片。

5.根据权利要求4所述的一种应答水稻白叶枯病菌的基因芯片的制备方法，所述的疣粒野生稻叶片为疣粒野生稻孕穗期的叶片。

6.一种应答水稻白叶枯病菌的基因芯片，其特征在于：所述的一种应答水稻白叶枯病菌的基因芯片是用权利要求1至5中任一权利要求所述的一种应答水稻白叶枯病菌的基因芯片的制备方法制备获得。

7.权利要求6所述的一种应答水稻白叶枯病菌的基因芯片在检测应答水稻白叶枯病菌基因及其相关基因表达的应用。

8.根据权利要求7所述的一种应答水稻白叶枯病菌的基因芯片在检测应答水稻白叶枯病菌基因及其相关基因表达的应用，其特征在于：所述的应用是将待检测水稻接种Xoo，分别取接种Xoo后24h、48h和72h的水稻叶片为三个处理，将三个处理按常规方法提取总RNA，将三个处理的总RNA等量混合后,在逆转录时用Cy5标记，以接种蒸馏水的待检测水稻的叶片为对照材料，将对照材料按常规方法提取总RNA，取对照材料的总RNA在逆转录时用Cy3标记，将标记Cy5的cDNA和标记Cy3的cDNA按常规DNA杂交方法与权利要求6所述的一种应答水稻白叶枯病菌的基因芯片预杂交、杂交、进行图像处理和分析，将有杂交信号点所对应的克隆进行测序，将测序结果与GenBank或Protein DataBank进行BLAST比较，进行基因分析。