[发明专利]用于核酸特异性分析的探针

权利要求书

1.用于检测或富集核酸样品中存在的靶标脱氧核糖核酸(DNA)的方法，所述方法包括：

(a)使核酸样品片段化，产生包括靶标片段在内的核酸片段，所述靶标片段含有所述靶标DNA；

(b)使一个共有的核酸接头或其多个变体以非靶标特异性的方式与所述片段的末端退火，其中退火的接头在所述片段链的3’端和/或5’端与所述片段连接，使得接头仅与下述靶标片段的末端连接，所述靶标片段在另一端在步骤(e)中与探针的寡核苷酸B连接，并且其中所述变体接头彼此差异在于所带有的分子标签和/或在于所述接头与所述片段退火的末端；

(c)使包含所述靶标片段的所述片段至少部分单链化，其中所述单链化部分包括末端部分，并且其中所述单链化部分的长度足以允许所述靶标片段的单链化部分的至少一部分与步骤(d)的所述探针杂交；

(d)使步骤(c)的至少部分单链化的片段与单个靶标特异性核酸探针的寡核苷酸A和B接触，其中：

(i)寡核苷酸A是下述单链寡核苷酸，所述单链寡核苷酸在一端包含含有与所述靶标片段的所述单链化部分的至少一部分在序列上互补的至少10个核苷酸的第一靶标特异性部分，并且在另一端包含含有与所述探针的寡核苷酸B的至少一部分互补的核苷酸序列的第二非靶标特异性部分，和

(ii)寡核苷酸B是下述单链寡核苷酸，所述单链寡核苷酸可含有或带有用于检测和/或富集所述靶标片段的至少一种元件，并且其至少一部分，包括一端，与寡核苷酸A的第二非靶标特异性部分在序列上互补，使得所述靶标片段通过与寡核苷酸A的第一靶标特异性部分杂交而变得与所述探针退火，导致每个靶标片段仅发生一次靶标特异性探针结合事件；

(e)将所述探针的寡核苷酸B与所述靶标片段的单链化部分中与所述探针寡核苷酸A杂交的部分连接，生产探针-靶标片段杂交体；和

(f)检测或富集所述探针-靶标片段杂交体。

2.用于检测或富集多种靶标DNA的根据权利要求1所述的方法，其中在步骤(d)中所述靶标片段与多种核酸探针的寡核苷酸A和B接触，所述多种核酸探针各自具有带有不同的第一靶标特异性部分的寡核苷酸A，从而使多种不同的靶标片段可分别与所述探针退火。

3.根据权利要求2所述的方法，其中在所述多种核酸探针中，寡核苷酸B包含在每种探针中相同的共有序列。

4.根据权利要求3所述的方法，其中每种探针中的所述共有序列包含检测和/或富集元件。

5.根据权利要求2到4中任一项所述的方法，其中所述多种核酸探针包含相同的寡核苷酸B。

6.根据权利要求1到5中任一项所述的方法，其中所述核酸样品包含基因组DNA或其亚级分。

7.根据权利要求1到5中任一项所述的方法，其中所述核酸样品包含cDNA或其亚级分。

8.根据权利要求1到7中任一项所述的方法，其中所述靶标片段包含至少30个核苷酸。

9.根据权利要求1到8中任一项所述的方法，其中在步骤(a)中所述片段化是：(i)酶促的；和/或(ii)物理的。

10.根据权利要求9所述的方法，其中所述酶促片段化借助于限制性内切酶进行。

11.根据权利要求9或权利要求10所述的方法，其中所述酶促片段化借助于下述酶，对所述酶而言，接近核酸样品中靶标DNA的识别序列是多态的，从而对所述靶标DNA的所述检测或富集是单体型特异性的。

12.根据权利要求1到9中任一项所述的方法，其中所述片段化如下完成：对所述核酸样品的小份试样分别进行一种或多种酶促方法和/或物理方法的组合，并在步骤(c)之前合并经片段化的核酸样品的所述小份试样。

13.根据权利要求1到11中任一项所述的方法，其中在步骤(c)中通过(i)变性或(ii)核酸外切来实现所述至少部分的单链化。

14.根据权利要求1到12中任一项所述的方法，其中在步骤(d)中，寡核苷酸A的所述第一靶标特异性部分包含与所述至少部分单链化的靶标片段一端的单链化部分在序列上互补的至少10个核苷酸。

15.根据权利要求1到14中任一项所述的方法，其中步骤(d)中寡核苷酸A的所述第一靶标特异性片段的长度是至少20个核苷酸。