[发明专利]一种检测SNP的磁珠系统及其使用方法

权利要求书

1.一种用于检测单核苷酸多态性SNP的磁珠系统，包括：

(1)表面上附着含有SNP的探针片段的磁珠，其中探针片段是包含待检序列中的SNP位点并可与待检序列配对杂交的片段，以及SNP在探针片段中的上下游序列长度是相同的；

(2)具有磁力并可分离磁珠的磁架。

2.根据权利要求1所述的磁珠系统，还包括：

(3)用于扩增待检序列的引物，其中待检序列中可能包含SNP位点；

(4)S1核酸酶；

(5)用于检测含有SNP的扩增产物-探针复合物的质谱装置。

3.根据权利要求1或2所述的系统，其中在探针序列中，所述SNP的上下游序列的相同长度为10-14bp，并且引物不含特殊的酶切位点和标记。

4.根据权利要求3所述的系统，其中磁珠直径为10hm-10μm，并且磁架是具有磁性或内部有磁条或磁块的支架，当把含磁珠的反应体系置于磁架上时，在磁力的作用下，在溶液中均匀分布的磁珠聚集于磁极方向，从而纯化或分离磁珠。

5.根据权利要求4所述的系统，其中所述的质谱仪是基体辅助激光解吸电离飞行时间质谱(Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight massspectrometry，MALDI TOF MS)。

6.使用权利要求1-5所述的任一系统以检测单核苷酸多态性SNP的方法。

7.权利要求6所述的方法，步骤包括：

(1)制备直径10nm-10μm的磁珠；

(2)根据待检序列中可能的SNP，合成包含SNP的探针片段；

(3)充分混合磁珠和探针片段，使得探针片段附着在磁珠表面，形成磁珠-探针复合物；

(4)使用引物，扩增样品中的待检序列，然后将扩增产物与磁珠-探针复合物进行充分杂交配对，形成磁珠-探针-待检序列复合物；

(5)使用S1核酸酶，充分酶切磁珠-探针-待检序列复合物，并将S1核酸酶消化后的反应液置于磁架上，在磁力的作用下，收集磁珠和磁珠-探针-待检序列复合物，并弃去澄清液体；

(6)洗涤磁珠和磁珠-探针-待检序列复合物的混合物，然后将混合物从磁架上取下来，稀释后，在95℃高温水浴5分钟、冰浴骤冷20分钟，使酶切后的扩增产物与探针分离，并得到单链核酸溶液；

(7)将溶液再次置于磁架上，然后在室温或者冰浴条件下收集不含磁珠的单链核酸溶液；

(8)将单链核酸溶液进行经质谱检测，根据产物分子量相比对确定相应的SNP，从而判断待检样品中的SNP类型。

8.根据权利要求7所述的方法，其中在步骤(5)中，如果待检序列中含有SNP位点，则在复合物中，由于探针和待检序列在SNP位点处不能配对连接，将形成一个“泡”状结构，因此S1核酸酶在形成“泡”状结构的SNP处将探针-待检序列复合物切断。

9.权利要求7所述的方法，其中在步骤(6)中，由于通过高温-骤冷的方法，使得扩增产物-探针的双链复合物解离成单链，并释放到溶液中呈游离状态，因此在通过磁架分离探针和扩增产物后，得到了可用于质谱检测的单链核酸溶液。

10.权利要求7所述的方法，其中在步骤(8)中，由于野生型和突变型SNP位点所代表的酶切片段相差13bp，在质谱仪中区分度在3500Da以上，因此利用高分辨率质谱装置检测酶切片段的分子量，可测定待检序列中的SNP基因型。