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[发明专利]一种非平衡模式下基于集成学习的锌结合蛋白质作用位点预测方法-CN201811353819.0在审
发明人：李慧 -专利权人：金陵科技学院
申请日： 2018-11-14 - 公布日： 2019-02-12 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种非平衡模式下基于集成学习的锌结合蛋白质作用位点预测方法，针对锌结合蛋白质作用位点的特点，对蛋白质源数据进行预处理；借助随机下采样技术对锌结合蛋白质作用位点的非平衡性进行平衡化处理，得到若干个子平衡数据集；分别在若干个子平衡数据集上，选取有可区分性的蛋白质生化特征，进行特征表示，组成特征向量；分别把特征向量作为基分类器支持向量机的输入，计算样本权重，再构建基于样本加权的概率神经网络模型，最后整合基分类模型支持向量机和基于样本加权的概率神经网络模型得到预测模型；采用得到预测模型对目标样品中的锌结合蛋白质作用位点进行识别。
蛋白质作用锌结合位点样本概率神经网络非平衡模式支持向量机集成学习平衡数据特征向量预测模型加权预处理基分类模型平衡化处理蛋白质源基分类器可区分性目标样品生化特征特征表示非平衡下采样预测构建权重整合蛋白质

[发明专利]基于嵌入特征和不平衡分类损失的蛋白质折叠识别方法及系统-CN202210110503.9有效
发明人：张蕾;杨伟;文云光 -专利权人：河南大学
申请日： 2022-01-29 - 公布日： 2022-11-22 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明公开一种基于嵌入特征和不平衡分类损失的蛋白质折叠识别方法及系统。该方法首先采用预训练的蛋白质语言模型ProtT5‑XL‑UniRef50生成给定蛋白质链的嵌入矩阵，然后通过计算均值和余弦相似性将嵌入矩阵转化为固定长度的特征向量。此外，考虑到蛋白质折叠数据具有明显的不平衡类分布，本发明采用针对不平衡分类任务的标签分布意识间隔损失训练设计的多层感知机网络，并因此增强了稀疏折叠类别的学习能力。总之，本发明提出的蛋白质折叠识别网络模型能够快速准确地预测给定蛋白质链的折叠类别。
基于嵌入特征不平衡分类损失蛋白质折叠识别方法系统

[发明专利]基于氨基酸组成和蛋白质相互作用识别抗氧化蛋白方法-CN202110950026.2有效
发明人：赵玉茗;汪国华;翟祎笑;邹权 -专利权人：东北林业大学;电子科技大学长三角研究院（衢州）
申请日： 2021-08-18 - 公布日： 2022-07-29 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：基于氨基酸组成和蛋白质相互作用识别抗氧化蛋白方法，涉及医药技术领域，针对现有技术中根据序列信息预测的二级结构，使用PSI‑PRED等工具提取蛋白质二级结构信息的特征时，预测的蛋白质二级结构存在误差，进而导致抗氧化蛋白识别准确低的问题，本申请提出了一种全新的抗氧化蛋白识别方法，利用蛋白质‑蛋白质相互作用的特征和氨基酸的组成来表达抗氧化蛋白序列的特征，能够实现对抗氧化蛋白的准确识别，为相应蛋白质定位、疾病分析及药物研究提供了理论基础。本申请在处理不平衡的抗氧化蛋白数据时引入了多种不平衡数据处理方法，最终使用SMOTE算法处理数据得到的模型最优，优化了抗氧化蛋白的识别效果。
基于氨基酸组成蛋白质相互作用识别氧化蛋白方法

[发明专利]一种蛋白质除盐方法及其应用-CN201910804753.0在审
发明人：赵海义;华权高;李立;陈亚运;赵慧芳;陶亦楠;舒芹;张雪娇 -专利权人：武汉金开瑞生物工程有限公司
申请日： 2019-08-28 - 公布日： 2019-11-26 - 主分类号： G01N27/447 文献下载
摘要：本发明涉及涉及一种蛋白质除盐方法及其应用。该蛋白质除盐方法包括以下步骤：(1)先用TFA溶解蛋白质样品，离心取上清；(2)用ACN润湿Zip Tip，再用TFA进行平衡；(3)采用步骤(2)中润湿和平衡后的Zip Tip数次吹吸使得步骤(1)中的样品至少通过吸附柱本发明所提供的除盐方法，可以适用于经过磷酸化修饰富集处理的蛋白质中，克服了现有技术中除盐方法蛋白质损失大的问题，扩展了磷酸化修饰蛋白质组的应用范围，实现了磷酸化修饰蛋白质组从非标记到标记的跨越，将磷酸化修饰富集技术和标记技术更好地结合在了一起
磷酸化修饰除盐润湿蛋白质组富集蛋白质蛋白质损失蛋白质样品标记技术种蛋白质冲洗液非标记吸附柱洗脱液抽干平衡洗脱肽段冲洗应用溶解

[发明专利]一种银杏叶片叶绿体蛋白质的提取方法-CN201510052153.5在审
发明人：何梅;施大伟;谢寅峰;魏晓东 -专利权人：南京林业大学;江西省林业科学院;江苏省农业科学院
申请日： 2015-01-30 - 公布日： 2015-05-06 - 主分类号： C07K1/14 文献下载
摘要：本发明属于生物化学领域，具体涉及木本植物银杏叶片叶绿体蛋白质的提取方法。该方法是采用银杏叶片，先制得叶绿体粗颗粒，再通过Percoll细胞分离液进行梯度离心，用特定的离心力，获得完整叶绿体。然后采用蛋白质提取缓冲液溶解蛋白质，再加入等体积的Tris-平衡酚抽提后乙酸铵甲醇溶液沉淀蛋白质。本发明可以有效的增加叶绿体蛋白质提取的效率和纯度。采用本方法获得的银杏叶绿体蛋白质可用于银杏叶片及其他富含干扰物质的木本植物材料的蛋白质组学分析时使用，提高了蛋白质的溶解性及纯度，2-DE图谱背景清晰，可分辨的蛋白质点数多。
一种银杏叶片叶绿体蛋白质提取方法

[发明专利]一种基于生物蛋白质信息网络比对的同源蛋白质检测方法-CN202011483549.2有效
发明人：祝园园;陈瑶然 -专利权人：武汉大学
申请日： 2020-12-15 - 公布日： 2022-04-29 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于生物蛋白质信息网络比对的同源蛋白质检测方法，本发明是为了解决采用传统的仅基于序列的方法发现的同源蛋白质假阳性的问题，和现有生物蛋白质信息网络比对算法无法很好平衡匹配结果的拓扑质量和生物功能质量问题通过本发明可以将生物相似性、网络结构相似性、交互作用信息很好地融合，能够发现不同物种间的较多同源蛋白质对，从而对生物学研究蛋白质之间的同源关系、预测未知功能的蛋白质有指导意义。
一种基于生物蛋白质信息网络同源检测方法

[发明专利]一种新的融合遗传信息的蛋白质训练集非平衡问题的解决方法-CN201510382703.X有效
发明人：肖绚;刘子 -专利权人：景德镇陶瓷大学
申请日： 2015-07-03 - 公布日： 2018-03-16 - 主分类号： G06F19/24 文献下载
摘要：本发明提供一种新的融合遗传信息的蛋白质训练集非平衡问题的解决方法，将蛋白质P序列中的保守区氨基酸不变，非保守区域氨基酸按照其PSSM矩阵突变为其它氨基酸概率的大小依次转换成其它氨基酸，这样就可以得到20条含有蛋白质P遗传信息的虚拟蛋白质，对非平衡的数据集中数量少的子集进行扩大，使得非平衡数据集变为平衡数据集，有利于训练相关预测器，可提高预测器的预测成功率。本发明与现有解决非平衡数据方法不同，能融合蛋白质进化信息，直接从序列上进行扩展，而不是在描述序列信息的离散数字模型中进行插值，具有明显的生物学意义，所以能明显提高相关预测器的预测成功率，具有广阔的运用空间
一种融合遗传信息蛋白质训练平衡问题解决方法

[发明专利]一种高效的土壤蛋白质提取方法-CN201910203088.X在审
发明人：王海斌;王裕华;王淑英;陈晓婷;张华彬;丁力;孔祥海 -专利权人：龙岩学院
申请日： 2019-03-18 - 公布日： 2019-05-28 - 主分类号： C07K1/36 文献下载
摘要：本发明公开了一种高效的土壤蛋白质提取方法，以新鲜土壤为材料，先采用柠檬酸‑蛋白提取液进行第一次提取，再采用SDS蛋白提取液进行第二次提取，最后采用柠檬酸‑蛋白提取液和SDS蛋白提取液混合提取，提取后的滤液采用Tris‑平衡酚进行富集，再采用甲醇‑乙酸铵进行沉淀，离心收集土壤蛋白。采用本发明提取的土壤蛋白质经2D‑PAGE电泳后，土壤蛋白质图谱蛋白质点丰富，经LC‑MS/MS鉴定后，土壤蛋白质点在2741个以上，蛋白质等电点分布在3～12，分子量分布在2～681kDa。本发明能够有效全面提取土壤中的蛋白质，为土壤蛋白质组学的研究提供了重要的前期基础。
蛋白提取液蛋白质土壤土壤蛋白质提取柠檬酸蛋白质图谱蛋白质组学分子量分布离心收集新鲜土壤等电点平衡酚乙酸铵富集甲醇沉淀蛋白研究

[发明专利]来自生物质的含蛋白质材料及其生产方法-CN201780013954.8在审
发明人： J·斯彻尔藤;A·拉克什曼斯瓦米;J·布克;G·C·卢特 -专利权人：合成基因组股份有限公司
申请日： 2017-01-26 - 公布日： 2018-10-23 - 主分类号： A23J3/20 文献下载
摘要：本发明提供具有有利特性的方法和蛋白质组合物，所述特性诸如高未校正限制性氨基酸评分以及有利量的必需氨基酸、支链氨基酸、以及常规饮食中更难发现的其他氨基酸。所述蛋白质组合物如本文所教导地可从藻类或微生物生物质获得。可根据本发明的方法产生的蛋白质组合物提供一种比可另外获得的蛋白质组合物更营养平衡(并且因此营养优异)的蛋白质食品或食品成分。蛋白质材料有利地用作人类和/或动物的食品或食品成分。还提供由生物质来源生产蛋白质材料的方法。
蛋白质组合物含蛋白质材料微生物生物质限制性氨基酸必需氨基酸蛋白质材料蛋白质食品生产蛋白质生物质来源支链氨基酸常规饮食营养平衡生物质氨基酸藻类校正发现生产

[发明专利]盐地碱蓬蛋白质双向电泳系统-CN201710183523.8在审
发明人：不公告发明人 -专利权人：湖北厚友知识产权服务有限公司
申请日： 2017-03-24 - 公布日： 2018-10-09 - 主分类号： G01N1/28 文献下载
摘要：盐地碱蓬蛋白质双向电泳系统，盐地碱蓬蛋白质提取方法；蛋白定量方法；蛋白质双向电泳方法；第一向等电聚焦；胶条平衡；染色方法；硝酸银染色；考马斯亮蓝染色；胶分析法；蛋白质酶解；硝酸银染色蛋白点的酶解；质谱检测及数据库检索；本发明的盐地碱蓬蛋白质双向电泳系统其有益效果是：通过盐地碱蓬蛋白质双向电泳系统，解决了盐地碱蓬叶片总蛋白的提取，经典的双向电泳结合质谱技术，分辨率高、重复性良好，能实现对大多数蛋白样品的分离与鉴定。
盐地碱蓬蛋白质双向电泳硝酸银染色考马斯亮蓝染色蛋白质酶解蛋白质提取数据库检索叶片总蛋白蛋白定量蛋白样品等电聚焦结合质谱双向电泳质谱检测分辨率染色胶条酶解蛋白平衡分析

[发明专利]一种基于深度学习的蛋白质相互作用位点预测方法-CN202110909991.5在审
发明人：王兵;李敏杰;米春风;杨海娟;王子;周阳;汪文艳;卢琨 -专利权人：安徽工业大学
申请日： 2021-08-09 - 公布日： 2021-11-12 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于深度学习的蛋白质相互作用位点预测方法，属于生物信息学分析技术领域，首先，从PDB数据库获取公开的蛋白质数据集，基于数据集中蛋白质的序列信息生成位置特异性得分矩阵并提取给定蛋白质序列的物理化学特征，从而形成蛋白质中每一个氨基酸残基的表示。由于蛋白质序列中非相互作用残基远远多于相互作用残基，采用下采样策略来消除类别不平衡性以获得高质量且低偏差的数据集。将平衡后的数据集分为训练集和测试集，对于训练集利用变分自编码器进一步提取蛋白质序列的高级抽象特征，再利用多层感知机对氨基酸残基进行分类。将训练好的模型在测试集上测试，得到预测结果。
一种基于深度学习蛋白质相互作用预测方法

[发明专利]寡聚或多聚亚基蛋白质和分离纯化的方法及用途-CN02104201.2有效
发明人：苏志国;冯小黎;修志龙;赵东旭 -专利权人：中国科学院过程工程研究所
申请日： 2002-02-07 - 公布日： 2003-08-20 - 主分类号： C08H1/00 文献下载
摘要：本发明涉及寡聚或多聚亚基蛋白质，和在分离纯化寡聚或多聚亚基蛋白质的过程中，既能保护其活性又可提高收率的方法及用途。寡聚或多聚亚基蛋白质是由2个以上独立亚基靠分子间力聚合在一起的蛋白质。该方法包括以下步骤：a.在常温下，在细胞培养液、动物或植物组织提取液中或在细胞破碎上清液、平衡液、洗脱液中加入浓度为0.5－40％重量/体积的保护剂；b.按常规工艺进行破碎细胞、膜分离、吸附或层析分离纯化，从而得到寡聚或多聚亚基蛋白质。该蛋白质应用于基因工程蛋白质或疫苗制备过程。该方法能有效保护蛋白质的分子结构的完整性，降低分离纯化操作对其生物学活性造成的损失，使目标蛋白质的收率提高。
多聚亚基蛋白质分离纯化方法用途

[发明专利]一种分子靶点快速预测及关联机理分析方法-CN202211310770.7有效
发明人：邹赛;杨文雅;商晨;高鸿峰 -专利权人：贵州大学
申请日： 2022-10-25 - 公布日： 2023-08-01 - 主分类号： G16C20/30 文献下载
摘要：本发明涉及一种分子靶点快速预测及关联机理分析方法，包括：建立蛋白质与蛋白质关联概率模型；将蛋白质与蛋白质交叠网络拓扑特征、基因表达数据、直系同源数据组合，获得分子靶点候选种群关键性评分依据，基于分子靶点候选种群关键性评分依据，构建分子靶点快速预测的化学反应优化模型；基于化学反应优化模型与所述蛋白质之间的关联机理，平衡化学反应，优化局部与全局搜索策略，进行分子靶点快速预测及关联机理分析。本发明将朴素贝叶斯概率模型及化学优化反应算法引入到生物信息学的关键蛋白质分析和预测过程中，通过朴素贝叶斯概率模型分析蛋白质之间的关联机理，通过化学优化反应算法加快了关键蛋白质识别速度。
一种分子快速预测关联机理分析方法

[发明专利]烟草中非蛋白质氮含量的测定方法-CN200810147586.9无效
发明人：孔浩辉;程志颖 -专利权人：广东中烟工业有限责任公司
申请日： 2008-09-03 - 公布日： 2009-03-11 - 主分类号： G01N27/416 文献下载
摘要：本发明公开一种烟草中非蛋白质氮含量的测定方法，包括如下步骤：a)称取烟草；b)将称取的烟草放入足量的酸或者硫酸铜溶液中，加热至蛋白质固化完全；c)过滤并用步骤b)中所述的酸或者硫酸铜溶液冲洗滤出物；d)合并滤液并定容；e)取滤液进行消化处理，定容；f)移取定容后得到的滤液，加入NaOH溶液，测定第一平衡电位值；g)加入NH₄⁺溶液，测定第二平衡电位值；结合第一平衡电位值和第二平衡电位值计算出烟草中非蛋白质氮含量本发明提供的测定方法是一种简便高效的测定烟草中非蛋白质氮含量的方法。
烟草中非蛋白质含量测定方法

[发明专利]抗体分离能力改善的Fc结合性蛋白质及使用其的抗体的分离方法-CN201880012722.5有效
发明人：寺尾阳介;朝冈义晴;大岳辽子;远藤谕;山中直纪;山本侑枝;大江正刚 -专利权人：东曹株式会社
申请日： 2018-02-07 - 公布日： 2023-10-10 - 主分类号： C07K14/735 文献下载
摘要：本发明提供了解决问题的具有改善的抗体分离能力的Fc结合性蛋白质。本发明还提供了解决问题的使用其上固定化有所述蛋白质的不溶性载体的高精度抗体分离方法。所述问题可通过以下解决：一种Fc结合性蛋白质，其中在Fc结合性蛋白质中的特定位置发生至少一个氨基酸置换并且其具有降低的对抗体的亲和性；和一种抗体分离方法，其包括将平衡化缓冲液穿过柱以使柱平衡化的步骤，其中所述柱填充有其上固定化有所述蛋白质的不溶性载体
抗体分离能力改善 fc 结合蛋白质使用方法

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