本发明公开了一种种皮特异性表达启动子及其应用,属于植物基因工程技术领域,该启动子具有如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列,或具有与SEQ ID NO.1所示序列互补的核苷酸序列。该种皮特异性表达启动子为一种新的启动子基因,其能够启动目的基因在植物的种皮上特异性表达,实现了外源基因在植物中的时空特异性表达;由于该启动子只能驱动下游目的基因在植物种皮中表达,从而避免该目的基因在植物其它组织中持续表达所带来的不利影响;该启动子还可直接应用于转基因植株筛选中,可以在植物种子阶段实现筛选,具有阶段性强、筛选灵敏度高的优点。