本发明公开了一种黑芥子酶Rmyr,其氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示。编码黑芥子酶Rmyr的基因,其核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。所述黑芥子酶Rmyr在降解硫代葡萄糖苷中的应用和/或在制备异硫氰酸酯中的应用;所述硫代葡萄糖苷选自萝卜硫苷、莱菔苷;所述异硫氰酸酯选自萝卜硫素、莱菔素。本发明还公开了一种降解硫代葡萄糖苷/制备异硫氰酸酯的方法:采用黑芥子酶Rmyr降解硫代葡萄糖苷。本发明还公开了包含黑芥子酶Rmyr基因的重组表达载体和重组工程菌。本发明的黑芥子酶Rmyr属于GH3家族,能够降解硫代葡萄糖苷底物,稳定性高,能被抗坏血酸激活,底物转化率高。本发明为实现萝卜硫素和莱菔素的大批量制备奠定了基础。