本发明提供一种36个红细胞血型系统基因全部编码区序列同步检测基因分型方法、探针集及试剂盒,所述方法对36个红细胞血型系统对应基因的全部编码区序列进行捕获、文库制备、Illumina平台测序上机以及生物信息学分析,实现对36个红细胞血型系统基因单孔同步高通量基因分型;所述探针集为核苷酸序列如SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.871所示的探针的集合。本发明能够极大地简化多个血型系统同步分型的检测,提高工作效率,同时大大缩减了实验样本和测试成本,具有通量高、覆盖面广的特点;本发明检测的红细胞血型基因集覆盖对应基因的全部编码区序列,序列分析全面,可用于解决红细胞血型系统中存在的变异体样本基因分型难题