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[发明专利]基于随机森林的蔗糖转运蛋白识别-CN202110892668.1在审
发明人：陈宇;李赛 -专利权人：东北林业大学
申请日： 2021-08-04 - 公布日： 2022-01-07 - 主分类号： G06V10/764 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于随机森林的蔗糖转运蛋白识别方法，其中基于随机森林的蔗糖转运蛋白识别方法包括：首先从蛋白质数据库中获取初始数据，并对其进行预处理，将含有非标准字母的序列删除，长度过短的序列删除，相似度大于60％的序列删除；然后根据蛋白质的理化性质和进化信息提取不同的特征，并将每个特征以及组合特征作为特征输入；接下来，由于正例和反例的样本数相差较大，所以对该数据集进行过采样；最后在十折交叉验证下，使用随机森林该方法通过使用k‑separated‑bigrams‑PSSM和随机森林结合方法，并引入Borderline‑SMOTE算法解决数据不平衡问题，有效地提高了蔗糖转运蛋白识别的准确率。
基于随机森林蔗糖转运蛋白识别

[发明专利]一种基于转录组测序开发山黧豆EST-SSR引物组及方法和应用-CN201710721379.9有效
发明人：郝晓鹏;王燕;杨涛;刘荣;畅建武;宗续晓;赵建栋;关现民 -专利权人：山西省农业科学院农作物品种资源研究所;中国农业科学院作物科学研究所
申请日： 2017-08-22 - 公布日： 2020-06-26 - 主分类号： C12Q1/6895 文献下载
摘要：获得两个不同花色山黧豆品种在苗期的根、茎、叶全部转录本集合，形成原始序列数据库；去除带接头和低质量的测序数据，形成高质量的过滤序列数据库；对高质量的过滤序列进行拼接，还原转录本，将转录本与参考蛋白质数据库
一种基于转录组测序开发山黧豆 est ssr 引物方法应用

[发明专利]用于预测蛋白质翻译后修饰位点的深度学习方法-CN202210406078.8在审
发明人：许晶晶;黄自鑫;郭磊;董继扬 -专利权人：厦门大学
申请日： 2022-04-18 - 公布日： 2022-07-08 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：用于预测蛋白质翻译后修饰位点的深度学习方法,涉及生物信息学领域。包括：从公共数据库上收集带有蛋白质翻译后修饰位点注释的蛋白质序列数据；对收集到的蛋白质序列进行去冗余处理，并删除可信度较低的位点注释信息，得到不同PTM类型的蛋白质序列集合；构建基于深度神经网络的预测模型，提取蛋白质序列的短程耦合信息和长程耦合信息；利用蛋白质序列数据集为每种PTM类型训练一个预测模型；将训练好的预测模型部署到网上得到在线预测系统；用户通过在线预测系统输入蛋白质序列文件，选择需要预测的PTM可以同时预测多种PTM位点，可为生物医学研究和药物设计提供相关的蛋白质信息。
用于预测蛋白质翻译修饰深度学习方法

[发明专利]作为用于生物催化还原胱氨酸的酶催化氧化还原系统的核心组分的生物催化剂-CN202080098320.9在审
发明人：卡斯滕·博恩赫夫德;吉多·雅赫;英格丽德·托雷斯·蒙罗伊;彼得·韦尔特斯 -专利权人：瓦克化学股份公司
申请日： 2020-04-03 - 公布日： 2022-10-25 - 主分类号： C12P13/12 文献下载
摘要：本发明涉及一种用于将胱氨酸还原为半胱氨酸的酶，其特征在于该酶是一种融合蛋白，其包含具有KEGG数据库编号EC 1.8.4.8或EC 1.8.4.10的硫氧化还原蛋白(蛋白i)和具有KEGG数据库编号EC1.8.1.9的硫氧化还原蛋白还原酶(蛋白质ii)的蛋白活性，融合蛋白质的活性至少是相同但未结合的单独蛋白i和ii的混合物活性的100％。本发明还涉及在辅因子存在下通过所述融合蛋白将胱氨酸酶促还原为半胱氨酸的方法。
作为用于生物催化还原胱氨酸氧化系统核心组分催化剂

[发明专利]一种蛋白质组学IPR注释及富集分析的方法及装置-CN202011386481.6在审
发明人：顾洪涛;赵海义 -专利权人：武汉金开瑞生物工程有限公司
申请日： 2020-12-01 - 公布日： 2021-03-09 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种蛋白质组学IPR注释及富集分析的方法及装置，该方法包括：获取高通量蛋白质组数据；根据高通量蛋白质组数据，确定对应的蛋白序列FASTA文件；对多个蛋白序列FASTA文件进行IPR注释分析；对多个蛋白序列FASTA文件对应的IPR注释分析结果进行统计分析；对多个蛋白序列FASTA文件进行IPR富集分析；对多个蛋白序列FASTA文件对应的IPR富集分析结果进行统计分析。本发明基于Interpro资源数据库，独立或全部利用每个数据库的独特优势进行蛋白功能IPR分析，其次利用多种智能分析，完成一键化操作，只需按下“Enter”键，相关分析全部自动完成并输出到指定文件夹，一键化省时省力
一种蛋白质 ipr 注释富集分析方法装置

[发明专利]衍生自人类微生物组宏分泌蛋白组蛋白质的候选药物的鉴定与合成-CN202180018133.X在审
发明人：劳伦特·切内;弗朗西斯科·斯特罗齐;克里斯托弗·邦尼 -专利权人：恩特罗姆公司
申请日： 2021-01-22 - 公布日： 2022-12-30 - 主分类号： G01N33/569 文献下载
摘要：本发明涉及与人类微生物组宏分泌蛋白组蛋白质有关的疾病的治疗，并因此涉及微生物组相互作用，特别是微生物组‑宿主相互作用。特别是本发明涉及用于鉴定人类微生物组分泌的肽和蛋白质的方法。本发明还涉及用于生成人类微生物组宏分泌蛋白组蛋白质序列数据库的方法。此外，本发明还涉及用于制备人类微生物组宏分泌蛋白组蛋白质的方法及此类蛋白质在医药中的用途。
衍生人类微生物分泌蛋白组蛋白质候选药物鉴定合成

[发明专利]一种快速的茶树根系蛋白质提取方法-CN201910293489.9在审
发明人：王海斌;陈晓婷;丁力;孔祥海;王裕华;张华彬 -专利权人：龙岩学院
申请日： 2019-04-12 - 公布日： 2019-07-09 - 主分类号： C07K1/14 文献下载
摘要：本发明公开了一种快速的茶树根系蛋白质提取方法，以新鲜茶树根系为材料，先对茶树的根系样品进行快速研磨，研磨后的样品采用提取缓冲液进行浸提，采用丙酮进行沉淀，沉淀后的蛋白质洗涤，冻干，采用裂解液进行裂解、离心、取上清即可获得茶树根系蛋白质。采用本发明提取的蛋白质，效率高、蛋白质数量多，采用2D‑PAGE进行分离后，分离效果好，蛋白质点清晰；采用LC/MS/MS对蛋白质进行鉴定，结果表明，采用本发明方法提取的蛋白质数量在2132～2309个之间本发明的方法为茶树根系蛋白质组学研究奠定了重要的基础。
蛋白质茶树根系蛋白质提取沉淀蛋白质组学提取缓冲液方法提取分离效果快速研磨研磨裂解液茶树丙酮冻干根系浸提裂解洗涤清晰新鲜研究

[发明专利]基于动态图神经网络的关键蛋白质识别方法及装置-CN202310705504.2在审
发明人：王莉;王艳莉;李玉勇;孙世温 -专利权人：天津理工大学
申请日： 2023-06-14 - 公布日： 2023-09-12 - 主分类号： G06F18/24 文献下载
摘要：本申请提供了一种基于动态图神经网络的关键蛋白质识别方法及装置，所述方法包括：获取第一原始蛋白质数据，构建具有时间属性的动态蛋白质相互作用网络；对动态蛋白质相互作用网络进行随机游走采样，构建训练语料；利用训练好的图卷积神经网络模型，提取蛋白质节点的结构特征；将结构特征数据输入至预先训练好的长短期记忆网络模型中，输出得到蛋白质节点的时间特征；根据结构特征和时间特征，通过模式分类识别关键蛋白质。本申请将蛋白质相互作用图建模为动态图，并结合图卷积神经网络模型和长短期记忆网络模型学习动态图上蛋白质节点的结构特征和时间特征，能够更加高效的识别关键蛋白质。
基于动态神经网络关键蛋白质识别方法装置

[发明专利]一种抗青光眼中药数据库的构建方法和应用-CN202111126881.8在审
发明人：滕丹;曹晶;李乐;李礼;桓晓龙 -专利权人：辽宁何氏医学院;沈阳眼产业技术研究院有限公司
申请日： 2021-09-26 - 公布日： 2023-03-31 - 主分类号： G16B50/30 文献下载
摘要：本发明提供一种抗青光眼中药数据库的构建方法和应用，所述构建方法包括：通过GEO数据库，获得数据集GSE27276；将数据集GSE27276中的探针名转换为基因名，确定同一基因名的表达值以及确定校正后的P值，筛选获得差异表达基因，并对其进行蛋白质‑蛋白质相互作用分析、Cytoscape软件分析之后得到核心差异基因；在TCMSP数据库内抓取化合物并进行降重处理；在TCMSP数据库内抓取相应的中药名并进行降重处理，根据中药名构建抗青光眼中药数据库。基于该数据库设计出的抗青光眼中药数据库查询系统，可便捷快速高效的开展抗青光眼中药及组方的筛选工作，节约药物研发成本与时间，加快青光眼治疗药物的上市进程。
一种青光眼中药数据库构建方法应用

[发明专利]一种基于A星算法的蛋白质序列标签测序方法-CN202310035764.3在审
发明人：李闯;刘纯洋;何典;祝团飞;南苏琴 -专利权人：湖南工商大学
申请日： 2023-01-10 - 公布日： 2023-07-25 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于A星算法的蛋白质序列标签测序方法，包括：获取待测蛋白质的原始质谱数据，对所述原始质谱数据进行预处理；构建谱峰连接图；生成候选序列标签；找出符合母离子质量的候选肽段；从数据库中搜索序列标签并进行匹配打分排序采用本方法有利于提高从头测序生成候选肽段的速度，生成多个碎裂标签能提高准确率，促进蛋白质序列鉴定的发展，为大数据时代下的大规模蛋白质鉴定识别奠定了基础。
一种基于算法蛋白质序列标签方法

[发明专利]一种肌肉组织中羰基化蛋白质的富集和鉴定方法-CN202310059276.6在审
发明人：高峰;刘迎森;邢通;李蛟龙;张林 -专利权人：南京农业大学
申请日： 2023-01-16 - 公布日： 2023-04-07 - 主分类号： G01N30/08 文献下载
摘要：本发明公开了一种肌肉组织中羰基化蛋白质的富集和鉴定方法，包括以下步骤：向肌肉组织匀浆液中加入生物素酰肼，得到生物素化蛋白粗提液；向生物素化蛋白粗提液中加入氰基硼氢化钠，静置，然后进行超滤，得到蛋白超滤液；向蛋白超滤液中加入亲和素珠，反应后纯化，然后加入D‑生物素，反应后离心，再用碳酸氢铵溶液洗涤，得到完成亲和纯化的羰基化蛋白；对完成亲和纯化的羰基化蛋白进行酶解，得到肽段样品；采用LC‑MS/MS对肽段样品进行质谱数据采集，并对采集的质谱数据进行数据库检索分析。本发明能够对羰基化蛋白进行自下而上的蛋白质组学鉴定并获得可靠的鉴定结果。
一种肌肉组织羰基化蛋白质富集鉴定方法

[发明专利]稀土元素金属螯合标记定量蛋白质组的方法与试剂盒-CN200610065077.2无效
发明人：钱小红;刘慧玲;张养军;王京兰 -专利权人：中国人民解放军军事医学科学院放射与辐射医学研究所
申请日： 2006-03-20 - 公布日： 2007-09-26 - 主分类号： G01N30/02 文献下载
摘要：本发明提供了一种稀土元素金属螯合标记蛋白质，用于定量蛋白质组学研究的新方法和试剂盒。该方法涉及蛋白质的还原烷基化和胰酶酶切、肽段的双功能试剂修饰、稀土元素金属的鳌合、多维液相色谱分离与多级串联质谱联用定量与鉴定。通过一级质谱峰离子信号强度来定量，蛋白质的鉴定通过串联二级质谱和数据库搜库。本发明还提供了便于该方法实施的试剂盒。
稀土元素金属标记定量蛋白质方法试剂盒

[发明专利]一种纳米半导体器件生物加工方法-CN201210328496.6无效
发明人：邹强;秦月辰;刘文涛;朱哲;傅星;马建国;薛涛;王慧;帕提曼·托乎提 -专利权人：天津大学
申请日： 2012-09-07 - 公布日： 2012-12-12 - 主分类号： B82B3/00 文献下载
摘要：本发明属于半导体器件技术领域，涉及一种纳米半导体器件生物加工方法，包括：（1）制作生物蛋白质溶液，并将其置于特定温度环境下；（2）将纳米半导体器件置于此生物蛋白质溶液里，在不同的静置时间段取出，利用拉曼光谱进行分析，将分析结果中的包括生物蛋白质溶液的种类及其浓度、元器件种类和静置时间在内的几个因素整理成参考数据库；（3）将在各种不同条件下加工后的纳米半导体器件和原始器件的某些物理性能进行比对，并增容数据库；（4）在设计具有某种特性指标的纳米半导体器件时，参考数据库，选取符合特征指标的加工条件，实现纳米半导体器件生物加工。
一种纳米半导体器件生物加工方法

[发明专利]一种蛋白质相互作用位点识别方法-CN201910686641.X在审
发明人：王兵;张欢;汪文艳;周郁明;王彦;程竹明 -专利权人：安徽工业大学
申请日： 2019-07-29 - 公布日： 2019-09-20 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本发明公开了一种蛋白质相互作用位点识别方法，属于生物信息学分析领域。本发明的方法为：先采集蛋白质链数据并对蛋白质链数据进行预处理，再将预处理后的蛋白质链数据分为界面残基和非界面残基；而后从数据库中提取特征，并将提取的特征进行融合得到数据集，再对数据集的不平衡性进行处理，然后将处理后的数据集分为训练集和测试集，再利用训练集训练XGBoost模型，最后利用XGBoost模型得到蛋白质相互作用位点。本发明目的在于克服现有技术中，对蛋白质相互作用位点进行预测时持有不同程度的“假阳性”、“假阴性”特征，使得结果分析比较困难的不足，本发明可以克服以上不足，且可以提高蛋白质相互作用位点的识别精度。
位点蛋白质相互作用数据集蛋白质预处理界面残基种蛋白质训练集生物信息学分析不平衡性结果分析提取特征测试集假阳性假阴性再利用数据库采集融合预测

[发明专利]预测蛋白质间相互作用的方法、装置、介质及电子设备-CN201711271142.1有效
发明人：汤一凡;崔朝辉;赵立军;张霞 -专利权人：东软集团股份有限公司
申请日： 2017-12-05 - 公布日： 2020-04-07 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本公开涉及一种预测蛋白质间相互作用的方法、装置、介质及电子设备。方法包括：获取待预测的目标蛋白质序列对，其包括第一目标蛋白质序列和第二目标蛋白质序列；确定第一目标蛋白质序列和第二目标蛋白质序列各自的同源蛋白质序列；将两个目标蛋白质序列的同源蛋白质序列两两进行组合，获得至少一个同源蛋白质序列对；根据至少一个同源蛋白质序列对，在已知蛋白质序列对中进行检索；若在已知蛋白质序列对中检索到预定数量的同源蛋白质序列对时，预测第一目标蛋白质序列和第二目标蛋白质序列之间具有相互作用。由此，可实现蛋白质间相互作用的快速、准确地预测，为生物研究人员进行生物实验提供较为可靠的数据支持。
预测蛋白质相互作用方法装置介质电子设备

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