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[发明专利]一种快速鉴定乳酸菌的质谱方法-CN201910082626.4在审
发明人：魏超;代晓航;郭灵安;刘炜 -专利权人：四川省农业科学院分析测试中心
申请日： 2019-01-28 - 公布日： 2019-05-07 - 主分类号： G01N27/64 文献下载
摘要：本发明公开了一种快速鉴定乳酸菌的质谱方法，包括对乳酸菌的基质辅助激光解吸离子飞行质谱处理，处理过程包括：微生物细胞破碎、微生物蛋白质提取、质谱条件的优化与数据库分析，本发明消除了现有技术中对乳酸菌的检测存在的成本较高、可靠不稳定的问题，本方法实现了用质谱的方法快速鉴定乳酸菌，并在鉴定结果的基础上获得有效的蛋白质指纹图谱数据和差异性及共性的分析数据，不仅对乳酸菌的快速鉴定打开实用大门，也为乳酸菌的蛋白质分析与应用提供理论保障
乳酸菌快速鉴定质谱基质辅助激光解吸蛋白质指纹图谱微生物蛋白质蛋白质分析数据库分析微生物细胞分析数据鉴定结果离子飞行应用提供质谱条件差异性破碎大门检测优化

[发明专利]一种基于多头注意力的蛋白质翻译后修饰预测方法-CN202210989623.0在审
发明人：闫科;高辉;康昭;何跃武;徐辉 -专利权人：电子科技大学
申请日： 2022-08-18 - 公布日： 2022-11-25 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于多头注意力的蛋白质翻译后修饰预测方法，属于生物信息技术领域，包括如下步骤：预处理带有翻译后修饰标注信息的蛋白质序列，得到合法字符集、第二蛋白质序列数据集和基准数据集；基于合法字符集得到三种词汇表；对第二蛋白质序列数据集中的蛋白质序列样本进行多尺度划分，得到单个氨基酸尺度数据集、二肽尺度数据集和三肽尺度数据集；利用Skip‑gram模型结构对语料库进行训练，得到三种词向量模型；对基准数据集的蛋白质序列片段进行多头注意力模型的标签预测，得到蛋白质序列片段预测结果；本发明通过多尺度词向量全面利用原始蛋白质序列中的多肽组成信息，并降低了对于生物学特征工程的依赖。
一种基于多头注意力蛋白质翻译修饰预测方法

[发明专利]一种蛋白质-蛋白质对接的计算模拟方法-CN201110259800.1无效
发明人：金莲 -专利权人：浪潮电子信息产业股份有限公司
申请日： 2011-09-05 - 公布日： 2012-01-11 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：一种蛋白质-蛋白质对接的计算模拟方法，主要包括如下流程：下载蛋白质对接benchmark数据库；使用大分子对接的软件3DDOCK,ZDOCK,ROSETTA进行全局采样；对采样得到的蛋白质复合物群使用DOPE,RAPDF,DDFIRE打分函数进行筛选，过滤掉大部分蛋白复合物；对筛选得到的复合物进行第二次分子对接，既第二次采样；采样得到的蛋白质复合物进行聚类分析，聚类后使用我们设计的打分函数Spcd进行第二轮的筛选
一种蛋白质对接计算模拟方法

[发明专利]基于质谱谱图的无标蛋白质定量方法-CN201710411726.8有效
发明人：汤俊;石铁流;徐文超;杨艳琴 -专利权人：华东师范大学
申请日： 2017-06-05 - 公布日： 2019-10-01 - 主分类号： G01N27/62 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于质谱谱图的无标蛋白质定量方法，包括如下步骤：通过理论酶切的理论蛋白质序列数据库获得相应的理论肽段集；提取一级质谱谱图(MS)上所有离子的提取离子流色谱图(XIC)，并计算提取离子流色谱图上相应的保留时间本发明提出采用结合智能优化算法的无标蛋白质定量算法，通过智能优化算法在上述多重映射关系表中取得理论肽段集和提取离子流色谱图的最佳映射关系并获得定量结果。通过进行肽段的高效定性，本发明能得到较高的蛋白质检测覆盖率，从而给蛋白质进行高通量定量。研究表明细胞中蛋白质表达丰度的变化对于疾病的早期诊断具有重要意义。
基于质谱谱图蛋白质定量方法

[发明专利]一种基于蛋白互作的生物特征信息预警方法-CN201911234338.2在审
发明人：张利达;李德欣 -专利权人：武汉深佰生物科技有限公司
申请日： 2019-12-05 - 公布日： 2020-03-27 - 主分类号： G06F21/60 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于蛋白互作的生物特征信息预警方法，本发明涉及生物信息处理技术领域。生物体蛋白质相互作用的识别精准而且高效，是保障生物体识别并对外界产生反应的基础。本发明基于蛋白互作的生物特征信息预警方法，可实现通过在生物特征数据库信息系统内建立安全预警和防护系统，来告警和防控数据库信息的遗失，很好的达到了通过双重登录权限认证和多次登录失败锁定功能，来使提高数据库系统信息安全性的目的，大大提高了数据库的安全性，很好的避免了数据库受到外来病毒程序的侵入窃取数据信息的情况发生，防止用户越权危险操作影响生物特征数据库的信息安全，同时，可实现对多种数据库进行选择使用，能够适用于多种数据库的安全预警，从而给人们使用蛋白互作的生物特征信息数据库的信息十分有益。
一种基于蛋白生物特征信息预警方法

[发明专利]一种用于研究雌雄受体调节剂的多构象对接系统-CN202310213654.1在审
发明人：孔韧;胡帅;常珊;许志旺;何王秋 -专利权人：江苏理工学院
申请日： 2023-03-08 - 公布日： 2023-05-23 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本发明提供了一种用于研究雌雄受体调节剂的多构象对接系统，包括：小分子获取模块，用于接收预设格式的小分子化合物文件；小分子对接模块，与小分子获取模块连接，用于将小分子获取模块获得小分子化合物文件与第一数据库中的蛋白质结构进行对接，第一数据库中预先存储有雌激素受体和雄激素受体蛋白质结构；对接评价模块，与小分子对接模块连接，用于根据小分子对接模块生成的对接模型对接姿态的均方根偏差对对接结果进行评价。
一种用于研究雌雄受体调节剂构象对接系统

[发明专利]生物标志物VWF和ADAMTS13及其在肝硬化诊断试剂中的用途-CN201410082157.3有效
发明人：高平 -专利权人：高平
申请日： 2014-03-07 - 公布日： 2014-05-21 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本发明所述VWF由氨基酸序列在NCBI数据库中登录号为GI317373549的蛋白质组成，所述ADAMTS13由氨基酸序列在NCBI数据库中登录号为GI74749836的蛋白质组成。
生物标志 vwf adamts13 及其肝硬化诊断试剂中的用途

[发明专利]生物标志物VWF和ADAMTS13及其在肝硬化诊断试剂中的用途-CN201610203495.7有效
发明人：高平 -专利权人：重庆早柒天生物科技股份有限公司
申请日： 2014-03-07 - 公布日： 2018-11-23 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本发明所述VWF由氨基酸序列在NCBI数据库中登录号为GI 317373549的蛋白质组成，所述ADAMTS13由氨基酸序列在NCBI数据库中登录号为GI 74749836的蛋白质组成。
生物标志 vwf adamts13 及其肝硬化诊断试剂中的用途

[发明专利]基于毛干蛋白质组nsSNP进行人群来源推断的方法-CN201810414456.0有效
发明人：李彩霞;丰蕾;江丽;季安全;王桂强 -专利权人：公安部物证鉴定中心
申请日： 2018-05-03 - 公布日： 2022-06-28 - 主分类号： C12Q1/6888 文献下载
摘要：本发明公开了基于毛干蛋白质组nsSNP进行人群来源推断的方法。本发明选取104个中国汉族样本和105个中国维吾尔族样本的毛干样本进行了毛干蛋白质组的提取，通过质谱检测毛干蛋白质组，筛选得到772个包含SAP的特异性多肽序列，对应703个SAP位点，并将所述SAP位点与千人基因组数据库中的
基于蛋白质 nssnp 进行人群来源推断方法

[发明专利]鉴定新型双链DNA胞苷脱氨酶的方法、装置和计算机可读存储介质及应用-CN202310989473.8在审
发明人：周江林;杨森;程鹏;舒文杰;王升启 -专利权人：中国人民解放军军事科学院军事医学研究院
申请日： 2023-08-08 - 公布日： 2023-09-08 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本发明基于DddA酶的HMM特征谱搜索待鉴定蛋白质数据集获得初步筛选DddA酶同源蛋白，然后对得到的初步筛选DddA酶同源蛋白进行结构域比对过滤，对得到的过滤DddA酶同源蛋白进行序列和结构特征分析并综合过滤筛选本发明可以实现高通量挖掘大规模蛋白数据集中的新型DddA酶，可以应用于鉴定大规模蛋白质数据中新型DddA酶和开发治疗线粒体疾病相关的产品。
鉴定新型 dna 脱氨酶方法装置计算机可读存储介质应用

[发明专利]一种基于糖蛋白非糖肽的质谱多反应监测定量糖蛋白方法-CN201710495427.7有效
发明人：曹纬倩;蒋碧云;黄江铭;杨芃原 -专利权人：复旦大学
申请日： 2017-06-26 - 公布日： 2020-11-24 - 主分类号： G01N30/02 文献下载
摘要：本发明属分析化学技术领域，涉及糖蛋白质谱相对/绝对定量的方法，具体涉及一种基于糖蛋白非糖肽的质谱多反应监测定量糖蛋白方法，其包括：利用肼化学法对样品中的糖蛋白进行富集，用蛋白酶释放糖蛋白的非糖肽，利用色谱‑质谱鉴定技术对非糖肽进行鉴定，合成适用于MRM定量的标准肽段，然后对这些肽段的保留时间，能量，母子离子对进行质谱优化，并建立相应的数据库；并将肽段可用于样品中糖蛋白的绝对/相对定量。本发明方法步骤简单、操作方便、快速高效，可以实现糖基化的单个蛋白质/糖蛋白质组的快速、精准定量。
一种基于糖蛋白糖肽质谱多反应监测定量方法

[发明专利]基于轻同位素近同重标记的整体蛋白质定量分析方法-CN201610235638.2有效
发明人：田志新 -专利权人：同济大学
申请日： 2016-04-15 - 公布日： 2017-07-28 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于轻同位素近同重标记的整体蛋白质定量分析方法。首先将两组不同生理或病理条件的整体蛋白分别作为控制组与疾病组，分别进行赖氨酸ε‑氨基及N端氨基全部同重标记，分别标记为‑N(C5H11O2CH2)2和‑N(C5H11SCH2)2；同重标记后两组蛋白按等比例混合进行高分辨质谱和串级质谱分析得到一个数据组；对数据组进行定性、定量数据库搜索，得到蛋白质的ID及疾病组每一个蛋白质相对于控制组的相对比例，即疾病条件下所有蛋白的上调或下调情况。与现有技术相比，本发明的定量标记试剂不仅标记效率高，准确度高；而且便宜，易得，适用于整体蛋白质基于高分辨串级质谱分析的定量。
基于同位素标记整体蛋白质定量分析方法

[发明专利]稳定同位素¹⁸O标记蛋白质组双重定量方法与试剂盒-CN200610146011.6无效
发明人：钱小红;刘慧玲;张养军 -专利权人：中国人民解放军军事医学科学院放射与辐射医学研究所
申请日： 2006-11-03 - 公布日： 2008-05-07 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本发明提供了一种基于稳定同位素¹⁸O标记的蛋白质组双重定量的新方法。该方法涉及蛋白质的还原烷基化和胰酶酶切、肽段的双功能试剂修饰和¹⁸O标记、多维液相色谱分离与多级串联质谱联用定量与鉴定。通过一级质谱峰峰面积来定量，蛋白质的鉴定通过串联二级质谱和数据库搜库。本发明还提供了便于该方法实施的试剂盒。
稳定同位素 sup 18 标记蛋白质双重定量方法试剂盒

[发明专利]一种基于深度学习提高单细胞蛋白质组鉴定覆盖率的方法-CN202210331187.8有效
发明人：郭雪江;李妍;司徒成昊;王兵 -专利权人：南京医科大学
申请日： 2022-03-31 - 公布日： 2022-12-27 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于深度学习提高单细胞蛋白质组鉴定覆盖率的方法，该方法包括：通过质谱实验产生多细胞蛋白质组和多个单细胞蛋白质组质谱数据，提取谱图信息进行预处理；根据肽段保留时间构建肽段保留时间预测模型；基于多细胞蛋白质组质谱数据作为谱图库，构建的深度学习模型来预测单细胞蛋白质组谱图碎片离子强度，并产生用于区分目标和诱饵PSM的特征；构建贝叶斯参数优化的集成学习模型对单细胞蛋白质组谱图质量进行重打分；基于正反库竞争方法控制谱图和蛋白水平的假发现率，进而将高可信性度的肽匹配谱图拼装为肽段、蛋白质进行定量。本发明有助于提高单细胞蛋白质组质谱数据的蛋白质鉴定水平，并促进单细胞蛋白质组学的未来发展和应用。
一种基于深度学习提高单细胞蛋白质鉴定覆盖率方法

[发明专利]一种高通量的分析完整S-棕榈酰化修饰蛋白质/肽段的方法及其应用-CN202111652606.X在审
发明人：方彩云;陆豪杰;纪广慧 -专利权人：复旦大学
申请日： 2021-12-30 - 公布日： 2023-07-11 - 主分类号： G01N30/06 文献下载
摘要：本发明属生化分析技术领域，涉及一种高通量分析生物体内完整S‑棕榈酰化修饰蛋白质组的方法及其应用。本发明利用氟化石墨材料为固相载体，通过两次富集策略，建立生物样本中完整S‑棕榈酰化修饰肽段的选择性分离方法；通过改变样品溶解液中的乙腈浓度实现组合溶样分析，提高色谱进样时S‑棕榈酰化修饰肽段的回收率；通过优化的色谱淋洗梯度和数据库检索参数的设置本方法可大规模地分析鉴定生物样本中S‑棕榈酰化修饰蛋白质，同时得到修饰位点及其修饰基团的信息。本发明方法可靠性高，提供的信息丰富。
一种通量分析完整棕榈修饰蛋白质方法及其应用