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[发明专利]流式测序分析方法、装置、存储介质及计算机设备-CN202310834707.1有效
发明人：杨姣博;张优劲;贺增泉;王今安;晋向前 -专利权人：深圳华大基因科技服务有限公司
申请日： 2023-07-10 - 公布日： 2023-10-17 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本申请提供的流式测序分析方法、装置、存储介质及计算机设备，在获取到待分析样本和对应的分析需求以及当前各个测序仪的空闲情况后，由于使用二代测序技术的第一测序仪和使用三代测序技术的第二测序仪的测序优势不同，因此，本申请可以结合待分析样本的样本特性、分析需求以及各个测序仪的空闲情况来确定目标测序仪，该目标测序仪可以是第一测序仪，也可以是第二测序仪，还可以使用第一测序仪与第二测序仪进行混合测序，这样不仅可以为用户提供多样化的使用场景，还可以在一定程度上提升测序效率和测序精度；接着，本申请可以通过目标测序仪对待分析样本进行测序，并得到与待分析样本对应的碱基序列，该碱基序列为二进制序列。
流式测序分析方法装置存储介质计算机设备

[发明专利]基因测序分析方法、装置、存储介质和计算机设备-CN202110698855.6在审
发明人：杨姣博;晋向前;贺增泉;于闯;张优劲 -专利权人：深圳华大医学检验实验室
申请日： 2021-06-23 - 公布日： 2021-08-24 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明提供的基因测序分析方法、装置、存储介质和计算机设备，首先将测序平台实时传入的短序列进行分切片处理后得到对应的切片处理，然后将切片数据输入内存中，以便调用内存中预先加载的封装程序对切片数据进行生信分析，得到对应的分析结果；该过程无需等待测序平台完全测序完毕后将整个测序结果传输至对应平台进行处理分析，而是实时获取测序平台测序后的切片数据，对切片数据进行流式测序及分析，因而本申请能够从整体上加快测序与分析的进程，且分析时的数据为切片数据，该切片数据相对于整个测序结果而言，传输速度更快，耗时更短。
基因分析方法装置存储介质计算机设备

[发明专利]一种16S测序和ITS测序数据关联分析方法及系统-CN202011543550.X在审
发明人：高川;周煌凯;陈飞钦;艾鹏;张秋雪 -专利权人：广州基迪奥生物科技有限公司
申请日： 2020-12-24 - 公布日： 2021-03-09 - 主分类号： G16B5/00 文献下载
摘要：本发明是关于一种16S测序和ITS测序数据关联分析方法及系统。该方案包括对细菌样本进行16S测序和对真菌样本进行ITS测序，获取16S测序数据和ITS测序数据。根据所述16S测序数据和所述ITS测序数据进行alpha多样性分析，beta多样性分析，物种分析，环境因子关联分析，并可视化展示分析结果。该方案提供16S与ITS测序数据关联分析方法，分析方法提供了系统、全面的分析思路，可对比细菌、真菌对环境变化等分组差异的响应规律，在研究细菌与真菌的物种关系网络，揭示物种间的关联互作机制发挥重要作用。
一种 16 its 序数关联分析方法系统

[发明专利]一种基因组重测序分析系统及方法-CN201510997979.9在审
发明人：郑洪坤;孔关义;刘威 -专利权人：北京百迈客生物科技有限公司
申请日： 2015-12-25 - 公布日： 2016-06-08 - 主分类号： G06F19/18 文献下载
摘要：本发明提供了一种基因组重测序分析系统及方法，所述系统包括：Web应用单元，用于接收基因组重测序数据和基因组重测序参数；Java交互单元，用于根据所述Web应用单元接收的基因组重测序参数，生成基因组重测序任务信息；分析单元，用于根据所述Java交互单元生成的基因组重测序任务信息，读取所述基因组重测序数据，并通过调用生物信息学软件库和脚本库，对所述基因组重测序数据进行分析，获取基因组重测序分析结果。本发明通过调用生物信息学软件和个性化分析脚本库，简化基因组重测序分析流程，提高基因组重测序效率，节省了科研成本。此外，本发明还具有保存基因组重测序分析结果，进行二次查询的功能。
一种基因组重测序分析系统方法

[发明专利]一种基于ARM架构的基因测序分析方法及系统-CN201910918386.7在审
发明人：张优劲;赵林英;于闯;贺增泉;王今安 -专利权人：深圳华大基因科技服务有限公司
申请日： 2019-09-26 - 公布日： 2019-11-08 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明提供一种基于ARM架构的基因测序分析方法及系统，该方法为：获取待分析基因测序数据；根据openMP对待分析基因测序数据进行任务划分，将得到的多个任务在包含Smith‑Waterman算法的基因比对软件中并行执行基因比对，得到基因比对结果；基于多核ARM芯片匹配的内存大小，对基因比对结果进行分批处理，得到基因处理文件；利用基因分析软件分析基因处理文件中的变异基因信息；根据得到的变异基因信息生成待分析基因测序数据对应的基因测序分析报告在本方案中，利用多核ARM芯片对待分析基因测序数据进行基因比对、基因处理和查找变异等处理，最终得到基因测序分析报告，提高基因测序分析的便利度和降低能耗。
分析基因基因比对基因测序测序数据分析方法及系统变异基因处理文件多核并行执行分批处理分析软件利用基因信息生成分析基因算法内存匹配查找便利

[发明专利]基于生物云平台的测序数据分析系统及方法-CN201910560395.3在审
发明人：郑洪坤;刘东源;罗江华;苗蓉;魏铮;白洁;刘威 -专利权人：北京百迈客云科技有限公司
申请日： 2019-06-26 - 公布日： 2019-10-18 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明实施例提供一种基于生物云平台的测序数据分析系统及方法，包括用户界面模块，用于获取待分析的测序数据，并将测序数据发送到特征提取模块；特征提取模块，用于对接收到的测序数据进行特征提取处理，得到测序数据特征值，根据测序数据特征值获取对应的样本测序数据，并将样本测序数据发送到图表呈现模块；图表呈现模块，用于接收特征提取模块发送的样本测序数据，并将样本测序数据转换成可视化样本图表进行显示；云端综合分析模块，用于根据可视化样本图表对测序数据进行分析，并将分析结果数据发送到图表呈现模块，以生成可视化测序报告图表。本发明实施例提高了测序数据的处理效率，使得测序数据分析方式更加多样化。
测序数据样本特征提取模块呈现模块可视化分析系统云平台用户界面模块综合分析模块特征值获取报告图表处理效率特征提取数据发分析测序云端发送转换

[发明专利]肿瘤外显子组测序分析系统及方法-CN201610316928.X在审
发明人：郑洪坤;张增金;孔关义;李俊晖;梁运鹏 -专利权人：北京百迈客云科技有限公司
申请日： 2016-05-12 - 公布日： 2016-10-12 - 主分类号： G06F19/20 文献下载
摘要：本发明提供肿瘤外显子组测序分析系统及方法。所述分析系统包括Web交互单元、Java交互单元和数据分析单元。其中Web交互单元用于以Web方式接收肿瘤外显子组测序数据和测序参数；Java交互单元用于对接收的数据和参数，生成测序分析任务；数据分析单元用于根据生成的任务，读取所述肿瘤外显子组测序数据，并通过调用生物信息学软件库和脚本库，对数据进行分析，获取分析结果。本发明提供的肿瘤外显子组测序分析系统及方法，通过调用高效准确的生物信息学软件和个性化分析模块，一键式完成肿瘤外显子组测序分析流程，提高了测序效率；此外，本发明还具有保存肿瘤外显子组测序分析结果，进行二次查询检索的功能
肿瘤外显子组测序分析系统方法

[发明专利]关于基因表达的RNA测序质控方法及装置-CN201010236176.9无效
发明人：彭智宇;韩祖晶 -专利权人：深圳华大基因科技有限公司
申请日： 2010-07-22 - 公布日： 2010-12-15 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明公开了一种关于基因表达的RNA测序的质控方法及装置，该方法包括：对测序技术得到的测序片段分别进行DGE和RNA-Seq分析；DGE分析的结果和转录组分析的结果分别与qPCR的结果进行相关性分析；根据相关性分析结果，判断DGE分析和转录组分析在基因表达定量上的差异，并从DGE分析和转录组分析中选取一种测序分析方式；从所选取的测序分析方式获取的分析结果中选取一百万标签数据(1M reads)，进行基因表达的测序稳定性分析本发明通过对基因片段进行相关性分析和综合性评估，从而选取具有较高可靠性的基因表达分析手段，确保测序工作的准确性，为生产的稳定性提供质量控制方案。
关于基因表达 rna 测序质控方法装置

[发明专利]细菌全基因组测序数据的自动化分析方法及系统-CN202110271336.1在审
发明人：刘健;孙嘉良;陈娇 -专利权人：南开大学
申请日： 2021-03-12 - 公布日： 2021-05-28 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本公开提供了一种细菌全基因组测序数据的自动化分析方法，包括：获取细菌基因组测序数据，判断测序数据类型；根据测序数据的类型分别进行相应预处理；根据用户选择的分析类型及预设的工具软件和软件参数，对预处理后的测序数据进行重测序分析和从头测序分析所述方案提供了一种用户友好的自动化分析方法，对于没有专业生物信息学知识的研究人员和临床医生，自动化了生物信息学分析步骤，包括测序质量控制、重测序和从头组装、相似细菌参考基因组鉴定、细菌基因组注释，同时，能够针对不同平台产生的短读长和长读长测序数据进行定制的生物信息学分析，获得准确的分析结果。
细菌基因组序数自动化分析方法系统

[发明专利]一种转录组测序和蛋白组学测序数据的贯穿分析方法及系统-CN201910175894.0在审
发明人：夏昊强;周煌凯;高川;张羽;陶勇;罗玥;邢燕;曾川川 -专利权人：广州基迪奥生物科技有限公司
申请日： 2019-03-08 - 公布日： 2019-06-28 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种转录组测序和蛋白组学测序数据的贯穿分析方法及系统，所述方法包括如下步骤：步骤S1，根据需求进行样本设计，获取实验样本；步骤S2，对实验样本分别进行转录组测序分析以及蛋白组测序分析；步骤S3，将步骤S2获得的转录组测序数据和蛋白组测序数据进行贯穿分析，通过本发明，可实现一种可以适用于任何生物体的转录组测序和蛋白组学测序数据的贯穿分析技术。
测序数据转录组蛋白组学测序分析方法及系统贯穿测序分析实验样本蛋白组生物体样本设计分析

[发明专利]一种基因测序方法和装置-CN202110353942.8在审
发明人：崔坤磊 -专利权人：山东英信计算机技术有限公司
申请日： 2021-04-01 - 公布日： 2021-06-18 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基因测序方法和装置，方法包括：基于参数文件创建项目目录树并生成具有多个分析任务作业的作业流；在作业流中依次调用每个分析任务来处理基因测序数据；响应于有分析任务在处理基因测序数据时请求调用应用软件，而从应用软件平台调用应用软件；响应于有分析任务或应用软件在处理基因测序数据时请求调用测序参考数据，而从数据库系统调用测序参考数据；响应于有分析任务完成并输出临时结果，而将临时结果输入作业流中的下一个分析任务以继续处理基因测序数据直到获得基因测序结果本发明能够高效地执行基因测序流程，并兼容断点处理，降低中断成本。
一种基因方法装置

[发明专利]基于纳米孔测序的新冠病毒全基因组分析系统-CN202011641513.2在审
发明人：毛凌峰;徐兴宇;沈航杰;倪莉丽 -专利权人：杭州柏熠科技有限公司
申请日： 2020-12-31 - 公布日： 2021-04-02 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明提供一种基于纳米孔测序的新冠病毒全基因组分析系统，该全基因组分析系统针对新冠病毒的测序数据建立完整的分析流程，针对二代测序和三代测序的测序数据进行质控、基因组覆盖度、变异检测、基因组组装以及基因组完整度的的整体分析，且针对变异检测进行树状的分析。变异检测结果和样本相互关联，更便于对新冠病毒的流行史进行管控，另外，测序分析的分析全过程可视化展示，操作人员在操作界面即可简单地依据操作指令进行分析操作，且分析结果以图表的形式全面展示。
基于纳米孔测序病毒基因组分析系统

[发明专利]胎儿浓度计算的预处理方法、预处理装置及其应用-CN201911204467.7有效
发明人：吴梦思;张静波;王伟伟;高司航;刘文;伍启熹;王建伟 -专利权人：北京优迅医疗器械有限公司
申请日： 2019-11-29 - 公布日： 2023-05-23 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：该预处理方法包括：获取多个样本的测序数据；利用测序数据计算每个样本在不同的分析策略下的胎儿浓度，不同的分析策略包括不同的测序reads长度和不同的测序总数据量；对多个样本在不同的分析策略下计算得到的胎儿浓度进行多因素方差分析，获得与胎儿浓度相关性最高的分析策略。通过对在不同测序策略下得到的胎儿浓度进行多因素方差分析，获得不同测序reads长度、不同测序总数据量以及两者的交互作用与胎儿浓度计算间的相关性，进而获得相关性最高的分析策略，便于后续进行胎儿浓度计算时，采用该相关性最高的分析策略进行分析计算，提高计算的准确性。
胎儿浓度计算预处理方法装置及其应用

[发明专利]全基因组重测序分析及用于全基因组重测序分析的方法-CN201910989715.7有效
发明人：张凯;沈一鸣 -专利权人：南京医基云医疗数据研究院有限公司
申请日： 2019-10-17 - 公布日： 2020-09-15 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本发明公开一种全基因组重测序分析及用于全基因组重测序分析的方法。所述用于全基因组重测序分析的方法包括：获取对待检测样本的DNA序列进行识别所得到的多条测序序列；将所述多条测序序列分成多个测序序列组；基于每个测序序列组，并行地执行如下操作：依次地或并行地将所述测序序列组中的各条测序序列与参考基因组进行测序序列对比，确定每条测序序列在所述参考基因组上的对应位置及对应的染色体编号；以及根据每条测序序列在所述参考基因组上的对应位置及对应的染色体编号，对各条测序序列进行排序和去重，生成对应各染色体的测序序列库。
基因组重测序分析用于方法

[发明专利]一种适用于oligodT富集的mRNA二代测序结果分析方法-CN201911378703.7有效
发明人：沈立;孙子奎 -专利权人：上海派森诺生物科技股份有限公司
申请日： 2019-12-27 - 公布日： 2023-09-08 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种适用于oligodT富集的mRNA二代测序结果分析方法，其特征在于，包括测序数据过滤步骤、测序数据比对步骤、样品表达量计算步骤、差异分析步骤、富集分析步骤、外显子差异分析步骤、可变剪切分析步骤、序列差异分析步骤和转录本序列制备步骤。本发明的方法更加快速和适用于ligodT富集的mRNA二代测序。
一种适用于 oligodt 富集 mrna 二代结果分析方法

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