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[发明专利]一种基于TaqMan-MGB探针技术用基因检测试剂盒-CN202310871223.4在审
发明人：刘雨婷;陈俊;王帅;孙子奎 -专利权人：上海派森诺医学检验所有限公司
申请日： 2023-07-14 - 公布日： 2023-10-20 - 主分类号： C12Q1/6883 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于TaqMan‑MGB探针技术用基因检测试剂盒，涉及基因检测试技术领域，包括qPCR扩增试剂，包括PCR反应溶液及配套Buffer(缓冲液)、dNTPs(脱氧核苷酸)、氯化镁、PCR优化剂和增强剂；质粒质控品组，根据SNP信息，在NCBI上查询对比获取完整的基因序列，根据该基因序列来截取片段长度合适的、包含目的序列片段进行突变型、野生型质粒进行合成；引物探针组，包括引物和探针。该试剂盒能够快速、准确、直观、简便的检测VRD基因上BsmI、ESR1基因上PvuII的两个单核苷酸多态性位点并对相关基因分型，从基因层面评估钙代谢能力相关疾病的发生风险，为受试者提供预防和治疗指导。
一种基于 taqman mgb 探针技术基因检测试剂盒

[发明专利]一种适用于oligodT富集的mRNA二代测序结果分析方法-CN201911378703.7有效
发明人：沈立;孙子奎 -专利权人：上海派森诺生物科技股份有限公司
申请日： 2019-12-27 - 公布日： 2023-09-08 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种适用于oligodT富集的mRNA二代测序结果分析方法，其特征在于，包括测序数据过滤步骤、测序数据比对步骤、样品表达量计算步骤、差异分析步骤、富集分析步骤、外显子差异分析步骤、可变剪切分析步骤、序列差异分析步骤和转录本序列制备步骤。本发明的方法更加快速和适用于ligodT富集的mRNA二代测序。
一种适用于 oligodt 富集 mrna 二代结果分析方法

[发明专利]一种基于sysbench的批量测试系统及其测试方法-CN201911420594.0有效
发明人：刘港彪;姜丽荣;孙子奎 -专利权人：上海派森诺生物科技股份有限公司
申请日： 2019-12-31 - 公布日： 2023-09-08 - 主分类号： G06F11/22 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于sysbench的批量测试系统，其特征在于，包括如下模块：第一模块为cpu测试模块；第二模块为IO测试模块；第三模块为线程测试模块；第四模块为内存测试模块；第五模块为mutex调度程序测试模块。本发明还公开了其测试方法。与现有的单一测试相比，本发明的测试结果更加丰富和可视化。
一种基于 sysbench 批量测试系统及其方法

[发明专利]一种应用于宏病毒组高通量测序数据的分析方法-CN201811506563.2有效
发明人：杨洋;薛正晟;孙子奎 -专利权人：上海派森诺生物科技股份有限公司
申请日： 2018-12-10 - 公布日： 2023-08-08 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种应用于宏病毒组高通量测序数据的分析方法，其特征在于，包括如下步骤；下机数据处理步骤；高质量数据处理步骤；数据分析步骤；结果展示步骤；差异分析步骤。本发明的有益效果在于：分析内容全面：同时考虑到了两个常见的分析方法，一种基于reads分析，一种基于拼接结果进行分析，能够让适应各种分析的需求；运行速度提升：本分析方法能够比现有的分析方法及软件快2到3倍；结果信息全面：本分析结果中，除了病毒的注释信息外，还将给出相对应的可视化结果，便于查看结果。
一种应用于宏病毒通量序数分析方法

[发明专利]一种基于miRBase数据库的动物有参的miRNA数据分析方法-CN201811644819.6有效
发明人：王玲平;王智健;姜丽荣;沈立;孙子奎 -专利权人：南京派森诺基因科技有限公司
申请日： 2018-12-29 - 公布日： 2023-08-08 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于miRBase数据库的动物有参的miRNA数据分析方法，其特征在于，包括如下步骤：准备步骤；下机数据过滤步骤；基因组比对步骤；小RNA注释步骤；miRNA特征分析步骤；miRNA表达量分析步骤；miRNA功能和通路分析步骤；结果整理步骤。本发明的有益效果在于：分析结果全面，包含涉及到的miRNA分析内容以及其他测到的小RNA信息注释，实现自动化分析，只需提供相关数据库信息即可自动快速进行所有分析内容以及结果统计和整理。所有操作步骤可见，方便错误查询，在进行每一步分析时，都会记录所用到的命令行和参数，以及运行中产生的日志结果，一旦程序运行出错，可以快速检查错误。
一种基于 mirbase 数据库动物 mirna 数据分析方法

[外观设计]显示屏幕面板的云平台数据分析图形用户界面-CN202230444138.6有效
发明人：王伟;刘港彪;孙子奎 -专利权人：上海派森诺生物科技有限公司
申请日： 2022-07-13 - 公布日： 2023-08-08 - 主分类号： 14-04 文献下载
摘要：1.本外观设计产品的名称：显示屏幕面板的云平台数据分析图形用户界面。2.本外观设计产品的用途：用于在云平台进行多样化的数据分析与可视化表达、基因测序行业数据分析，并提供平台视频供用户学习。3.本外观设计产品的设计要点：在于屏幕中图形用户界面的内容。4.最能表明设计要点的图片或照片：主视图。5.图形用户界面的用途：产品的图形用户界面用于在云平台进行多样化的数据分析与可视化表达、基因测序行业数据分析，并提供平台视频供用户学习。6.其他需要说明的情形其他说明：主视图为进入云平台后的桌面界面，该界面为总览界面；界面变化状态图1为点击主视图下方的“云图汇”，并选择“图表总览”后的界面；界面变化状态图2为点击界面变化状态图1中左下方的“热图”区域后的界面；界面变化状态图3为点击界面变化状态图2中右侧的“提交绘图”后的界面；界面变化状态图4为点击主视图下方的“云分析”后，并选中侧边栏中的“微生物多样性分析”这一内容所呈现的界面；界面变化状态图5为点击界面变化状态图4中的“获取示例”，并选中侧边栏中“序列长度分布”后的界面；界面变化状态图6为点击主视图下方的“云学院”后的界面；主视图、界面变化状态图1、界面变化状态图2、界面变化状态图3、界面变化状态图4、界面变化状态图5及界面变化状态图6中灰色及区域为内容画面，X部分为文字，界面变化状态图6中右上角的白色圆圈区域也为内容画面；主视参考图、界面变化状态参考图1、界面变化状态参考图2、界面变化状态参考图3、界面变化状态参考图4、界面变化状态参考图5及界面变化状态参考图6分别为主视图、界面变化状态图1、界面变化状态图2、界面变化状态图3、界面变化状态图4、界面变化状态图5及界面变化状态图6所示图形用户界面在实际使用时所参考的界面。
显示屏幕面板平台数据分析图形用户界面

[发明专利]一种基于miRBase数据库的无参的miRNA数据分析方法-CN201811644832.1有效
发明人：王玲平;王智健;姜丽荣;沈立;孙子奎 -专利权人：南京派森诺基因科技有限公司
申请日： 2018-12-29 - 公布日： 2023-07-25 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于miRBase数据库的无本物种参考miRNA序列的miRNA数据分析方法，其特征在于，包括如下步骤：文件准备步骤；下机数据过滤步骤；sRNA分类注释步骤；miRNA差异分析步骤；miRNA功能和通路分析步骤；miRNA序列特征分析步骤；结果整理步骤。本发明的有益效果在于：针对无本物种参考miRNA序列的miRNA测序数据分析。结果全面，包含涉及到的miRNA分析内容以及其他测到的小RNA信息注释。自动整理所有分析结果，完成各个部分分析之后，自动对结果进行统计，可视化，以及归类整理，使结果排布一目了然，直接用于报告生成。所有操作步骤可见，方便错误查询。
一种基于 mirbase 数据库 mirna 数据分析方法

[发明专利]一种gtf文件解析方法及工具-CN201910198991.1有效
发明人：简洁;王智健;姜丽荣;孙子奎 -专利权人：南京派森诺基因科技有限公司
申请日： 2019-03-15 - 公布日： 2023-07-25 - 主分类号： G16B50/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种gtf文件解析方法，其特征在于，包括如下步骤：初始化步骤，基因/转录本/基本结构读取步骤，基因/转录本分解步骤，基因/转录本/基本结构解析步骤。本发明还公开了一种gtf文件解析工具。本发明的有益效果在于：以基因或转录本为单位：本模块可以以基因或转录本为单位对gtf文件进行解析，将基因或转录本的子结构添加到解析结果的子节点中，使用者能对整个基因或转录本进行操作，更能满足生物信息分析的需求。占用内存少：先读取完一个基因/转录本所有行再解析，处理完这个基因/转录本后相应的内存就会被释放，不需要占用很多内存空间。功能丰富：可根据基因/转录本ID或name进行查找，多条件筛选基因/转录本/基本结构，根据子结构获得基因所在位置，获得基因外显子覆盖长度等功能。
一种 gtf 文件解析方法工具

[发明专利]一种基于miRNA靶基因预测以及相关表达分析进行ceRNA预测的方法-CN201910198972.9有效
发明人：王玲平;王智健;姜丽荣;孙子奎 -专利权人：南京派森诺基因科技有限公司
申请日： 2019-03-15 - 公布日： 2023-07-21 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于miRNA靶基因预测以及相关表达分析进行ceRNA预测的方法，其特征在于，包括如下步骤:ceRNA作用对的相关性分析；根据共有MERs数量进行潜在ceRNA关系对筛选；根据miRNA与ceRNA作用对三者之间的表达相关性，采用两种打分方式来评价miRNA对一对竞争的lncRNA‑mRNA的调控功能；获取统计检验显著的结果，并将结果按照打分进行排序。本发明的有益效果在于：对ceRNA进行初步分析后，根据实际测序结果进分析基因间表达相关性，对结果进行筛选。对动物和植物采用不同的靶基因预测方法，从而都可以进行ceRNA预测分析。整合常用数据库中信息，增加分析结果的可靠性。
一种基于 mirna 基因预测以及相关表达分析进行 cerna 方法

[发明专利]基于二代测序的真核有参转录组产品全自动化分析方法-CN202310377340.5在审
发明人：申琳揆;孙子奎 -专利权人：南京派森诺基因科技有限公司
申请日： 2023-04-11 - 公布日： 2023-07-04 - 主分类号： G16B50/00 文献下载
摘要：本发明涉及转录组测序技术领域，更具体地说，本发明提供了一种基于二代测序的真核有参转录组产品全自动化分析方法，包括以下步骤：S1项目信息获取；S2分析任务状态实时更新；S3分析任务提交；S4报告生产和结果下载。本发明通过项目信息获取、分析任务状态实时更新、分析任务提交以及报告生产和结果下载，实现真核有参项目自动化分析、自动获取线上项目信息、提取数据库信息生成分析任务并自动提交到计算机集群以及完成后自动下载结果文件至指定位置的技术效果；减少分析项目对人力的依赖，提高分析项目的精准性，并且缩短了分析周期；此外，自动化分析日志简单明了，一旦程序运行出错，也可以快速检查错误，提高了对产品分析的效率。
基于二代真核有参转录产品自动化分析方法

[发明专利]一种基于二代高通量测序的trio家系遗传突变模式的分析方法-CN201811394656.0有效
发明人：刘港彪;杨帆;孙子奎 -专利权人：南京派森诺基因科技有限公司
申请日： 2018-11-20 - 公布日： 2023-06-20 - 主分类号： G16B20/40 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于二代高通量测序的trio家系遗传突变模式的分析方法，其特征在于，包括多指标信息矩阵创建步骤，遗传模式判断步骤，结果信息整合步骤。本发明的分析方法不仅考虑具体的突变位点情况同时也结合个体的相关表型如性别、患病状态信息对变异位点有针对性的进行相应的遗传模式进行分析，通过多个指标综合进行分析，使得致病突变位点遗传模式判断更加准确。本发明的分析方法的流程对trio家系的突变遗传模式判断包括6类：常染性体显隐性遗传模式以及X‑linked显隐性遗传模式、复合杂合突变以及新生突变，判断种类全面。给出trio家系个体的多个指标信息。所有分析流程集成化，一键化操作可出结果，无需繁杂的操作步骤。
一种基于二代通量 trio 家系遗传突变模式分析方法

[发明专利]一种应用支持向量机算法提高结直肠癌指示菌检测灵敏度的方法-CN201910877225.8有效
发明人： 孙子奎;宣涛;梁覃斯;蔡庆乐 -专利权人：上海派森诺生物科技股份有限公司
申请日： 2019-09-17 - 公布日： 2023-06-20 - 主分类号： G06F18/2411 文献下载
摘要：本发明公开了一种应用支持向量机算法提高结直肠癌指示菌检测灵敏度的方法，其特征在于，通过选择ΔCt值作为基础数值，选择指示菌与便潜血FIT(拟合)指标的组合作为指示指标；以及基于支持向量机方法和核函数、惩罚系数、gamma值的参数和相应的模型的优化测试来获得更为准确的结直肠癌鉴别方法。本发明的有益效果在于：本发明的SVM优化算法结合优选的指示菌引物组合与便潜血FIT指标组合较便潜血FIT检测准确度高；较未经优化的SVM算法鉴别准确度高；较未经优化的指示菌引物组合与便潜血FIT指标组合准确度高。
一种应用支持向量算法提高直肠癌指示菌检测灵敏度方法

[发明专利]一种基于miRBase数据库的植物有参的miRNA数据分析方法-CN201811639517.X有效
发明人：王玲平;王智健;姜丽荣;沈立;孙子奎 -专利权人：南京派森诺基因科技有限公司
申请日： 2018-12-29 - 公布日： 2023-06-16 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于miRBase数据库的植物有参的miRNA数据分析方法，其特征在于，包括如下步骤：文件准备步骤；下机数据过滤步骤；sRNA分类注释步骤；miRNA差异分析步骤；miRNA功能和通路分析步骤；miRNA序列特征分析步骤；结果整理步骤。本发明的有益效果在于：针对植物miRNA的特点采用合适的分析方法。结果全面，包含涉及到的miRNA分析内容以及其他测到的小RNA信息注释。自动整理所有分析结果，完成各个部分分析之后，自动对结果进行统计，可视化，以及归类整理，使结果排布一目了然，直接用于报告生成。所有操作步骤可见，方便错误查询。
一种基于 mirbase 数据库植物 mirna 数据分析方法

[发明专利]一种植物基因组DNA提取试剂盒及其提取方法-CN202310011286.2在审
发明人：高玉人;张洪波;刘浩;孙子奎 -专利权人：上海派森诺生物科技股份有限公司
申请日： 2023-01-05 - 公布日： 2023-06-13 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明涉及核酸提取纯化技术领域分子生物学领域，主要涉及一种植物基因组DNA提取试剂盒及其提取方法。该试剂盒，包括裂解液、RNA酶、蛋白酶K、磁珠、除杂液A、除杂液B、磁珠结合液和洗脱液。本发明将SDS细胞裂解方法与磁珠提取核酸的方法进行了有机结合，使得操作步骤简单、耗时时间短；并在裂解液和除杂液A中加入了PVP试剂，减少了植物中的酚类、醌类、单宁类物质、多糖和色素的影响，提高了核酸产量和纯度并便于后续下游实验操作。
一种植物基因组 dna 提取试剂盒及其方法

[发明专利]一种基于蛋白序列相似度的微生物群落功能基因分析方法-CN201811520237.7有效
发明人：郭桐舟;薛正晟;孙子奎 -专利权人：上海派森诺生物科技股份有限公司
申请日： 2018-12-12 - 公布日： 2023-05-23 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于蛋白序列相似度的微生物群落功能基因分析方法，包括如下步骤:序列除杂步骤；序列比对步骤；蛋白质序列处理步骤；蛋白质序列代表序列处理步骤；物种注释步骤。本发明的有益效果在于：分析数据相较OUT的方法更为精简：归并出的蛋白质分类单元更为集中。以氨基酸序列而非核酸序列为序列归并的依据：充分考虑到了简并性和终止密码子等等因素。针对特定功能基因目的片段时，有足够好的指向性：对目的片段以外的干扰序列可以有效剔除。
一种基于蛋白序列相似微生物群落功能基因分析方法

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